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- EMDB-61211: Human G6PC1 in apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61211
タイトルHuman G6PC1 in apo state
マップデータ
試料
  • 複合体: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit1
    • タンパク質・ペプチド: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
キーワードG6PC1 / cryo-EM / apo / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphatase / Glycogen storage disease type Ia (G6PC) / glucose-6-phosphate transport / glucose-6-phosphatase activity / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / urate metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / Gluconeogenesis / glycogen catabolic process / triglyceride metabolic process ...glucose-6-phosphatase / Glycogen storage disease type Ia (G6PC) / glucose-6-phosphate transport / glucose-6-phosphatase activity / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / urate metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / Gluconeogenesis / glycogen catabolic process / triglyceride metabolic process / glycogen metabolic process / phosphate ion binding / steroid metabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cholesterol homeostasis / gluconeogenesis / multicellular organism growth / glucose homeostasis / regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose-6-phosphatase / Acid phosphatase homologues / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jiang DH / Xia ZY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971134 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural insights into glucose-6-phosphate recognition and hydrolysis by human G6PC1.
著者: Zhanyi Xia / Chuanyu Liu / Di Wu / Huiwen Chen / Jun Zhao / Daohua Jiang /
要旨: The glucose-6-phosphatase (G6Pase) is an integral membrane protein that catalyzes the hydrolysis of glucose-6-phosphate (G6P) in the endoplasmic reticulum lumen and plays a vital role in glucose ...The glucose-6-phosphatase (G6Pase) is an integral membrane protein that catalyzes the hydrolysis of glucose-6-phosphate (G6P) in the endoplasmic reticulum lumen and plays a vital role in glucose homeostasis. Dysregulation or genetic mutations of G6Pase are associated with diabetes and glycogen storage disease 1a (GSD-1a). Studies have characterized the biophysical and biochemical properties of G6Pase; however, the structure and substrate recognition mechanism of G6Pase remain unclear. Here, we present two cryo-EM structures of the 40-kDa human G6Pase: a wild-type apo form and a mutant G6Pase-H176A with G6P bound, elucidating the structural basis for substrate recognition and hydrolysis. G6Pase comprises nine transmembrane helices and possesses a large catalytic pocket facing the lumen. Unexpectedly, G6P binding induces substantial conformational rearrangements in the catalytic pocket, which facilitate the binding of the sugar moiety. In conjunction with functional analyses, this study provides critical insights into the structure, substrate recognition, catalytic mechanism, and pathology of G6Pase.
履歴
登録2024年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61211.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61211.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.243
最小 - 最大-1.2537289 - 1.6474476
平均 (標準偏差)0.000640444 (±0.037728075)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61211_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61211_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Glucose-6-phosphatase catalytic subunit1

全体名称: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit1
要素
  • 複合体: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit1
    • タンパク質・ペプチド: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

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超分子 #1: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit1

超分子名称: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1

分子名称: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glucose-6-phosphatase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.92257 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEEGMNVLHD FGIQSTHYLQ VNYQDSQDWF ILVSVIADLR NAFYVLFPIW FHLQEAVGIK LLWVAVIGDW LNLVFKWILF GQRPYWWVL DTDYYSNTSV PLIKQFPVTC ETGPGSPSGH AMGTAGVYYV MVTSTLSIFQ GKIKPTYRFR CLNVILWLGF W AVQLNVCL ...文字列:
MEEGMNVLHD FGIQSTHYLQ VNYQDSQDWF ILVSVIADLR NAFYVLFPIW FHLQEAVGIK LLWVAVIGDW LNLVFKWILF GQRPYWWVL DTDYYSNTSV PLIKQFPVTC ETGPGSPSGH AMGTAGVYYV MVTSTLSIFQ GKIKPTYRFR CLNVILWLGF W AVQLNVCL SRIYLAAHFP HQVVAGVLSG IAVAETFSHI HSIYNASLKK YFLITFFLFS FAIGFYLLLK GLGVDLLWTL EK AQRWCEQ PEWVHIDTTP FASLLKNLGT LFGLGLALNS SMYRESCKGK LSKWLPFRLS SIVASLVLLH VFDSLKPPSQ VEL VFYVLS FCKSAVVPLA SVSVIPYCLA QVLGQP

UniProtKB: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1

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分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102518
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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