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万見
- EMDB-61553: Asymmetric structure of cleaved HIV-1 Tri FPPR envelope glycoprot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61553
タイトルAsymmetric structure of cleaved HIV-1 Tri FPPR envelope glycoprotein trimer in amphipol-lipid nanodiscs (Tri FPPR.1)
マップデータ
試料
  • 複合体: HIV-1 Env Tri FPPR.1
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
  • リガンド: 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードviral entry / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Qi Y / Zhang S / Sodroski J / Mao Y
資金援助 中国, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12125401 中国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Al124982 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: The membrane-proximal external region of human immunodeficiency virus (HIV-1) envelope glycoprotein trimers in A18-lipid nanodiscs.
著者: Yi Qi / Shijian Zhang / Kunyu Wang / Haitao Ding / Zhiqing Zhang / Saumya Anang / Hanh T Nguyen / John C Kappes / Joseph Sodroski / Youdong Mao /
要旨: During human immunodeficiency virus (HIV-1) entry, the metastable pretriggered envelope glycoprotein (Env) trimer ((gp120/gp41)) opens asymmetrically. We present cryo-EM structures of cleaved ...During human immunodeficiency virus (HIV-1) entry, the metastable pretriggered envelope glycoprotein (Env) trimer ((gp120/gp41)) opens asymmetrically. We present cryo-EM structures of cleaved asymmetric Env trimers in amphipol-lipid nanodiscs. The gp41 membrane-proximal external region (MPER) could be traced in Env protomers that remained close to the nanodisc despite Env tilting. The MPER interacts with the gp120 C-termini and gp41 α9 helices at the base of the Env trimer. MPER conformation is coupled with the tilt angles of the α9 helices, the helicity of the gp41 heptad repeat (HR1) regions, and the opening angles between the protomers of the asymmetric trimers. Our structural models explain the stabilizing effects of MPER integrity and Env proteolytic maturation on the pretriggered Env conformation. Superimposed on the asymmetry of the Env protomers, variation in the glycans at the trimer apex creates substantial structural heterogeneity in the V2 quaternary epitopes of difficult-to-elicit broadly neutralizing antibodies.
履歴
登録2024年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61553.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.65 Å/pix.
x 180 pix.
= 297. Å		1.65 Å/pix.
x 180 pix.
= 297. Å		1.65 Å/pix.
x 180 pix.
= 297. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.05790298 - 0.15483694
平均 (標準偏差)0.00028699095 (±0.0056358017)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 297.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61553_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61553_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Env Tri FPPR.1

全体名称: HIV-1 Env Tri FPPR.1
要素
  • 複合体: HIV-1 Env Tri FPPR.1
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
  • リガンド: 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV-1 Env Tri FPPR.1

超分子名称: HIV-1 Env Tri FPPR.1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス)
分子量理論値: 82.23382 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRVKEKYQHL WRWGWRWGTM LLGMLMICSA TEKLWVTVYY GVPVWKEATT TLFCASDAKA YDTEVHNVWA THACVPTDPN PQEVVLENV TENFNMWKNN MVEQMHEDII SLWDESLKPC VKLTPLCVTL NCTDLRNVTN INNSSEGMRG EIKNCSFNIT T SIRDKVKK ...文字列:
MRVKEKYQHL WRWGWRWGTM LLGMLMICSA TEKLWVTVYY GVPVWKEATT TLFCASDAKA YDTEVHNVWA THACVPTDPN PQEVVLENV TENFNMWKNN MVEQMHEDII SLWDESLKPC VKLTPLCVTL NCTDLRNVTN INNSSEGMRG EIKNCSFNIT T SIRDKVKK DYALFYRLDV VPIDNDNTSY RLINCNTSTI TQACPKVSFE PIPIHYCTPA GFAILKCKDK KFNGTGPCKN VS TVQCTHG IRPVVSTQLL LNGSLAEEEV VIRSSNFTDN AKNIIVQLKE SVEINCTRPN NNTRKSIHIG PGRAFYTTGD IIG DIRQAH CNISRTKWNN TLNQIATKLK EQFGNNKTIV FNQSSGGDPE IVMHSFNCGG EFFYCNSTQL FNSTWNFNGT WNLT QSNGT EGNDTITLPC RIKQIINMWQ EVGKAMYAPP IRGQIRCSSN ITGLILTRDG GNNHNNDTET FRPGGGDMRD NWRSE LYKY KVVKIEPLGV APTKAKRRVV QREKRAVGTI GAMFLGFLGA AGSTMGVASM TLTVQARQLL SGIVQQQNNL LRAIEA QQH LLKLTVWGIK QLQARVLTVE RYLRDQQLLG IWGCSGKLIC TTAVPWNASW SNKTLDMIWN NMTWMEWERE IDNYTGL IY TLIEESQNQQ EKNEQELLEL DKWASLWNWF DITNWLWYIK IFIMIVGGLI GLRIVFTVLS IVNRVRQGYS PGGGHHHH H H

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #14: 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-...

分子名称: 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 3 / 式: 83G
分子量理論値: 406.434 Da
Chemical component information

ChemComp-83G:
1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione / BMS-378806

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分子 #15: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57088
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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