EMDB-61613: 50S subunit precursor state I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-61613

タイトル

50S subunit precursor state I

マップデータ

50S subunit precursor State I

試料

複合体: 50S subunit precursor State I

キーワード

50S / precursor / assembly intermediate / RIBOSOME

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å

データ登録者

Sengupta S / Mukherjee R / Pilsl M / Bagale S / Adhikary AD / Borkar A / Pradeepkumar PI / Engel C / Chowdhury A / Kaushal PS / Anand R

資金援助

英国,

インド, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanistic Insights into 50S Precursor Recognition and Targeting by Erythromycin Resistance Methyltransferase
著者: Sengupta S / Mukherjee R / Pilsl M / Bagale S / Adhikary AD / Borkar A / Pradeepkumar PI / Engel C / Chowdhury A / Kaushal PS / Anand R

履歴

登録	2024年9月21日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年10月29日	-
マップ公開	2025年10月29日	-
更新	2025年10月29日	-
現状	2025年10月29日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_61613.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_61613.map.gz	391.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-61613-v30.xml emd-61613.xml	14.5 KB 14.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_61613_fsc.xml	17.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_61613.png	50.3 KB
Filedesc metadata	emd-61613.cif.gz	4.3 KB
その他	emd_61613_half_map_1.map.gz emd_61613_half_map_2.map.gz	136.7 MB 136.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-61613 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-61613	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_61613_validation.pdf.gz	799.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_61613_full_validation.pdf.gz	798.7 KB	表示
XML形式データ	emd_61613_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_61613_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-61613 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-61613	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	61605C 61625C 61781C 9jmkC 9jnsC 9jsrC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_61613.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

50S subunit precursor State I

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.69 Å/pix. x 480 pix. = 331.2 Å	0.69 Å/pix. x 480 pix. = 331.2 Å	0.69 Å/pix. x 480 pix. = 331.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.69 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.00497
最小 - 最大	-0.0065004053 - 0.015690155
平均 (標準偏差)	0.000050856324 (±0.000712142)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_61613_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_61613_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : 50S subunit precursor State I

全体	名称: 50S subunit precursor State I
要素	複合体: 50S subunit precursor State I

-
超分子 #1: 50S subunit precursor State I

超分子	名称: 50S subunit precursor State I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 平均電子線量: 41.25 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 11035
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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