+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6100 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM reveals different coronin binding modes for ADP- and ADP-BeFx- actin filaments | |||||||||
![]() | Actin-Coronin Complex in ADP state | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | actin / coronin | |||||||||
機能・相同性 | ![]() actin cortical patch localization / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Arp2/3 complex binding / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding ...actin cortical patch localization / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Arp2/3 complex binding / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / microtubule-based process / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament organization / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / actin filament binding / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / protein-macromolecule adaptor activity / cell body / microtubule binding / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å | |||||||||
![]() | Ge P / Durer ZAO / Kudryashov D / Zhou ZH / Reisler E | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals different coronin binding modes for ADP- and ADP-BeFx actin filaments. 著者: Peng Ge / Zeynep A Oztug Durer / Dmitri Kudryashov / Z Hong Zhou / Emil Reisler / ![]() 要旨: Essential cellular processes involving the actin cytoskeleton are regulated by auxiliary proteins that can sense the nucleotide state of actin. Here we report cryo-EM structures for ADP-bound and ADP- ...Essential cellular processes involving the actin cytoskeleton are regulated by auxiliary proteins that can sense the nucleotide state of actin. Here we report cryo-EM structures for ADP-bound and ADP-beryllium fluoride (ADP-BeFx, an ADP-Pi mimic)-bound actin filaments in complex with the β-propeller domain of yeast coronin 1 (crn1), at 8.6-Å resolution. Our structures reveal the main differences in the interaction of coronin with the two nucleotide states of F-actin. We derived pseudoatomic models by fitting the atomic structures of actin and coronin into the EM envelopes and confirmed the identified interfaces on actin by chemical cross-linking, fluorescence spectroscopy and actin mutagenesis. The models offer a structural explanation for the nucleotide-dependent effects of coronin on cofilin-assisted remodeling of F-actin. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 118.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 34.3 KB 2.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Actin-Coronin Complex in ADP state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.437 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Actin-Coronin complex in ADP state
全体 | 名称: Actin-Coronin complex in ADP state |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Actin-Coronin complex in ADP state
超分子 | 名称: Actin-Coronin complex in ADP state / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: helix; one coronin subunit per one actin subunit Number unique components: 2 |
---|
-分子 #1: actin
分子 | 名称: actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: helix / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 42 KDa |
配列 | UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle |
-分子 #2: Coronin 1
分子 | 名称: Coronin 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: crn1 / 集合状態: helix / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 72 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: Coronin-like protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM Tris, 0.2 mM CaCl2, 1 mM MgCl2, 50 mM KCl, 1 mM DTT |
---|---|
グリッド | 詳細: 300 Me Quantifoil R1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 196 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: blot force 1, blot time 4s, blot once, wait time 2s, drain time 2s; sample volume applied to each grid was 2.5 uL |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
温度 | 平均: 77 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Relion software correction |
日付 | 2012年12月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1380 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 104384 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
詳細 | Relion-based IHRSR |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 28.27 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 165.9 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion, IHRSR |
CTF補正 | 詳細: Each particle |