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- EMDB-61058: Paused elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61058
タイトルPaused elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (PEC2-nuc)
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA polymerase II in complex with DSIF, NELF, and nucleosome
    • 複合体: RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: Spt4 and Spt5
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
    • 複合体: Negative elongation factor (NELF)
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: Histone proteins
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードRNA polymerase / NELF / nucleosome / DNA / RNA / TFIIS / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription pausing by RNA polymerase II / NELF complex / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / Barr body / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of chromosome condensation / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation ...transcription pausing by RNA polymerase II / NELF complex / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / Barr body / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of chromosome condensation / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / negative regulation of stem cell differentiation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / muscle cell differentiation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / oocyte maturation / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / transcription elongation factor activity / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / nucleosomal DNA binding / transcription factor TFIID complex / nucleus organization / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of macroautophagy / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / spermatid development / single fertilization / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / subtelomeric heterochromatin formation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / negative regulation of megakaryocyte differentiation / transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase II Transcription Elongation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Formation of RNA Pol II elongation complex / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Packaging Of Telomere Ends / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / embryo implantation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / stem cell differentiation / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / erythrocyte differentiation / innate immune response in mucosa
類似検索 - 分子機能
Negative elongation factor E / Negative elongation factor E, RNA recognition motif / Cofactor of BRCA1 / Cofactor of BRCA1 (COBRA1) / : / : / NELF-A N-terminal domain / TH1 protein / TH1 protein / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain ...Negative elongation factor E / Negative elongation factor E, RNA recognition motif / Cofactor of BRCA1 / Cofactor of BRCA1 (COBRA1) / : / : / NELF-A N-terminal domain / TH1 protein / TH1 protein / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / Transcription elongation factor S-II, central domain / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Spt5, KOW domain repeat 6 / : / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / TFIIS N-terminal domain profile. / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor IIS, N-terminal / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / : / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5 C-terminal domain / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / TFIIS/LEDGF domain superfamily / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a ...DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / Transcription elongation factor SPT5 / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Negative elongation factor E / Transcription elongation factor A protein 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Histone H4 / Transcription elongation factor SPT4 / Histone H3.3 / Negative elongation factor C/D / Negative elongation factor B / Negative elongation factor A
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Naganuma M / Kujirai T / Ehara H / Uejima T / Ito T / Goto M / Aoki M / Henmi M / Miyamoto-Kohno S / Shirouzu M ...Naganuma M / Kujirai T / Ehara H / Uejima T / Ito T / Goto M / Aoki M / Henmi M / Miyamoto-Kohno S / Shirouzu M / Kurumizaka H / Sekine S
資金援助 日本, 9件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23H05475 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JPMJER1901 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121009 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24H00062 日本
Other private 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K15033 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23K17392 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural insights into promoter-proximal pausing of RNA polymerase II at +1 nucleosome.
著者: Masahiro Naganuma / Tomoya Kujirai / Haruhiko Ehara / Tamami Uejima / Tomoko Ito / Mie Goto / Mari Aoki / Masami Henmi / Sayako Miyamoto-Kohno / Mikako Shirouzu / Hitoshi Kurumizaka / Shun-Ichi Sekine /
要旨: The metazoan transcription elongation complex (EC) of RNA polymerase II (RNAPII) generally stalls between the transcription start site and the first (+1) nucleosome. This promoter-proximal pausing ...The metazoan transcription elongation complex (EC) of RNA polymerase II (RNAPII) generally stalls between the transcription start site and the first (+1) nucleosome. This promoter-proximal pausing involves negative elongation factor (NELF), 5,6-dichloro-1-β-d-ribobenzimidazole sensitivity-inducing factor (DSIF), and transcription elongation factor IIS (TFIIS) and is critical for subsequent productive transcription elongation. However, the detailed pausing mechanism and the involvement of the +1 nucleosome remain enigmatic. Here, we report cryo-electron microscopy structures of ECs stalled on nucleosomal DNA. In the absence of TFIIS, the EC is backtracked/arrested due to conflicts between NELF and the nucleosome. We identified two alternative binding modes of NELF, one of which reveals a critical contact with the downstream DNA through the conserved NELF-E basic helix. Upon binding with TFIIS, the EC progressed to the nucleosome to establish a paused EC with a partially unwrapped nucleosome. This paused EC strongly restricts EC progression further downstream. These structures illuminate the mechanism of RNAPII pausing/stalling at the +1 nucleosome.
履歴
登録2024年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61058.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61058.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.48 Å/pix.
x 240 pix.
= 356.16 Å		1.48 Å/pix.
x 240 pix.
= 356.16 Å		1.48 Å/pix.
x 240 pix.
= 356.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.484 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.056044593 - 0.14907002
平均 (標準偏差)0.00046130497 (±0.0053197066)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 356.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: NELF-focused map

ファイルemd_61058_additional_1.map
注釈NELF-focused map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: RNAPII-focused map

ファイルemd_61058_additional_2.map
注釈RNAPII-focused map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Nucleosome-focused map

ファイルemd_61058_additional_3.map
注釈Nucleosome-focused map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61058_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61058_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase II in complex with DSIF, NELF, and nucleosome

全体名称: RNA polymerase II in complex with DSIF, NELF, and nucleosome
要素
  • 複合体: RNA polymerase II in complex with DSIF, NELF, and nucleosome
    • 複合体: RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
      • タンパク質・ペプチド: RPB12
    • 複合体: Spt4 and Spt5
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT4
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT5
    • 複合体: Negative elongation factor (NELF)
      • タンパク質・ペプチド: Negative elongation factor A
      • タンパク質・ペプチド: Negative elongation factor B
      • タンパク質・ペプチド: Negative elongation factor C/D
      • タンパク質・ペプチド: Negative elongation factor E
    • 複合体: Histone proteins
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: Non-template DNA (157-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*C)-3')
    • DNA: Template DNA (168-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor A protein 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: RNA polymerase II in complex with DSIF, NELF, and nucleosome

超分子名称: RNA polymerase II in complex with DSIF, NELF, and nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#26

+
超分子 #2: RNA polymerase II

超分子名称: RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#8, #14-#17
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
超分子 #3: Spt4 and Spt5

超分子名称: Spt4 and Spt5 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Negative elongation factor (NELF)

超分子名称: Negative elongation factor (NELF) / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #23-#26
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: Histone proteins

超分子名称: Histone proteins / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #19-#22
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 217.450078 KDa
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ PEGDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQEKKILLSP ERVHEIFKRI SDEECFVLGM EP RYARPEW MIVTVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKLADIVKIN NQLRRNEQNG AAAHVIAEDV KLLQFHVATM VDN ELPGLP RAMQKSGRPL KSLKQRLKGK EGRVRGNLMG KRVDFSARTV ITPDPNLSID QVGVPRSIAA NMTFAEIVTP FNID RLQEL VRRGNSQYPG AKYIIRDNGD RIDLRFHPKP SDLHLQTGYK VERHMCDGDI VIFNRQPTLH KMSMMGHRVR ILPWS TFRL NLSVTTPYNA DFDGDEMNLH LPQSLETRAE IQELAMVPRM IVTPQSNRPV MGIVQDTLTA VRKFTKRDVF LERGEV MNL LMFLSTWDGK VPQPAILKPR PLWTGKQIFS LIIPGHINCI RTHSTHPDDE DSGPYKHISP GDTKVVVENG ELIMGIL CK KSLGTSAGSL VHISYLEMGH DITRLFYSNI QTVINNWLLI EGHTIGIGDS IADSKTYQDI QNTIKKAKQD VIEVIEKA H NNELEPTPGN TLRQTFENQV NRILNDARDK TGSSAQKSLS EYNNFKSMVV SGAKGSKINI SQVIAVVGQQ NVEGKRIPF GFKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQL RYGEDGLAGE SVEFQNLATL KPSNKAFEKK FRFDYTNERA LRRTLQEDLV KDVLSNAHIQ NELEREFERM R EDREVLRV IFPTGDSKVV LPCNLLRMIW NAQKIFHINP RLPSDLHPIK VVEGVKELSK KLVIVNGDDP LSRQAQENAT LL FNIHLRS TLCSRRMAEE FRLSGEAFDW LLGEIESKFN QAIAHPGEMV GALAAQSLGE PATQMTLNTF HYAGVSAKNV TLG VPRLKE LINISKKPKT PSLTVFLLGQ SARDAERAKD ILCRLEHTTL RKVTANTAIY YDPNPQSTVV AEDQEWVNVY YEMP DFDVA RISPWLLRVE LDRKHMTDRK LTMEQIAEKI NAGFGDDLNC IFNDDNAEKL VLRIRIMNSD ENKMQEEEEV VDKMD DDVF LRCIESNMLT DMTLQGIEQI SKVYMHLPQT DNKKKIIITE DGEFKALQEW ILETDGVSLM RVLSEKDVDP VRTTSN DIV EIFTVLGIEA VRKALERELY HVISFDGSYV NYRHLALLCD TMTCRGHLMA ITRHGVNRQD TGPLMKCSFE ETVDVLM EA AAHGESDPMK GVSENIMLGQ LAPAGTGCFD LLLDAEKCKY GMEIPTNIPG LGAAGPTGMF FGSAPSPMGG ISPAMTPW N QGATPAYGAW SPSVGSGMTP GAAGFSPSAA SDASGFSPGY SPAWSPTPGS PGSPGPSSPY IPSPGGAMSP SYSPTSPAY EPRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPNYS PTSPNYTPTS P SYSPTSPS YSPTSPNYTP TSPNYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPSS PRYTPQSPTY TPSSPSYSPS SPSYSPTSPK YT PTSPSYS PSSPEYTPTS PKYSPTSPKY SPTSPKYSPT SPTYSPTTPK YSPTSPTYSP TSPVYTPTSP KYSPTSPTYS PTS PKYSPT SPTYSPTSPK GSTYSPTSPG YSPTSPTYSL TSPAISPDDS DEEN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 134.041422 KDa
配列文字列: MYDADEDMQY DEDDDEITPD LWQEACWIVI SSYFDEKGLV RQQLDSFDEF IQMSVQRIVE DAPPIDLQAE AQHASGEVEE PPRYLLKFE QIYLSKPTHW ERDGAPSPMM PNEARLRNLT YSAPLYVDIT KTVIKEGEEQ LQTQHQKTFI GKIPIMLRST Y CLLNGLTD ...文字列:
MYDADEDMQY DEDDDEITPD LWQEACWIVI SSYFDEKGLV RQQLDSFDEF IQMSVQRIVE DAPPIDLQAE AQHASGEVEE PPRYLLKFE QIYLSKPTHW ERDGAPSPMM PNEARLRNLT YSAPLYVDIT KTVIKEGEEQ LQTQHQKTFI GKIPIMLRST Y CLLNGLTD RDLCELNECP LDPGGYFIIN GSEKVLIAQE KMATNTVYVF AKKDSKYAYT GECRSCLENS SRPTSTIWVS ML ARGGQGA KKSAIGQRIV ATLPYIKQEV PIIIVFRALG FVSDRDILEH IIYDFEDPEM MEMVKPSLDE AFVIQEQNVA LNF IGSRGA KPGVTKEKRI KYAKEVLQKE MLPHVGVSDF CETKKAYFLG YMVHRLLLAA LGRRELDDRD HYGNKRLDLA GPLL AFLFR GMFKNLLKEV RIYAQKFIDR GKDFNLELAI KTRIISDGLK YSLATGNWGD QKKAHQARAG VSQVLNRLTF ASTLS HLRR LNSPIGRDGK LAKPRQLHNT LWGMVCPAET PEGHAVGLVK NLALMAYISV GSQPSPILEF LEEWSMENLE EISPAA IAD ATKIFVNGCW VGIHKDPEQL MNTLRKLRRQ MDIIVSEVSM IRDIREREIR IYTDAGRICR PLLIVEKQKL LLKKRHI DQ LKEREYNNYS WQDLVASGVV EYIDTLEEET VMLAMTPDDL QEKEVAYCST YTHCEIHPSM ILGVCASIIP FPDHNQSP R NTYQSAMGKQ AMGVYITNFH VRMDTLAHVL YYPQKPLVTT RSMEYLRFRE LPAGINSIVA IASYTGYNQE DSVIMNRSA VDRGFFRSVF YRSYKEQESK KGFDQEEVFE KPTRETCQGM RHAIYDKLDD DGLIAPGVRV SGDDVIIGKT VTLPENEDEL EGTNRRYTK RDCSTFLRTS ETGIVDQVMV TLNQEGYKFC KIRVRSVRIP QIGDKFASRH GQKGTCGIQY RQEDMPFTCE G ITPDIIIN PHAIPSRMTI GHLIECLQGK VSANKGEIGD ATPFNDAVNV QKISNLLSDY GYHLRGNEVL YNGFTGRKIT SQ IFIGPTY YQRLKHMVDD KIHSRARGPI QILNRQPMEG RSRDGGLRFG EMERDCQIAH GAAQFLRERL FEASDPYQVH VCN LCGIMA IANTRTHTYE CRGCRNKTQI SLVRMPYACK LLFQELMSMS IAPRMMSV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 30.997557 KDa
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVAFEYDP DNALRHTVYP KPEEWPKSEY SELDEDESQA PYDPNGKPER FYYNVESCGS LR PETIVLS ALSGLKKKLS DLQTQLSHEI QSDV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 24.644318 KDa
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit F

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.477001 KDa
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 19.314283 KDa
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF DPNSNPPCYK TMDEDIVIQQ DDEIRLKIVG TRVDKNDIFA I GSLMDDYL GLVS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 17.162273 KDa
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.541221 KDa
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC GHRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #9: Transcription elongation factor SPT4

分子名称: Transcription elongation factor SPT4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.297278 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SMALETVPKD LRHLRACLLC SLVKTIDQFE YDGCDNCDAY LQMKGNREMV YDCTSSSFDG IIAMMSPEDS WVSKWQRVSN FKPGVYAVS VTGRLPQGIV RELKSRGVAY KSRDTAIKT

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT4

+
分子 #10: Transcription elongation factor SPT5

分子名称: Transcription elongation factor SPT5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 123.297812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE EDDDRPPKKP RHGGFILDEA DVDDEYEDE DQWEDGAEDI LEKEEIEASN IDNVVLDEDR SGARRLQNLW RDQREEELGE YYMKKYAKSS VGETVYGGSD E LSDDITQQ ...文字列:
MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE EDDDRPPKKP RHGGFILDEA DVDDEYEDE DQWEDGAEDI LEKEEIEASN IDNVVLDEDR SGARRLQNLW RDQREEELGE YYMKKYAKSS VGETVYGGSD E LSDDITQQ QLLPGVKDPN LWTVKCKIGE ERATAISLMR KFIAYQFTDT PLQIKSVVAP EHVKGYIYVE AYKQTHVKQA IE GVGNLRL GYWNQQMVPI KEMTDVLKVV KEVANLKPKS WVRLKRGIYK DDIAQVDYVE PSQNTISLKM IPRIDYDRIK ARM SLKDWF AKRKKFKRPP QRLFDAEKIR SLGGDVASDG DFLIFEGNRY SRKGFLFKSF AMSAVITEGV KPTLSELEKF EDQP EGIDL EVVTESTGKE REHNFQPGDN VEVCEGELIN LQGKILSVDG NKITIMPKHE DLKDMLEFPA QELRKYFKMG DHVKV IAGR FEGDTGLIVR VEENFVILFS DLTMHELKVL PRDLQLCSET ASGVDVGGQH EWGELVQLDP QTVGVIVRLE RETFQV LNM YGKVVTVRHQ AVTRKKDNRF AVALDSEQNN IHVKDIVKVI DGPHSGREGE IRHLFRSFAF LHCKKLVENG GMFVCKT RH LVLAGGSKPR DVTNFTVGGF APMSPRISSP MHPSAGGQRG GFGSPGGGSG GMSRGRGRRD NELIGQTVRI SQGPYKGY I GVVKDATEST ARVELHSTCQ TISVDRQRLT TVGSRRPGGM TSTYGRTPMY GSQTPMYGSG SRTPMYGSQT PLQDGSRTP HYGSQTPLHD GSRTPAQSGA WDPNNPNTPS RAEEEYEYAF DDEPTPSPQA YGGTPNPQTP GYPDPSSPQV NPQYNPQTPG TPAMYNTDQ FSPYAAPSPQ GSYQPSPSPQ SYHQVAPSPA GYQNTHSPAS YHPTPSPMAY QASPSPSPVG YSPMTPGAPS P GGYNPHTP GSGIEQNSSD WVTTDIQVKV RDTYLDTQVV GQTGVIRSVT GGMCSVYLKD SEKVVSISSE HLEPITPTKN NK VKVILGE DREATGVLLS IDGEDGIVRM DLDEQLKILN LRFLGKLLEA KETAAAKFER QHMDSSTSAA

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT5

+
分子 #14: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 16.331255 KDa
配列文字列:
MAAGGSDPRA GDVEEDASQL IFPKEFETAE TLLNSEVHML LEHRKQQNES AEDEQELSEV FMKTLNYTAR FSRFKNRETI ASVRSLLLQ KKLHKFELAC LANLCPETAE ESKALIPSLE GRFEDEELQQ ILDDIQTKRS FQY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

+
分子 #15: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.655123 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #16: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.310284 KDa
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

+
分子 #17: RPB12

分子名称: RPB12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.018244 KDa
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #18: Transcription elongation factor A protein 1

分子名称: Transcription elongation factor A protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.022723 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEDEVVRFAK KMDKMVQKKN AAGALDLLKE LKNIPMTLEL LQSTRIGMSV NAIRKQSTDE EVTSLAKSLI KSWKKLLDGP STEKDLDEK KKEPAITSQN SPEAREESTS SGNVSNRKDE TNARDTYVSS FPRAPSTSDS VRLKCREMLA AALRTGDDYI A IGADEEEL ...文字列:
MEDEVVRFAK KMDKMVQKKN AAGALDLLKE LKNIPMTLEL LQSTRIGMSV NAIRKQSTDE EVTSLAKSLI KSWKKLLDGP STEKDLDEK KKEPAITSQN SPEAREESTS SGNVSNRKDE TNARDTYVSS FPRAPSTSDS VRLKCREMLA AALRTGDDYI A IGADEEEL GSQIEEAIYQ EIRNTDMKYK NRVRSRISNL KDAKNPNLRK NVLCGNIPPD LFARMTAEEM ASDELKEMRK NL TKEAIRE HQMAKTGGTQ TDLFTCGKCK KKNCTYTQVQ TRSADEPMTT FVVCNECGNR WKFC

UniProtKB: Transcription elongation factor A protein 1

+
分子 #19: Histone H3.3

分子名称: Histone H3.3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.360983 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PSTGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSAA IGALQEASEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.3

+
分子 #20: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #21: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.165551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

+
分子 #22: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.935239 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

+
分子 #23: Negative elongation factor A

分子名称: Negative elongation factor A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.343598 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASMRESDTG LWLHNKLGAT DELWAPPSIA SLLTAAVIDN IRLCFHGLSS AVKLKLLLGT LHLPRRTVDE MKGALMEIIQ LASLDSDPW VLMVADILKS FPDTGSLNLE LEEQNPNVQD ILGELREKVG ECEASAMLPL ECQYLNKNAL TTLAGPLTPP V KHFQLKRK ...文字列:
MASMRESDTG LWLHNKLGAT DELWAPPSIA SLLTAAVIDN IRLCFHGLSS AVKLKLLLGT LHLPRRTVDE MKGALMEIIQ LASLDSDPW VLMVADILKS FPDTGSLNLE LEEQNPNVQD ILGELREKVG ECEASAMLPL ECQYLNKNAL TTLAGPLTPP V KHFQLKRK PKSATLRAEL LQKSTETAQQ LKRSAGVPFH AKGRGLLRKM DTTTPLKGIP KQAPFRSPTA PSVFSPTGNR TP IPPSRTL LRKERGVKLL DISELDMVGA GREAKRRRKT LDAEVVEKPA KEETVVENAT PDYAAGLVST QKLGSLNNEP ALP STSYLP STPSVVPASS YIPSSETPPA PSSREASRPP EEPSAPSPTL PAQFKQRAPM YNSGLSPATP TPAAPTSPLT PTTP PAVAP TTQTPPVAMV APQTQAPAQQ QPKKNLSLTR EQMFAAQEMF KTANKVTRPE KALILGFMAG SRENPCQEQG DVIQI KLSE HTEDLPKADG QGSTTMLVDT VFEMNYATGQ WTRFKKYKPM TNVS

UniProtKB: Negative elongation factor A

+
分子 #24: Negative elongation factor B

分子名称: Negative elongation factor B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.779227 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFAGLQDLGV ANGEDLKETL TNCTEPLKAI EQFQTENGVL LPSLQSALPF LDLHGTPRLE FHQSVFDELR DKLLERVSAI ASEGKAEER YKKLEDLLEK SFSLVKMPSL QPVVMCVMKH LPKVPEKKLK LVMADKELYR ACAVEVKRQI WQDNQALFGD E VSPLLKQY ...文字列:
MFAGLQDLGV ANGEDLKETL TNCTEPLKAI EQFQTENGVL LPSLQSALPF LDLHGTPRLE FHQSVFDELR DKLLERVSAI ASEGKAEER YKKLEDLLEK SFSLVKMPSL QPVVMCVMKH LPKVPEKKLK LVMADKELYR ACAVEVKRQI WQDNQALFGD E VSPLLKQY ILEKESALFS TELSVLHNFF SPSPKTRRQG EVVQRLTRMV GKNVKLYDMV LQFLRTLFLR TRNVHYCTLR AE LLMSLHD LDVGEICTVD PCHKFTWCLD ACIRERFVDS KRARELQGFL DGVKKGQEQV LGDLSMILCD PFAINTLALS TVR HLQELV GQETLPRDSP DLLLLLRLLA LGQGAWDMID SQVFKEPKME VELITRFLPM LMSFLVDDYT FNVDQKLPAE EKAP VSYPN TLPESFTKFL QEQRMACEVG LYYVLHITKQ RNKNALLRLL PGLVETFGDL AFGDIFLHLL TGNLALLADE FALED FCSS LFDGFFLTAS PRKENVHRHA LRLLIHLHPR VAPSKLEALQ KALEPTGQSG EAVKELYSQL GEKLEQLDHR KPSPAQ AAE TPALELPLPS VPAPAPL

UniProtKB: Negative elongation factor B

+
分子 #25: Negative elongation factor C/D

分子名称: Negative elongation factor C/D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.547758 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAGAVPGAIM DEDYYGSAAE WGDEADGGQQ EDDSGEGEDD AEVQQECLHK FSTRDYIMEP SIFNTLKRYF QAGGSPENVI QLLSENYTA VAQTVNLLAE WLIQTGVEPV QVQETVENHL KSLLIKHFDP RKADSIFTEE GETPAWLEQM IAHTTWRDLF Y KLAEAHPD ...文字列:
MAGAVPGAIM DEDYYGSAAE WGDEADGGQQ EDDSGEGEDD AEVQQECLHK FSTRDYIMEP SIFNTLKRYF QAGGSPENVI QLLSENYTA VAQTVNLLAE WLIQTGVEPV QVQETVENHL KSLLIKHFDP RKADSIFTEE GETPAWLEQM IAHTTWRDLF Y KLAEAHPD CLMLNFTVKL ISDAGYQGEI TSVSTACQQL EVFSRVLRTS LATILDGGEE NLEKNLPEFA KMVCHGEHTY LF AQAMMSV LAQEEQGGSA VRRIAQEVQR FAQEKGHDAS QITLALGTAA SYPRACQALG AMLSKGALNP ADITVLFKMF TSM DPPPVE LIRVPAFLDL FMQSLFKPGA RINQDHKHKY IHILAYAASV VETWKKNKRV SINKDELKST SKAVETVHNL CCNE NKGAS ELVAELSTLY QCIRFPVVAM GVLKWVDWTV SEPRYFQLQT DHTPVHLALL DEISTCHQLL HPQVLQLLVK LFETE HSQL DVMEQLELKK TLLDRMVHLL SRGYVLPVVS YIRKCLEKLD TDISLIRYFV TEVLDVIAPP YTSDFVQLFL PILEND SIA GTIKTEGEHD PVTEFIAHCK SNFIMVNGSS GSSGLEVLFQ GPHHHHHH

UniProtKB: Negative elongation factor C/D

+
分子 #26: Negative elongation factor E

分子名称: Negative elongation factor E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.852602 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDYKDDDDKL EVLFQGPGSS GSSGMLVIPP GLSEEEEALQ KKFNKLKKKK KALLALKKQS SSSTTSQGGV KRSLSEQPVM DTATATEQA KQLVKSGAIS AIKAETKNSG FKRSRTLEGK LKDPEKGPVP TFQPFQRSIS ADDDLQESSR RPQRKSLYES F VSSSDRLR ...文字列:
MDYKDDDDKL EVLFQGPGSS GSSGMLVIPP GLSEEEEALQ KKFNKLKKKK KALLALKKQS SSSTTSQGGV KRSLSEQPVM DTATATEQA KQLVKSGAIS AIKAETKNSG FKRSRTLEGK LKDPEKGPVP TFQPFQRSIS ADDDLQESSR RPQRKSLYES F VSSSDRLR ELGPDGEEAE GPGAGDGPPR SFDWGYEERS GAHSSASPPR SRSRDRSHER NRDRDRDRER DRDRDRDRDR ER DRDRDRD RDRDRERDRD RERDRDRDRE GPFRRSDSFP ERRAPRKGNT LYVYGEDMTP TLLRGAFSPF GNIIDLSMDP PRN CAFVTY EKMESADQAV AELNGTQVES VQLKVNIARK QPMLDAATGK SVWGSLAVQN SPKGCHRDKR TQIVYSDDVY KENL VDGF

UniProtKB: Negative elongation factor E

+
分子 #11: Non-template DNA (157-MER)

分子名称: Non-template DNA (157-MER) / タイプ: dna / ID: 11 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.381906 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DG) (DG)(DG)(DT)(DG)(DG) ...文字列:
(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DG) (DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DC) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #13: Template DNA (168-MER)

分子名称: Template DNA (168-MER) / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.869977 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DA)(DC)(DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA) (DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA) (DA)(DA) (DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC) (DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)

+
分子 #12: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*C)-3') / タイプ: rna / ID: 12 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.503828 KDa
配列文字列:
AAUUAGCUCU UGUGUUGUGU UUGGUGUGUU UGGGUGGUGG CC

+
分子 #27: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 9 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #28: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47563
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9j0n:
Paused elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (PEC2-nuc)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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