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万見
- EMDB-61582: Cryo-EM structure of phyB-PIF6beta complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61582
タイトルCryo-EM structure of phyB-PIF6beta complex
マップデータ
試料
  • 複合体: PhyB(full length)-PIF6beta complex
    • タンパク質・ペプチド: Phytochrome B
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor PIF6
  • リガンド: 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid
キーワードPIF6-mediated / red light / signal transduction / phytochrome B / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid metabolic process / response to low fluence red light stimulus / red light photoreceptor activity / protein-phytochromobilin linkage / transpiration / red or far-red light signaling pathway / regulation of defense response / far-red light photoreceptor activity / red light signaling pathway / circadian regulation of calcium ion oscillation ...abscisic acid metabolic process / response to low fluence red light stimulus / red light photoreceptor activity / protein-phytochromobilin linkage / transpiration / red or far-red light signaling pathway / regulation of defense response / far-red light photoreceptor activity / red light signaling pathway / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / red or far-red light photoreceptor activity / regulation of photoperiodism, flowering / stomatal complex development / gravitropism / phototropism / jasmonic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / response to far red light / photomorphogenesis / entrainment of circadian clock / detection of visible light / response to abscisic acid / response to salt / response to temperature stimulus / phosphorelay sensor kinase activity / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / promoter-specific chromatin binding / chromatin organization / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / nuclear speck / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor PIF3-like / : / Phytochrome A/B/C/D/E-like, histidine-kinase-related domain / Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold ...Transcription factor PIF3-like / : / Phytochrome A/B/C/D/E-like, histidine-kinase-related domain / Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phytochrome B / Transcription factor PIF6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Jia HL / Guan ZY / Ding JY / Wang XY / Ma L / Yin P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural insight into PIF6-mediated red light signal transduction of plant phytochrome B.
著者: Hanli Jia / Zeyuan Guan / Junya Ding / Xiaoyu Wang / Dingfang Tian / Yan Zhu / Delin Zhang / Zhu Liu / Ling Ma / Ping Yin /
要旨: The red/far-red light receptor phytochrome B (phyB) plays essential roles in regulating various plant development processes. PhyB exists in two distinct photoreversible forms: the inactive Pr form ...The red/far-red light receptor phytochrome B (phyB) plays essential roles in regulating various plant development processes. PhyB exists in two distinct photoreversible forms: the inactive Pr form and the active Pfr form. phyB-Pfr binds phytochrome-interacting factors (PIFs) to transduce red light signals. Here, we determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the photoactivated phyB-Pfr‒PIF6 complex, the constitutively active mutant phyB‒PIF6 complex, and the truncated phyBN‒PIF6 complex. In these structures, two parallel phyB-Pfr molecules interact with one PIF6 molecule. Red light-triggered rotation of the PΦB D-ring leads to the conversion of hairpin loops into α helices and the "head-to-head" reassembly of phyB-Pfr N-terminal photosensory modules. The interaction between phyB-Pfr and PIF6 influences the dimerization and transcriptional activation activity of PIF6, and PIF6 stabilizes the N-terminal extension of phyB-Pfr and increases the Pr→Pfr photoconversion efficiency of phyB. Our findings reveal the molecular mechanisms underlying Pr→Pfr photoconversion and PIF6-mediated red light signal transduction of phyB.
履歴
登録2024年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61582.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 230.72 Å		0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 230.72 Å		0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 230.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-4.455269 - 6.889221
平均 (標準偏差)-0.0009955843 (±0.14984113)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 230.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61582_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61582_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PhyB(full length)-PIF6beta complex

全体名称: PhyB(full length)-PIF6beta complex
要素
  • 複合体: PhyB(full length)-PIF6beta complex
    • タンパク質・ペプチド: Phytochrome B
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor PIF6
  • リガンド: 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid

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超分子 #1: PhyB(full length)-PIF6beta complex

超分子名称: PhyB(full length)-PIF6beta complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Phytochrome B

分子名称: Phytochrome B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 135.807547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM VSGVGGSGGG RGGGRGGEEE PSSSHTPNNR RGGEQAQSSG TKSLRPRSNT ESMSKAIQQ YTVDARLHAV FEQSGESGKS FDYSQSLKTT TYGSSVPEQQ ITAYLSRIQR GGYIQPFGCM IAVDESSFRI I GYSENARE ...文字列:
MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM VSGVGGSGGG RGGGRGGEEE PSSSHTPNNR RGGEQAQSSG TKSLRPRSNT ESMSKAIQQ YTVDARLHAV FEQSGESGKS FDYSQSLKTT TYGSSVPEQQ ITAYLSRIQR GGYIQPFGCM IAVDESSFRI I GYSENARE MLGIMPQSVP TLEKPEILAM GTDVRSLFTS SSSILLERAF VAREITLLNP VWIHSKNTGK PFYAILHRID VG VVIDLEP ARTEDPALSI AGAVQSQKLA VRAISQLQAL PGGDIKLLCD TVVESVRDLT GYDRVMVYKF HEDEHGEVVA ESK RDDLEP YIGLHYPATD IPQASRFLFK QNRVRMIVDC NATPVLVVQD DRLTQSMCLV GSTLRAPHGC HSQYMANMGS IASL AMAVI INGNEDDGSN VASGRSSMRL WGLVVCHHTS SRCIPFPLRY ACEFLMQAFG LQLNMELQLA LQMSEKRVLR TQTLL CDML LRDSPAGIVT QSPSIMDLVK CDGAAFLYHG KYYPLGVAPS EVQIKDVVEW LLANHADSTG LSTDSLGDAG YPGAAA LGD AVCGMAVAYI TKRDFLFWFR SHTAKEIKWG GAKHHPEDKD DGQRMHPRSS FQAFLEVVKS RSQPWETAEM DAIHSLQ LI LRDSFKESEA AMNSKVVDGV VQPCRDMAGE QGIDELGAVA REMVRLIETA TVPIFAVDAG GCINGWNAKI AELTGLSV E EAMGKSLVSD LIYKENEATV NKLLSRALRG DEEKNVEVKL KTFSPELQGK AVFVVVNACS SKDYLNNIVG VCFVGQDVT SQKIVMDKFI NIQGDYKAIV HSPNPLIPPI FAADENTCCL EWNMAMEKLT GWSRSEVIGK MIVGEVFGSC CMLKGPDALT KFMIVLHNA IGGQDTDKFP FPFFDRNGKF VQALLTANKR VSLEGKVIGA FCFLQIPSPE LQQALAVQRR QDTECFTKAK E LAYICQVI KNPLSGMRFA NSLLEATDLN EDQKQLLETS VSCEKQISRI VGDMDLESIE DGSFVLKREE FFLGSVINAI VS QAMFLLR DRGLQLIRDI PEEIKSIEVF GDQIRIQQLL AEFLLSIIRY APSQEWVEIH LSQLSKQMAD GFAAIRTEFR MAC PGEGLP PELVRDMFHS SRWTSPEGLG LSVCRKILKL MNGEVQYIRE SERSYFLIIL ELPVPRKRPL STASGSGDMM LMMP YKLGP EQKLISEEDL NSAVDHHHHH H

UniProtKB: Phytochrome B

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分子 #2: Transcription factor PIF6

分子名称: Transcription factor PIF6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 26.650301 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH SDEVDAHMMF LPTDYCCRLS DQEYMELVFE NGQILAKGQR SNVSLHNQRT KSIMDLYEAE YNEDFMKSI IHGGGGAITN LGDTQVVPQS HVAAAHETNM LESNKHVDDS ETLKASSSKR MMVDYHNRKK IKFIPPDEQS V VADRSFKL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH SDEVDAHMMF LPTDYCCRLS DQEYMELVFE NGQILAKGQR SNVSLHNQRT KSIMDLYEAE YNEDFMKSI IHGGGGAITN LGDTQVVPQS HVAAAHETNM LESNKHVDDS ETLKASSSKR MMVDYHNRKK IKFIPPDEQS V VADRSFKL GFDTSSVGFT EDSEGSMYLS SSLDDESDDA RPQVPARTRK ALESAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FE K

UniProtKB: Transcription factor PIF6

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分子 #3: 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydro...

分子名称: 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}- ...名称: 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: O6E
分子量理論値: 586.678 Da
Chemical component information

ChemComp-O6E:
3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 429631
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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