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- EMDB-61026: VLP structure of Chikungunya virus complexed with C37 Fab, 2f block. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61026
タイトルVLP structure of Chikungunya virus complexed with C37 Fab, 2f block.
マップデータ
試料
  • 複合体: CHIKV VLP
    • タンパク質・ペプチド: C37 Fab, Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: C37 Fab, Light chain
    • タンパク質・ペプチド: CHIKV E1
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: CHIKV capsid protein
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードchikungunya / alphavirus / VIRUS LIKE PARTICLE / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Han X / Ji C / Wang F / Tian S / Gao FG / Yan J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: VLP structure of Chikungunya virus complexed with C37 Fab, 2f block.
著者: Han X / Ji C / Wang F / Tian S / Gao FG / Yan J
履歴
登録2024年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61026.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 380 pix.
= 501.6 Å		1.32 Å/pix.
x 380 pix.
= 501.6 Å		1.32 Å/pix.
x 380 pix.
= 501.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.135
最小 - 最大-0.3476054 - 0.6961579
平均 (標準偏差)0.0034493397 (±0.032338794)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 501.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61026_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61026_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CHIKV VLP

全体名称: CHIKV VLP
要素
  • 複合体: CHIKV VLP
    • タンパク質・ペプチド: C37 Fab, Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: C37 Fab, Light chain
    • タンパク質・ペプチド: CHIKV E1
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: CHIKV capsid protein
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: CHIKV VLP

超分子名称: CHIKV VLP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

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分子 #1: C37 Fab, Heavy chain

分子名称: C37 Fab, Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.556869 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EFATMETDTL LLWVLLLWVP GSTGDQVQLQ ESGPGLVKPS ETLSLTCTVS GGSIGSSSYY WGWIRQPPGK GLQWIGSFHY SGTTYYNPS LKSRVTISVD TSKNHFSLKL SSVTAADTAV YYCASRQNWN DGYFDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT ...文字列:
EFATMETDTL LLWVLLLWVP GSTGDQVQLQ ESGPGLVKPS ETLSLTCTVS GGSIGSSSYY WGWIRQPPGK GLQWIGSFHY SGTTYYNPS LKSRVTISVD TSKNHFSLKL SSVTAADTAV YYCASRQNWN DGYFDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KV DKRVEPK SCDKTHTCPP CPHHHHHH

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分子 #2: C37 Fab, Light chain

分子名称: C37 Fab, Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.365309 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELATMETDTL LLWVLLLWVP GSTGDDIQMT QSPATLSLSP GERATLFCRA SQSVSSSLAW YQQKPGQAPR LLIYDASNRA TGIPARFSG SGSGTDFTLT ISSLEPEDFA VYYCQQRGNW PPITFGQGTR LDTKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV C LLNNFYPR ...文字列:
ELATMETDTL LLWVLLLWVP GSTGDDIQMT QSPATLSLSP GERATLFCRA SQSVSSSLAW YQQKPGQAPR LLIYDASNRA TGIPARFSG SGSGTDFTLT ISSLEPEDFA VYYCQQRGNW PPITFGQGTR LDTKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV C LLNNFYPR EAKVQWKVDN ALQSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC S

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分子 #3: CHIKV E1

分子名称: CHIKV E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
分子量理論値: 47.446906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KNLPDYSCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDAE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNITVTAYAN GDHAVTVKDA K FIVGPMSS ...文字列:
YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KNLPDYSCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDAE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNITVTAYAN GDHAVTVKDA K FIVGPMSS AWTPFDNKIV VYKGDVYNMD YPPFGAGRPG QFGDIQSRTP ESKDVYANTQ LVLQRPAAGT VHVPYSQAPS GF KYWLKER GASLQHTAPF GCQIATNPVR AVNCAVGNMP ISIDIPEAAF TRVVDAPSLT DMSCEVPACT HSSDFGGVAV IKY AASKKG KCAVHSMTNA VTIREAEIEV EGNSQLQISF STALASAEFR VQVCSTQVHC AAECHPPKDH IVNYPASHTT LGVQ DISAT AMSWVQKITG GVGLVVAVAA LILIVVLCVS FSRH

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #4: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
分子量理論値: 46.909578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NFNVYKATRP YLAHCPDCGE GHSCHSPVAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDNHM PADAERAGLF VRTSAPCTI TGTMGHFILA RCPKGETLTV GFTDSRKISH SCTHPFHHDP PVIGREKFHS RPQHGKELPC STYVQSTAAT T EEIEVHMP ...文字列:
NFNVYKATRP YLAHCPDCGE GHSCHSPVAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDNHM PADAERAGLF VRTSAPCTI TGTMGHFILA RCPKGETLTV GFTDSRKISH SCTHPFHHDP PVIGREKFHS RPQHGKELPC STYVQSTAAT T EEIEVHMP PDTPDRTLMS QQSGNVKITV NGQTVRYKCN CGGSNEGLTT TDKVINNCKV DQCHAAVTNH KKWQYNSPLV PR NAELGDR KGKIHIPFPL ANVTCRVPKA RNPTVTYGKN QVIMLLYPDH PTLLSYRNMG EEPNYQEEWV MHKKEVVLTV PTE GLEVTW GNNEPYKYWP QLSTNGTAHG HPHEIILYYY ELYPTMTVVV VSVASFVLLS MVGVAVGMCM CARRRCITPY ELTP GATVP FLLSLICCIR TAKA

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #5: CHIKV capsid protein

分子名称: CHIKV capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
分子量理論値: 16.428607 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
NDCIFEVKHE GKVTGYACLV GDKVMKPAHV KGTIDNADLA KLAFKRSSKY DLECAQIPVH MKSDASKFTH EKPEGYYNWH HGAVQYSGG RFTIPTGAGK PGDSGRPIFD NKGRVVAIVL GGANEGARTA LSVVTWNKDI VTKITPEGAE EW

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #12: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8fcg

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 559411
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8fcg

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6jo8

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9iz9:
VLP structure of Chikungunya virus complexed with C37 Fab, 2f block.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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