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- EMDB-61190: Structure of AAV8 in complex with its receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61190
タイトルStructure of AAV8 in complex with its receptor
マップデータ
試料
  • 複合体: AAV8 in complex with receptor
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Carboxypeptidase D
キーワードAAV8 / receptor / complex / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metallocarboxypeptidase D / serine-type carboxypeptidase activity / peptide metabolic process / RND1 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / T=1 icosahedral viral capsid / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / metallocarboxypeptidase activity / protein processing / nucleotide binding ...metallocarboxypeptidase D / serine-type carboxypeptidase activity / peptide metabolic process / RND1 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / T=1 icosahedral viral capsid / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / metallocarboxypeptidase activity / protein processing / nucleotide binding / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase D, carboxypeptidase-like domain 3 / Carboxypeptidase D, carboxypeptidase-like domain 2 / : / Carboxypeptidase regulatory-like domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. ...Carboxypeptidase D, carboxypeptidase-like domain 3 / Carboxypeptidase D, carboxypeptidase-like domain 2 / : / Carboxypeptidase regulatory-like domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxypeptidase D / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Xu H / Wang GP / Su XD
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2301402 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: An alternate receptor for adeno-associated viruses.
著者: Bijay P Dhungel / Hua Xu / Rajini Nagarajah / Joseph Vitale / Alex C H Wong / Divya Gokal / Yue Feng / Mehdi Sharifi Tabar / Cynthia Metierre / Chirag Parsania / Xiaohui Song / Guopeng Wang / ...著者: Bijay P Dhungel / Hua Xu / Rajini Nagarajah / Joseph Vitale / Alex C H Wong / Divya Gokal / Yue Feng / Mehdi Sharifi Tabar / Cynthia Metierre / Chirag Parsania / Xiaohui Song / Guopeng Wang / Xiao-Dong Su / Charles G Bailey / John E J Rasko /
要旨: Systemic gene therapy using adeno-associated virus (AAV) vectors is approved for the treatment of several genetic disorders, but challenges and toxicities associated with high vector doses remain. We ...Systemic gene therapy using adeno-associated virus (AAV) vectors is approved for the treatment of several genetic disorders, but challenges and toxicities associated with high vector doses remain. We report an alternate receptor for AAV (AAVR2, carboxypeptidase D [CPD]), which is distinct from the multi-serotype AAV receptor (AAVR). AAVR2 enables the transduction of clade E AAVs, including AAV8, and determines an exclusive AAVR-independent transduction pathway for AAV11 and AAV12. We characterized direct binding between the AAV8 capsid and AAVR2 by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and identified contact residues. We observed that AAV8 directly binds to the carboxypeptidase-like domain 1 of AAVR2 via its variable region VIII and demonstrated that AAV capsids that lack AAVR2 binding can be bioengineered to engage with AAVR2. Finally, we overexpressed a minimal functional AAVR2 to enhance AAV transduction in vivo. Our study provides insights into AAV biology and clinically deployable solutions to reduce dose-related toxicities associated with AAV vectors.
履歴
登録2024年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61190.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 192 pix.
= 205.44 Å		1.07 Å/pix.
x 192 pix.
= 205.44 Å		1.07 Å/pix.
x 192 pix.
= 205.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.040721547 - 0.09501169
平均 (標準偏差)0.00074967276 (±0.0052806307)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 205.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61190_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61190_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AAV8 in complex with receptor

全体名称: AAV8 in complex with receptor
要素
  • 複合体: AAV8 in complex with receptor
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Carboxypeptidase D

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超分子 #1: AAV8 in complex with receptor

超分子名称: AAV8 in complex with receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 81.833047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAADGYLPDW LEDNLSEGIR EWWALKPGAP KPKANQQKQD DGRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNAADA AALEHDKAYD QQLQAGDNP YLRYNHADAE FQERLQEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEGAKTA PGKKRPVEPS PQRSPDSSTG I GKKGQQPA ...文字列:
MAADGYLPDW LEDNLSEGIR EWWALKPGAP KPKANQQKQD DGRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNAADA AALEHDKAYD QQLQAGDNP YLRYNHADAE FQERLQEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEGAKTA PGKKRPVEPS PQRSPDSSTG I GKKGQQPA RKRLNFGQTG DSESVPDPQP LGEPPAAPSG VGPNTMAAGG GAPMADNNEG ADGVGSSSGN WHCDSTWLGD RV ITTSTRT WALPTYNNHL YKQISNGTSG GATNDNTYFG YSTPWGYFDF NRFHCHFSPR DWQRLINNNW GFRPKRLSFK LFN IQVKEV TQNEGTKTIA NNLTSTIQVF TDSEYQLPYV LGSAHQGCLP PFPADVFMIP QYGYLTLNNG SQAVGRSSFY CLEY FPSQM LRTGNNFQFT YTFEDVPFHS SYAHSQSLDR LMNPLIDQYL YYLSRTQTTG GTANTQTLGF SQGGPNTMAN QAKNW LPGP CYRQQRVSTT TGQNNNSNFA WTAGTKYHLN GRNSLANPGI AMATHKDDEE RFFPSNGILI FGKQNAARDN ADYSDV MLT SEEEIKTTNP VATEEYGIVA DNLQQQNTAP QIGTVNSQGA LPGMVWQNRD VYLQGPIWAK IPHTDGNFHP SPLMGGF GL KHPPPQILIK NTPVPADPPT TFNQSKLNSF ITQYSTGQVS VEIEWELQKE NSKRWNPEIQ YTSNYYKSTS VDFAVNTE G VYSEPRPIGT RYLTRNL

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: Carboxypeptidase D

分子名称: Carboxypeptidase D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: metallocarboxypeptidase D
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.9855 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AHIKKAEATT TTTSAGAEAA EGQFDRYYHE EELESALREA AAAGLPGLAR LFSIGRSVEG RPLWVLRLTA GLGSLIPEGD AGPDAAGPD AAGPLLPGRP QVKLVGNMHG DETVSRQVLI YLARELAAGY RRGDPRLVRL LNTTDVYLLP SLNPDGFERA R EGDCGFGD ...文字列:
AHIKKAEATT TTTSAGAEAA EGQFDRYYHE EELESALREA AAAGLPGLAR LFSIGRSVEG RPLWVLRLTA GLGSLIPEGD AGPDAAGPD AAGPLLPGRP QVKLVGNMHG DETVSRQVLI YLARELAAGY RRGDPRLVRL LNTTDVYLLP SLNPDGFERA R EGDCGFGD GGPSGASGRD NSRGRDLNRS FPDQFSTGEP PALDEVPEVR ALIEWIRRNK FVLSGNLHGG SVVASYPFDD SP EHKATGI YSKTSDDEVF KYLAKAYASN HPIMKTGEPH CPGDEDETFK DGITNGAHWY DVEGGMQDYN YVWANCFEIT LEL SCCKYP PASQLRQEWE NNRESLITLI EKVHIGVKGF VKDSITGSGL ENATISVAGI NHNITTGRFG DFYRLLVPGT YNLT VVLTG YMPLTVTNVV VKEGPATEVD FSLRPTVTSV IPDTTEAVST ASTVAIPNIL SGTSSSYHHH HHHHH

UniProtKB: Carboxypeptidase D

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30953
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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