EMDB-61341: Engineering of ATP synthase single stalk1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-61341

タイトル

Engineering of ATP synthase single stalk1

マップデータ

試料

複合体: Bacillus PS3 FoF1

キーワード

Molecular Motor / ATP synthase / MEMBRANE PROTEIN

生物種

Bacillus sp. PS3 (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Hamaguchi-Suzuki N / Ueno H / Yasuda K / Marui R / Adachi N / Senda T / Noji H / Murata T

資金援助

日本,

フランス, 6件

Organization	Grant number	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP21H00388	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H05624	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP23K18092	日本
Human Frontier Science Program (HFSP)	RGP0054/2020	フランス
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP23ama121013	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP21am0101071	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Engineering of ATP synthase for enhancement of proton-to-ATP ratio
著者: Ueno H / Yasuda K / Hamaguchi-Suzuki N / Marui R / Adachi N / Senda T / Murata T / Noji H

履歴

登録	2024年8月28日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年7月9日	-
マップ公開	2025年7月9日	-
更新	2025年7月9日	-
現状	2025年7月9日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_61341.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_61341.map.gz	122.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-61341-v30.xml emd-61341.xml	15.2 KB 15.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_61341_fsc.xml	12.7 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_61341.png	52 KB
マスクデータ	emd_61341_msk_1.map	244.1 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-61341.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_61341_additional_1.map.gz emd_61341_half_map_1.map.gz emd_61341_half_map_2.map.gz	230.3 MB 226.9 MB 226.9 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-61341 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-61341	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_61341_validation.pdf.gz	1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_61341_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	emd_61341_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_61341_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-61341 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-61341	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61339C 61340C 61342C 61343C 61344C 61345C 61346C 61347C 61348C 61349C 61350C 61351C 61352C 61353C 61354C 9jc1C 9jc2C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_61341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.75 Å/pix. x 400 pix. = 300. Å	0.75 Å/pix. x 400 pix. = 300. Å	0.75 Å/pix. x 400 pix. = 300. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.75 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.0365
最小 - 最大	-0.16685261 - 0.39294496
平均 (標準偏差)	0.0010690696 (±0.012835113)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_61341_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_61341_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_61341_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_61341_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Bacillus PS3 FoF1

全体	名称: Bacillus PS3 FoF1
要素	複合体: Bacillus PS3 FoF1

-
超分子 #1: Bacillus PS3 FoF1

超分子	名称: Bacillus PS3 FoF1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 56081 / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 308667
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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