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- EMDB-61320: Cryo-EM structure of the Arabidopsis EDS1-PAD4-ADR1 immune comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61320
タイトルCryo-EM structure of the Arabidopsis EDS1-PAD4-ADR1 immune complex in the presence of pRib-AMP
マップデータ
試料
  • 複合体: EDS1-PAD4-ADR1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein EDS1
    • タンパク質・ペプチド: PAD4
    • タンパク質・ペプチド: Probable disease resistance protein At5g04720
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose
  • リガンド: water
キーワードTIR signaling / EDS1 / PAD4 / ADR1 / pRib-AMP / cryo-EM / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


aerenchyma formation / EDS1 disease-resistance complex / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to singlet oxygen / lipase activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / chloroplast ...aerenchyma formation / EDS1 disease-resistance complex / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to singlet oxygen / lipase activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / chloroplast / defense response / ADP binding / lipid metabolic process / defense response to Gram-negative bacterium / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arabidopsis broad-spectrum mildew resistance protein RPW8 / Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Apoptotic protease-activating factors, helical domain ...Arabidopsis broad-spectrum mildew resistance protein RPW8 / Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Lipases, serine active site. / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PAD4 / Probable disease resistance protein At5g04720 / Protein EDS1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang H / Tan J / Cui X / Song S / Yan C / Qi T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Switch of TIR signaling by a Ca2+ sensor activates ADR1 recognition of pRib-AMP-bound EDS1-PAD4 for stomatal immunity
著者: Wang H / Tan J / Cui X / Song S / Yan C / Qi T
履歴
登録2024年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61320.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 300 pix.
= 288. Å		0.96 Å/pix.
x 300 pix.
= 288. Å		0.96 Å/pix.
x 300 pix.
= 288. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-2.9210842 - 4.3432317
平均 (標準偏差)-0.0013164922 (±0.09807516)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 288.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61320_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61320_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_61320_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EDS1-PAD4-ADR1 complex

全体名称: EDS1-PAD4-ADR1 complex
要素
  • 複合体: EDS1-PAD4-ADR1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein EDS1
    • タンパク質・ペプチド: PAD4
    • タンパク質・ペプチド: Probable disease resistance protein At5g04720
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: EDS1-PAD4-ADR1 complex

超分子名称: EDS1-PAD4-ADR1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: Protein EDS1

分子名称: Protein EDS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 71.784195 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MAFEALTGIN GDLITRSWSA SKQAYLTERY HKEEAGAVVI FAFQPSFSEK DFFDPDNKSS FGEIKLNRVQ FPCMRKIGKG DVATVNEAF LKNLEAIIDP RTSFQASVEM AVRSRKQIVF TGHSSGGATA ILATVWYLEK YFIRNPNVYL EPRCVTFGAP L VGDSIFSH ...文字列:
MAFEALTGIN GDLITRSWSA SKQAYLTERY HKEEAGAVVI FAFQPSFSEK DFFDPDNKSS FGEIKLNRVQ FPCMRKIGKG DVATVNEAF LKNLEAIIDP RTSFQASVEM AVRSRKQIVF TGHSSGGATA ILATVWYLEK YFIRNPNVYL EPRCVTFGAP L VGDSIFSH ALGREKWSRF FVNFVSRFDI VPRIMLARKA SVEETLPHVL AQLDPRKSSV QESEQRITEF YTRVMRDTST VA NQAVCEL TGSAEAFLET LSSFLELSPY RPAGTFVFST EKRLVAVNNS DAILQMLFYT SQASDEQEWS LIPFRSIRDH HSY EELVQS MGKKLFNHLD GENSIESTLN DLGVSTRGRQ YVQAALEEEK KRVENQKKII QVIEQERFLK KLAWIEDEYK PKCQ AHKNG YYDSFKVSNE ENDFKANVKR AELAGVFDEV LGLMKKCQLP DEFEGDIDWI KLATRYRRLV EPLDIANYHR HLKNE DTGP YMKRGRPTRY IYAQRGYEHY ILKPNGMIAE DVFWNKVNGL NLGLQLEEIQ ETLKNSGSEC GSCFWAEVEE LKGKPY EEV EVRVKTLEGM LGEWITDGEV DDKEIFLEGS TFRKWWITLP KNHKSHSPLR DYMMDEITDT

UniProtKB: Protein EDS1

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分子 #2: PAD4

分子名称: PAD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 61.054504 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MDDCRFETSE LQASVMISTP LFTDSWSSCN TANCNGSIKI HDIAGITYVA IPAVSMIQLG NLVGLPVTGD VLFPGLSSDE PLPMVDAAI LKLFLQLKIK EGLELELLGK KLVVITGHST GGALAAFTAL WLLSQSSPPS FRVFCITFGS PLLGNQSLST S ISRSRLAH ...文字列:
MDDCRFETSE LQASVMISTP LFTDSWSSCN TANCNGSIKI HDIAGITYVA IPAVSMIQLG NLVGLPVTGD VLFPGLSSDE PLPMVDAAI LKLFLQLKIK EGLELELLGK KLVVITGHST GGALAAFTAL WLLSQSSPPS FRVFCITFGS PLLGNQSLST S ISRSRLAH NFCHVVSIHD LVPRSSNEQF WPFGTYLFCS DKGGVCLDNA GSVRLMFNIL NTTATQNTEE HQRYGHYVFT LS HMFLKSR SFLGGSIPDN SYQAGVALAV EALGFSNDDT SGVLVKECIE TATRIVRAPI LRSAELANEL ASVLPARLEI QWY KDRCDA SEEQLGYYDF FKRYSLKRDF KVNMSRIRLA KFWDTVIKMV ETNELPFDFH LGKKWIYASQ FYQLLAEPLD IANF YKNRD IKTGGHYLEG NRPKRYEVID KWQKGVKVPE ECVRSRYAST TQDTCFWAKL EQAKEWLDEA RKESSDPQRR SLLRE KIVP FESYANTLVT KKEVSLDVKA KNSSYSVWEA NLKEFKCKMG YENEIEMVVD ESDAMET

UniProtKB: PAD4

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分子 #3: Probable disease resistance protein At5g04720

分子名称: Probable disease resistance protein At5g04720 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 91.662953 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MADIIGGEVV TELVRQLYAV SQKTLRCRGI AKNLATMIDG LQPTIKEIQY SGVELTPHRQ AQLRMFSETL DKCRKLTEKV LKSSRWNMV RQLLHVRKME NLQSKVSSFL NGQLLVHVLA DVHHVRADSE FRFDRIDRKV DSLNEKLGSM KLRGSESLRE A LKTAEATV ...文字列:
MADIIGGEVV TELVRQLYAV SQKTLRCRGI AKNLATMIDG LQPTIKEIQY SGVELTPHRQ AQLRMFSETL DKCRKLTEKV LKSSRWNMV RQLLHVRKME NLQSKVSSFL NGQLLVHVLA DVHHVRADSE FRFDRIDRKV DSLNEKLGSM KLRGSESLRE A LKTAEATV EMVTTDGADL GVGLDLGKRK VKEMLFKSID GERLIGISGM SGSGKTTLAK ELARDEEVRG HFGNKVLFLT VS QSPNLEE LRAHIWGFLT SYEAGVGATL PESRKLVILD DVWTRESLDQ LMFENIPGTT TLVVSRSKLA DSRVTYDVEL LNE HEATAL FCLSVFNQKL VPSGFSQSLV KQVVGECKGL PLSLKVIGAS LKERPEKYWE GAVERLSRGE PADETHESRV FAQI EATLE NLDPKTRDCF LVLGAFPEDK KIPLDVLINV LVELHDLEDA TAFAVIVDLA NRNLLTLVKD PRFGHMYTSY YDIFV TQHD VLRDVALRLS NHGKVNNRER LLMPKRESML PREWERNNDE PYKARVVSIH TGEMTQMDWF DMELPKAEVL ILHFSS DKY VLPPFIAKMG KLTALVIINN GMSPARLHDF SIFTNLAKLK SLWLQRVHVP ELSSSTVPLQ NLHKLSLIFC KINTSLD QT ELDIAQIFPK LSDLTIDHCD DLLELPSTIC GITSLNSISI TNCPRIKELP KNLSKLKALQ LLRLYACHEL NSLPVEIC E LPRLKYVDIS QCVSLSSLPE KIGKVKTLEK IDTRECSLSS IPNSVVLLTS LRHVICDREA LWMWEKVQKA VAGLRVEAA EKSFSRDWLD D

UniProtKB: Probable disease resistance protein At5g04720

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分子 #4: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP*YM

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分子 #5: 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose

分子名称: 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: RP5
分子量理論値: 230.11 Da
Chemical component information

ChemComp-RP5:
5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 274 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1779204
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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