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- EMDB-60966: Cryo-EM structure of chikungunya virus glycoprotein E1-E2 with C3... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60966
タイトルCryo-EM structure of chikungunya virus glycoprotein E1-E2 with C34 Fab.
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of C34 Fab with E1-E2 heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: CHIKV E2
    • タンパク質・ペプチド: CHIKV E1
    • タンパク質・ペプチド: C34 Fab, Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: C34 Fab, Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードchikungunya / antibody / ANTIFUNGAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Han X / Ji C / Wang F / Tian S / Gao FG / Yan J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Neutralizing antibodies against Chikungunya virus and structural elucidation of their mechanism of action.
著者: Xiaonan Han / Chengfan Ji / Siyu Tian / Fengze Wang / Guo-Ping Cao / Ding Li / Xiaomin Duan / Zhou Tong / Jianxun Qi / Qihui Wang / Qingrui Huang / Bing-Dong Zhan / George Fu Gao / Jinghua Yan /
要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-borne alphavirus that causes febrile illness and acute or chronic arthritis. Most therapeutics are still in the pre-clinical stage. In this study, we report ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-borne alphavirus that causes febrile illness and acute or chronic arthritis. Most therapeutics are still in the pre-clinical stage. In this study, we report the isolation of two neutralizing antibodies, C34 and C37, from a convalescent patient and investigate their mechanisms of action. Both C34 and C37 exhibit high neutralizing activities in vitro and demonstrate protective effects against CHIKV in a female mouse model. Our functional and structural studies reveal a mechanism that inhibits multiple stages of the virus infection cycle. Both antibodies bind with high affinity to an epitope spanning E2, E1, and the connecting β-strands, facilitating intra- and inter-virion crosslinking. Cryo-EM structures additionally identify a minor patch located beneath the E3 binding site on E2, which is allosterically exposed upon E3 dissociation during virus maturation. Functional and structural data further suggest that binding to the CHIKV receptor, Mxra8, is obstructed due to a clash between the antibodies and the stalk region of Mxra8. Our results highlight the potential of antibody-based therapeutics against CHIKV and elucidate the mechanisms of monoclonal antibody protection.
履歴
登録2024年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60966.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60966.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å		1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å		1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-2.554026 - 4.4531364
平均 (標準偏差)-0.00034414098 (±0.045869764)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60966_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60966_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of C34 Fab with E1-E2 heterodimer

全体名称: complex of C34 Fab with E1-E2 heterodimer
要素
  • 複合体: complex of C34 Fab with E1-E2 heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: CHIKV E2
    • タンパク質・ペプチド: CHIKV E1
    • タンパク質・ペプチド: C34 Fab, Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: C34 Fab, Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: complex of C34 Fab with E1-E2 heterodimer

超分子名称: complex of C34 Fab with E1-E2 heterodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 130 kDa/nm

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分子 #1: CHIKV E2

分子名称: CHIKV E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Togavirin / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
分子量理論値: 45.882105 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSLAIPVMCL LANTTFPCSQ PPCTPCCYEK EPEETLRMLE DNVMRPGYYQ LLQASLTCSP HRQRRSTKDN FNVYKATRPY LAHCPDCGE GHSCHSPVAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDNHM PADAERAGLF VRTSAPCTIT G TMGHFILA ...文字列:
MSLAIPVMCL LANTTFPCSQ PPCTPCCYEK EPEETLRMLE DNVMRPGYYQ LLQASLTCSP HRQRRSTKDN FNVYKATRPY LAHCPDCGE GHSCHSPVAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDNHM PADAERAGLF VRTSAPCTIT G TMGHFILA RCPKGETLTV GFTDSRKISH SCTHPFHHDP PVIGREKFHS RPQHGKELPC STYVQSTAAT TEEIEVHMPP DT PDRTLMS QQSGNVKITV NGQTVRYKCN CGGSNEGLTT TDKVINNCKV DQCHAAVTNH KKWQYNSPLV PRNAELGDRK GKI HIPFPL ANVTCRVPKA RNPTVTYGKN QVIMLLYPDH PTLLSYRNMG EEPNYQEEWV MHKKEVVLTV PTEGLEVTWG NNEP YKYWP Q

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: CHIKV E1

分子名称: CHIKV E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
分子量理論値: 47.129965 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGGGSGGGGS GGGGSGGGGS YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECK DKNLPDYSCK VFTGVYPFMW GGAYCFCDAE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG N NITVTAYA ...文字列:
GGGGSGGGGS GGGGSGGGGS YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECK DKNLPDYSCK VFTGVYPFMW GGAYCFCDAE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG N NITVTAYA NGDHAVTVKD AKFIVGPMSS AWTPFDNKIV VYKGDVYNMD YPPFGAGRPG QFGDIQSRTP ESKDVYANTQ LV LQRPAAG TVHVPYSQAP SGFKYWLKER GASLQHTAPF GCQIATNPVR AVNCAVGNMP ISIDIPEAAF TRVVDAPSLT DMS CEVPAC THSSDFGGVA IIKYAASKKG KCAVHSMTNA VTIREAEIEV EGNSQLQISF STALASAEFR VQVCSTQVHC AAEC HPPKD HIVNYPASHT TLGVQDISAT AMSWVQKGWS HPQFEK

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: C34 Fab, Heavy Chain

分子名称: C34 Fab, Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.809164 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EFATMETDTL LLWVLLLWVP GSTGDEVQLV ESGGGLVQPG RSLRLSCAAS GFTFDDYAMH WVRQAPGKGL EWVSGISWNS GSIGYADSV KGRFTISRDN AKNSLYLQMN SLRAEDTALY YCAKDMGYSG NDDYYGMDVW GQGTTVTVSS ASTKGPSVFP L APSSKSTS ...文字列:
EFATMETDTL LLWVLLLWVP GSTGDEVQLV ESGGGLVQPG RSLRLSCAAS GFTFDDYAMH WVRQAPGKGL EWVSGISWNS GSIGYADSV KGRFTISRDN AKNSLYLQMN SLRAEDTALY YCAKDMGYSG NDDYYGMDVW GQGTTVTVSS ASTKGPSVFP L APSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SN TKVDKRV EPKSCDKTHT CPPCPHHHHH H

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分子 #4: C34 Fab, Light Chain

分子名称: C34 Fab, Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.472525 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELATMETDTL LLWVLLLWVP GSTGDDIQLT QSPSSLSASV GDRVTITCRA SQRISSYLNW YQQKPGKAPK LLIYGAFSLQ SGVPSRFSG SGSGTDFTLT ISSLQPEDFA TYYCQQSYRT LTRTFGQGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV C LLNNFYPR ...文字列:
ELATMETDTL LLWVLLLWVP GSTGDDIQLT QSPSSLSASV GDRVTITCRA SQRISSYLNW YQQKPGKAPK LLIYGAFSLQ SGVPSRFSG SGSGTDFTLT ISSLQPEDFA TYYCQQSYRT LTRTFGQGTK VEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV C LLNNFYPR EAKVQWKVDN ALQSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC S

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.16 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6jo8

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1074703
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9ixa:
Cryo-EM structure of chikungunya virus glycoprotein E1-E2 with C34 Fab.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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