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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-60904 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV-2 JN.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 (2-up state) | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | spike protein / glycoprotein / VIRUS / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex | ||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Yajima H / Anraku Y / Kita S / Kimura K / Maenaka K / Hashiguchi T | ||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis for receptor-binding domain mobility of the spike in SARS-CoV-2 BA.2.86 and JN.1 著者: Tamura T / Ito J / Uriu K / Zahradnik J / Kida I / Anraku Y / Nasser H / Shofa M / Oda Y / Lytras S / Nao N / Itakura Y / Deguchi S / Suzuki R / Wang L / Begum MM / Kita S / Yajima H / Sasaki ...著者: Tamura T / Ito J / Uriu K / Zahradnik J / Kida I / Anraku Y / Nasser H / Shofa M / Oda Y / Lytras S / Nao N / Itakura Y / Deguchi S / Suzuki R / Wang L / Begum MM / Kita S / Yajima H / Sasaki J / Sasaki-Tabata K / Shimizu R / Tsuda M / Kosugi Y / Fujita S / Pan L / Sauter D / Yoshimatsu K / Suzuki S / Asakura H / Nagashima M / Sadamasu K / Yoshimura K / Yamamoto Y / Nagamoto T / Schreiber G / Maenaka K / Hashiguchi T / Ikeda T / Fukuhara T / Saito A / Tanaka S / Matsuno K / Takayama K / Sato K | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_60904.map.gz | 108 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-60904-v30.xml emd-60904.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_60904_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_60904.png | 94.3 KB | ||
マスクデータ | emd_60904_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-60904.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_60904_half_map_1.map.gz emd_60904_half_map_2.map.gz | 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60904 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60904 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_60904_validation.pdf.gz | 993.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_60904_full_validation.pdf.gz | 993.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_60904_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_60904_validation.cif.gz | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60904 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60904 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_60904.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.005 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_60904_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60904_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60904_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 JN.1 spike glycoprotein with ACE2 (2-up state)
全体 | 名称: SARS-CoV-2 JN.1 spike glycoprotein with ACE2 (2-up state) |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 JN.1 spike glycoprotein with ACE2 (2-up state)
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 JN.1 spike glycoprotein with ACE2 (2-up state) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 600 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting time 5 s and blotting force 5.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 9018 / 平均電子線量: 51.233 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |