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- EMDB-61511: Rat hepatitis E virus capsid protein E2s domain in complex with Fab H4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61511
タイトルRat hepatitis E virus capsid protein E2s domain in complex with Fab H4
マップデータ
試料
  • 複合体: Rat HEV capsid protein E2s domain in complex with Fab H4
    • 複合体: Rat HEV E2s domain
      • タンパク質・ペプチド: Pro-secreted protein ORF2
    • 複合体: H4 Fab
      • タンパク質・ペプチド: H4 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: H4 Fab light chain
キーワードHepatitis E virus / Capsid protein / E2s domain / Immune complex / H4 antibody / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / T=1 icosahedral viral capsid / host cell Golgi apparatus / host cell surface / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / : / Structural protein 2 second domain / : / Structural protein 2 C-terminal domain / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-secreted protein ORF2
類似検索 - 構成要素
生物種Rocahepevirus ratti (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Liu L / Zheng Q / Li S / Xia N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 中国
引用ジャーナル: J Hepatol / 年: 2025
タイトル: Antibodies elicited by hepatitis E vaccination in humans confer cross-genus protection against rat hepatitis E virus.
著者: Zihao Chen / Liqin Liu / Jianwen Situ / Guanghui Li / Shaoqi Guo / Qi Lai / Shusheng Wu / Yanan Jiang / Jingyan Fan / Zimin Tang / Yu Li / Guiping Wen / Siling Wang / Dong Ying / Yonghao ...著者: Zihao Chen / Liqin Liu / Jianwen Situ / Guanghui Li / Shaoqi Guo / Qi Lai / Shusheng Wu / Yanan Jiang / Jingyan Fan / Zimin Tang / Yu Li / Guiping Wen / Siling Wang / Dong Ying / Yonghao Liang / Stanley Siu-Fung Ho / Xiaodan Ma / James Yiu-Hung Tsoi / Estie Hon-Kiu Shun / Nicholas Foo-Siong Chew / Weihui Ma / Weiwei Mao / Tingting Li / Zhenqin Chen / Mujin Fang / Yingbin Wang / Hai Yu / Fa Zhang / Anna Jinxia Zhang / Shaowei Li / Ningshao Xia / Siddharth Sridhar / Qingbing Zheng / Zizheng Zheng /
要旨: BACKGROUND & AIMS: Paslahepevirus balayani (bHEV), also known as hepatitis E virus (HEV), encompasses eight genotypes, five of which infect humans. Rats are natural reservoirs of Rocahepevirus ratti ...BACKGROUND & AIMS: Paslahepevirus balayani (bHEV), also known as hepatitis E virus (HEV), encompasses eight genotypes, five of which infect humans. Rats are natural reservoirs of Rocahepevirus ratti genotype 1 (HEV-r-1; rat HEV; rHEV), which has recently been implicated in viral hepatitis. Despite the antigenic divergence between bHEV and rHEV, studies on shared protective antibodies remain rare.
手法: Polyclonal and monoclonal antibody responses against bHEV and rHEV were analyzed using antibody enzyme-linked immunosorbent assays. The efficacy of six potent bHEV-elicited cross-reactive ...手法: Polyclonal and monoclonal antibody responses against bHEV and rHEV were analyzed using antibody enzyme-linked immunosorbent assays. The efficacy of six potent bHEV-elicited cross-reactive antibodies in preventing rHEV infection was evaluated via challenge assays in rats. Cryo-EM was performed to assess the structural basis for the differential protective efficacy of the six antibodies. The viral lysis ability of these antibodies was assessed by separately reacting purified HEV-b-1 and HEV-r-1 virions with each antibody.
RESULTS: We determined that antibody responses to bHEV infection and vaccination possess limited cross-reactivity to rHEV and identified two cross-reactive antigenic sites within the E2s domain. ...RESULTS: We determined that antibody responses to bHEV infection and vaccination possess limited cross-reactivity to rHEV and identified two cross-reactive antigenic sites within the E2s domain. Structural analysis and animal challenge studies pinpointed potent cross-reactive antibodies targeting antigenic site 1, indicating its prophylactic efficacy against rHEV. Conversely, antibodies recognizing antigenic site 2 were found to facilitate viral lysis of bHEV but not rHEV.
CONCLUSIONS: These findings underscore the importance of antigenic site 1 in the design of broad-spectrum vaccines and therapeutics to mitigate the impact of diverse HEV genotypes on human health. ...CONCLUSIONS: These findings underscore the importance of antigenic site 1 in the design of broad-spectrum vaccines and therapeutics to mitigate the impact of diverse HEV genotypes on human health. IMPACT AND IMPLICATIONS: rHEV spillover to humans represents an unprecedented threat. Significant antigenic differences between rHEV and bHEV may exacerbate the impact of viral hepatitis. Our study reveals that cross-reactive human antibodies can offer protection against rHEV infection. Cross-protective antibodies targeting antigenic site 1 can be used to inform the development of practical strategies for preventing rHEV infection.
履歴
登録2024年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 260. Å		0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 260. Å		0.65 Å/pix.
x 400 pix.
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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.001798477 - 2.1481588
平均 (標準偏差)0.0010305753 (±0.022940053)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 260.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61511_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61511_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rat HEV capsid protein E2s domain in complex with Fab H4

全体名称: Rat HEV capsid protein E2s domain in complex with Fab H4
要素
  • 複合体: Rat HEV capsid protein E2s domain in complex with Fab H4
    • 複合体: Rat HEV E2s domain
      • タンパク質・ペプチド: Pro-secreted protein ORF2
    • 複合体: H4 Fab
      • タンパク質・ペプチド: H4 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: H4 Fab light chain

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超分子 #1: Rat HEV capsid protein E2s domain in complex with Fab H4

超分子名称: Rat HEV capsid protein E2s domain in complex with Fab H4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rocahepevirus ratti (ウイルス)

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超分子 #2: Rat HEV E2s domain

超分子名称: Rat HEV E2s domain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rocahepevirus ratti (ウイルス)

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超分子 #3: H4 Fab

超分子名称: H4 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Pro-secreted protein ORF2

分子名称: Pro-secreted protein ORF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for source organism Rocahepevirus ratti is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A3G1TVH2.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rocahepevirus ratti (ウイルス)
分子量理論値: 16.533393 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PARPITNWRS GDVVWVTLPS AEYAQSQSAM GSHPAYWSEE ATIINVATGQ RAAVSSIKWD QVTLNGKALH KETHSGLVYY QLPLMGKIN FWQQGTTKAG YTYNYNTTDS DSLWVWWDGG SKAYLYISTY TTMLGAGPVN ITGLGAVGPN PV

UniProtKB: Pro-secreted protein ORF2

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分子 #2: H4 Fab heavy chain

分子名称: H4 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.244089 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV ACKASGYNFI HYYLHWVRQA PGQGLEWMGI INPSVGRTTY AQKFQGRVTM TRDTSTSTVY MELSSLRSE DTAVYYCARD VGGMTYCGDE CFPPRGWFDP WGQGTLVTV

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分子 #3: H4 Fab light chain

分子名称: H4 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.06225 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MPQVPVSLSA SVGDRVTITC QASQDIGNYL TWSQQKPGKA PKLLIYDASN LQTGVPSRFS GSGSGTYFTL TISSLQPEDI ATYYCQQYD NVPITFGGGT EVEI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 133800
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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