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万見
- EMDB-61199: local refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61199
タイトルlocal refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer)
マップデータ
試料
  • 複合体: Local refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer)
    • タンパク質・ペプチド: Protein fem-1 homolog B
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Poly-UNK
キーワードubiquitination E3 ligase / Cryo-EM / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA import into mitochondrion / TOM complex / regulation of ubiquitin-protein transferase activity / mitochondrion targeting sequence binding / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / mitochondrial outer membrane translocase complex / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / migrasome / protein import into mitochondrial matrix ...tRNA import into mitochondrion / TOM complex / regulation of ubiquitin-protein transferase activity / mitochondrion targeting sequence binding / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / mitochondrial outer membrane translocase complex / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / migrasome / protein import into mitochondrial matrix / protein-transporting ATPase activity / branching involved in prostate gland morphogenesis / Mitochondrial protein import / regulation of DNA damage checkpoint / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / death receptor binding / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / protein targeting to mitochondrion / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / response to muscle activity / protein insertion into mitochondrial outer membrane / ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / sperm midpiece / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / cell periphery / unfolded protein binding / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitochondrial outer membrane / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / Protein fem-1 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.13 Å
データ登録者Zhao S / Xu C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2025
タイトル: TOM20-driven E3 ligase recruitment regulates mitochondrial dynamics through PLD6.
著者: Anat Raiff / Shidong Zhao / Aizat Bekturova / Colin Zenge / Shir Mazor / Xinyan Chen / Wenwen Ru / Yaara Makaros / Tslil Ast / Alban Ordureau / Chao Xu / Itay Koren /
要旨: Mitochondrial homeostasis is maintained through complex regulatory mechanisms, including the balance of mitochondrial dynamics involving fusion and fission processes. A central player in this ...Mitochondrial homeostasis is maintained through complex regulatory mechanisms, including the balance of mitochondrial dynamics involving fusion and fission processes. A central player in this regulation is the ubiquitin-proteasome system (UPS), which controls the degradation of pivotal mitochondrial proteins. In this study, we identified cullin-RING E3 ligase 2 (CRL2) and its substrate receptor, FEM1B, as critical regulators of mitochondrial dynamics. Through proteomic analysis, we demonstrate here that FEM1B controls the turnover of PLD6, a key regulator of mitochondrial dynamics. Using structural and biochemical approaches, we show that FEM1B physically interacts with PLD6 and that this interaction is facilitated by the direct association of FEM1B with the mitochondrial import receptor TOM20. Ablation of FEM1B or disruption of the FEM1B-TOM20 interaction impairs PLD6 degradation and induces mitochondrial defects, phenocopying PLD6 overexpression. These findings underscore the importance of FEM1B in maintaining mitochondrial morphology and provide further mechanistic insights into how the UPS regulates mitochondrial homeostasis.
履歴
登録2024年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61199.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61199.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 640 pix.
= 524.8 Å		0.82 Å/pix.
x 640 pix.
= 524.8 Å		0.82 Å/pix.
x 640 pix.
= 524.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.35454872 - 0.6477143
平均 (標準偏差)-0.00016093467 (±0.009492573)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 524.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61199_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61199_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Local refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer)

全体名称: Local refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer)
要素
  • 複合体: Local refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer)
    • タンパク質・ペプチド: Protein fem-1 homolog B
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Poly-UNK

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超分子 #1: Local refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer)

超分子名称: Local refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Local refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein fem-1 homolog B

分子名称: Protein fem-1 homolog B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.355062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEGLAGYVYK AASEGKVLTL AALLLNRSES DIRYLLGYVS QQGGQRSTPL IIAARNGHAK VVRLLLEHYR VQTQQTGTVR FDGYVIDGA TALWCAAGAG HFEVVKLLVS HGANVNHTTV TNSTPLRAAC FDGRLDIVKY LVENNANISI ANKYDNTCLM I AAYKGHTD ...文字列:
MEGLAGYVYK AASEGKVLTL AALLLNRSES DIRYLLGYVS QQGGQRSTPL IIAARNGHAK VVRLLLEHYR VQTQQTGTVR FDGYVIDGA TALWCAAGAG HFEVVKLLVS HGANVNHTTV TNSTPLRAAC FDGRLDIVKY LVENNANISI ANKYDNTCLM I AAYKGHTD VVRYLLEQRA DPNAKAHCGA TALHFAAEAG HIDIVKELIK WRAAIVVNGH GMTPLKVAAE SCKADVVELL LS HADCDRR SRIEALELLG ASFANDRENY DIIKTYHYLY LAMLERFQDG DNILEKEVLP PIHAYGNRTE CRNPQELESI RQD RDALHM EGLIVRERIL GADNIDVSHP IIYRGAVYAD NMEFEQCIKL WLHALHLRQK GNRNTHKDLL RFAQVFSQMI HLNE TVKAP DIECVLRCSV LEIEQSMNRV KNISDADVHN AMDNYECNLY TFLYLVCIST KTQCSEEDQC KINKQIYNLI HLDPR TREG FTLLHLAVNS NTPVDDFHTN DVCSFPNALV TKLLLDCGAE VNAVDNEGNS ALHIIVQYNR PISDFLTLHS IIISLV EAG AHTDMTNKQN KTPLDKSTTG VSEILLKTQM KMSLKCLAAR AVRANDINYQ DQIPRTLEEF VGFH

UniProtKB: Protein fem-1 homolog B

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分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.839889 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DRKRRSDPNF KNRLRERRKK QKLAKERAGL SKLPDLKDAE AVQKFFLEEI QLGEELLAQG EYEKGVDHLT NAIAVCGQPQ QLLQVLQQT LPPPVFQMLL TKLPTISQRI VSAQSLAEDD VE

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog

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分子 #3: Poly-UNK

分子名称: Poly-UNK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 954.168 Da
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 55.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 92948
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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