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- EMDB-60925: Cryo-EM structure of CyclinD1 bound AMBRA1-DDB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60925
タイトルCryo-EM structure of CyclinD1 bound AMBRA1-DDB1
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of AMBRA1-DDB1 bound to CyclinD1-CDK4
    • タンパク質・ペプチド: G1/S-specific cyclin-D1
    • タンパク質・ペプチド: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
キーワードE3 ligase / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / cyclin D1-CDK4 complex / cyclin D1-CDK6 complex / re-entry into mitotic cell cycle / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / RUNX3 regulates WNT signaling / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / positive regulation of mitophagy / response to leptin ...positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / cyclin D1-CDK4 complex / cyclin D1-CDK6 complex / re-entry into mitotic cell cycle / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / RUNX3 regulates WNT signaling / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / positive regulation of mitophagy / response to leptin / Transcriptional regulation by RUNX2 / Leydig cell differentiation / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / proline-rich region binding / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / UV-damage excision repair / response to iron ion / positive regulation of regulatory T cell differentiation / neural tube development / biological process involved in interaction with symbiont / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / mammary gland epithelial cell proliferation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / response to UV-A / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / response to corticosterone / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / response to vitamin E / negative regulation of epithelial cell differentiation / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / Macroautophagy / ubiquitin ligase complex scaffold activity / PTK6 Regulates Cell Cycle / fat cell differentiation / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / response to magnesium ion / viral release from host cell / Transcriptional Regulation by VENTX / protein phosphatase activator activity / RUNX3 regulates p14-ARF / axoneme / mammary gland alveolus development / autophagosome assembly / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / bicellular tight junction / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / response to X-ray / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of viral genome replication / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / proteasomal protein catabolic process / endoplasmic reticulum unfolded protein response / mitophagy / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / phagocytic vesicle / lactation / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / transcription repressor complex / positive regulation of gluconeogenesis / liver regeneration / positive regulation of autophagy / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / autophagosome / cellular response to starvation / protein serine/threonine kinase activator activity / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / nucleotide-excision repair / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / G1/S transition of mitotic cell cycle / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Formation of Incision Complex in GG-NER / regulation of circadian rhythm / response to calcium ion / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Cyclin D associated events in G1 / response to estrogen / RMTs methylate histone arginines / histone deacetylase binding / Wnt signaling pathway / neuron differentiation / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal ...: / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
G1/S-specific cyclin-D1 / DNA damage-binding protein 1 / Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Wang Y / Liu M / Su M-Y / Stjepanovic G
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government2024A1515011683 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Mechanism of D-type cyclin recognition by the AMBRA1 E3 ligase receptor.
著者: Yang Wang / Ming Liu / Shan Wang / Xinyi Mai / Xi Wang / Fei Teng / Tianrui Lyu / Ming-Yuan Su / Goran Stjepanovic /
要旨: AMBRA1 is a tumor suppressor protein that functions as a substrate receptor in the ubiquitin conjugation system and regulates the stability of D-type cyclins and cell proliferation. Here, we present ...AMBRA1 is a tumor suppressor protein that functions as a substrate receptor in the ubiquitin conjugation system and regulates the stability of D-type cyclins and cell proliferation. Here, we present the cryo-EM structure of cyclin D1-bound AMBRA1-DDB1 complex at 3.55-Å resolution. The structure reveals a substrate interaction surface on the AMBRA1 WD40 domain that specifically binds to the C-terminal region of D-type cyclins. This interaction is dependent on the phosphorylation of Thr residue in the C-terminal phosphodegron site of D-type cyclins. The phosphodegron motif folds into a turn-like conformation, followed by a 3 helix that promotes its assembly with AMBRA1. In addition, we show that AMBRA1 mutants, which are defective in cyclin D1 binding, lead to cyclin D1 accumulation and DNA damage. Understanding the AMBRA1-D-type cyclin structure enhances the knowledge of the molecular mechanisms that govern the cell cycle control and may lead to potential therapeutic approaches for cancers linked to abnormal cyclin D activity.
履歴
登録2024年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60925.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60925.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.192
最小 - 最大-0.4373974 - 0.99156445
平均 (標準偏差)0.000027097887 (±0.04336814)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60925_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60925_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of AMBRA1-DDB1 bound to CyclinD1-CDK4

全体名称: Complex of AMBRA1-DDB1 bound to CyclinD1-CDK4
要素
  • 複合体: Complex of AMBRA1-DDB1 bound to CyclinD1-CDK4
    • タンパク質・ペプチド: G1/S-specific cyclin-D1
    • タンパク質・ペプチド: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1

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超分子 #1: Complex of AMBRA1-DDB1 bound to CyclinD1-CDK4

超分子名称: Complex of AMBRA1-DDB1 bound to CyclinD1-CDK4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 244 KDa

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分子 #1: G1/S-specific cyclin-D1

分子名称: G1/S-specific cyclin-D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.84709 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEHQLLCCEV ETIRRAYPDA NLLNDRVLRA MLKAEETCAP SVSYFKCVQK EVLPSMRKIV ATWMLEVCEE QKCEEEVFPL AMNYLDRFL SLEPVKKSRL QLLGATCMFV ASKMKETIPL TAEKLCIYTD NSIRPEELLQ MELLLVNKLK WNLAAMTPHD F IEHFLSKM ...文字列:
MEHQLLCCEV ETIRRAYPDA NLLNDRVLRA MLKAEETCAP SVSYFKCVQK EVLPSMRKIV ATWMLEVCEE QKCEEEVFPL AMNYLDRFL SLEPVKKSRL QLLGATCMFV ASKMKETIPL TAEKLCIYTD NSIRPEELLQ MELLLVNKLK WNLAAMTPHD F IEHFLSKM PEAEENKQII RKHAQTFVAL CATDVKFISN PPSMVAAGSV VAAVQGLNLR SPNNFLSYYR LTRFLSRVIK CD PDCLRAC QEQIEALLES SLRQAQQNMD PKAAEEEEEE EEEVDLAC(TPO)P TDVRDVDI

UniProtKB: G1/S-specific cyclin-D1

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分子 #2: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1

分子名称: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.496871 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKVVPEKNAV RILWGRERGA RAMGAQRLLQ ELVEDKTRWM KWEGKRVELP DSPRSTFLLA FSPDRTLLAS THVNHNIYIT EVKTGKCVH SLIGHRRTPW CVTFHPTISG LIASGCLDGE VRIWDLHGGS ESWFTDSNNA IASLAFHPTA QLLLIATANE I HFWDWSRR ...文字列:
MKVVPEKNAV RILWGRERGA RAMGAQRLLQ ELVEDKTRWM KWEGKRVELP DSPRSTFLLA FSPDRTLLAS THVNHNIYIT EVKTGKCVH SLIGHRRTPW CVTFHPTISG LIASGCLDGE VRIWDLHGGS ESWFTDSNNA IASLAFHPTA QLLLIATANE I HFWDWSRR EPFAVVKTAS EMERVRLVRF DPLGHYLLTA IVNPSNSNIA NTTYRLQWWD FTKFDLPEIS NASVNVLVQN CK IYNDASC DISADGQLLA AFIPSSQRGF PDEGILAVYS LAPHNLGEML YTKRFGPNAI SVSLSPMGRY VMVGLASRRI LLH PSTEHM VAQVFRLQQA HGGETSMRRV FNVLYPMPAD QRRHVSINSA RWLPEPGLGL AYGTNKGDLV ICRPEALNSG

UniProtKB: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1, Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1

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分子 #3: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.097469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列:
MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.198 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8wqr

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1015935
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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