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万見
- EMDB-6149: Electron cryo-microscopy structure of EngA bound with the 50S rib... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6149
タイトルElectron cryo-microscopy structure of EngA bound with the 50S ribosomal subunit
マップデータReconstruction of E. coli 50S subunit and EngA
試料
  • 試料: EngA bound with E. coli 50S subunit
  • 複合体: 50S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: EngA
キーワードRibosome assembly / EngA / Der / YphC / GTPase / RNA folding
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activating protein binding / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination ...GTPase activating protein binding / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain / EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / GTP-binding protein EngA / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / GTP binding domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. ...EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain / EngA-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / GTP-binding protein EngA / GTPase Der, C-terminal KH-domain-like / KH-domain-like of EngA bacterial GTPase enzymes, C-terminal / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / GTP binding domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / : / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / : / : / : / : / : ...: / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / Large ribosomal subunit protein uL15 / GTPase Der / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Zhang X / Yan K / Lei J / Gao N
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the function of a unique tandem GTPase EngA in bacterial ribosome assembly.
著者: Xiaoxiao Zhang / Kaige Yan / Yixiao Zhang / Ningning Li / Chengying Ma / Zhifei Li / Yanqing Zhang / Boya Feng / Jing Liu / Yadong Sun / Yanji Xu / Jianlin Lei / Ning Gao /
要旨: Many ribosome-interacting GTPases, with proposed functions in ribosome biogenesis, are also implicated in the cellular regulatory coupling between ribosome assembly process and various growth control ...Many ribosome-interacting GTPases, with proposed functions in ribosome biogenesis, are also implicated in the cellular regulatory coupling between ribosome assembly process and various growth control pathways. EngA is an essential GTPase in bacteria, and intriguingly, it contains two consecutive GTPase domains (GD), being one-of-a-kind among all known GTPases. EngA is required for the 50S subunit maturation. However, its molecular role remains elusive. Here, we present the structure of EngA bound to the 50S subunit. Our data show that EngA binds to the peptidyl transferase center (PTC) and induces dramatic conformational changes on the 50S subunit, which virtually returns the 50S subunit to a state similar to that of the late-stage 50S assembly intermediates. Very interestingly, our data show that the two GDs exhibit a pseudo-two-fold symmetry in the 50S-bound conformation. Our results indicate that EngA recognizes certain forms of the 50S assembly intermediates, and likely facilitates the conformational maturation of the PTC of the 23S rRNA in a direct manner. Furthermore, in a broad context, our data also suggest that EngA might be a sensor of the cellular GTP/GDP ratio, endowed with multiple conformational states, in response to fluctuations in cellular nucleotide pool, to facilitate and regulate ribosome assembly.
履歴
登録2014年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年11月26日-
マップ公開2014年11月26日-
更新2015年6月3日-
現状2015年6月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j8g
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6149.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of E. coli 50S subunit and EngA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 320 pix.
= 373.088 Å		1.17 Å/pix.
x 320 pix.
= 373.088 Å		1.17 Å/pix.
x 320 pix.
= 373.088 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1659 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.09316271 - 0.23179024
平均 (標準偏差)0.00017538 (±0.01283344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-159-159-159
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 373.088 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.16591.16591.1659
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z373.088373.088373.088
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-159-159-159
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0930.2320.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EngA bound with E. coli 50S subunit

全体名称: EngA bound with E. coli 50S subunit
要素
  • 試料: EngA bound with E. coli 50S subunit
  • 複合体: 50S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: EngA

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超分子 #1000: EngA bound with E. coli 50S subunit

超分子名称: EngA bound with E. coli 50S subunit / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: 50S ribosome

超分子名称: 50S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S, LSU RNA 23S, LSU RNA 5S
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: EngA

分子名称: EngA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Der / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pET28a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2012年4月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 189614
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2wwq
PDB 未公開エントリ

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-3j8g:
Electron cryo-microscopy structure of EngA bound with the 50S ribosomal subunit

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2hjg

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-3j8g:
Electron cryo-microscopy structure of EngA bound with the 50S ribosomal subunit

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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