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- EMDB-60879: Chloroflexus aurantiacus ADP-bound ATP synthase, state 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60879
タイトルChloroflexus aurantiacus ADP-bound ATP synthase, state 3
マップデータ
試料
  • 複合体: ATP synthase
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 4種
キーワードATP synthesis / proton channels / proton-motive force / proton translocation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton motive force-driven ATP synthesis / : / : / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / lipid binding / ATP hydrolysis activity ...proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton motive force-driven ATP synthesis / : / : / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, long alpha-helix domain / ATP synthase, F0 complex, subunit b, bacterial / F-type ATP synthase subunit B-like, membrane domain superfamily / : / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit b/b', bacterial/chloroplast / ATP synthase B/B' CF(0) / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast ...ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, long alpha-helix domain / ATP synthase, F0 complex, subunit b, bacterial / F-type ATP synthase subunit B-like, membrane domain superfamily / : / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit b/b', bacterial/chloroplast / ATP synthase B/B' CF(0) / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase epsilon chain / ATP synthase subunit beta / ATP synthase gamma chain / ATP synthase subunit alpha / ATP synthase subunit delta / ATP synthase subunit b / ATP synthase subunit c / ATP synthase subunit a
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Zhang X / Wu J / Xu X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171227, 31870740,31570738 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An ATP synthase from the early photosynthetic prokaryote Chloroflexus aurantiacus has two proton-translocating a-subunits
著者: Zhang X / Wu J / Xu X
履歴
登録2024年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60879.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 400 pix.
= 372. Å		0.93 Å/pix.
x 400 pix.
= 372. Å		0.93 Å/pix.
x 400 pix.
= 372. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.2767922 - 0.57630634
平均 (標準偏差)0.0005464569 (±0.017527062)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 372.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60879_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60879_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ATP synthase

全体名称: ATP synthase
要素
  • 複合体: ATP synthase
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit b
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit c
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION

+
超分子 #1: ATP synthase

超分子名称: ATP synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

+
分子 #1: ATP synthase subunit alpha

分子名称: ATP synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
分子量理論値: 56.56334 KDa
配列文字列: MTTITEELIA RLKQGITSGV DLQPRQVNVG TVIAVGDGVA RLSGLDQVVA SEIVEFPPKA GRNESIYGIA LNLEQDSVAA IILGDDETI EEGDMVTSTG RVISVPVGQG LLGRVVNPLG QPIDGKGPIV YEKTRPIERI APGVITRKSV DTPVQTGIIA I DALIPIGR ...文字列:
MTTITEELIA RLKQGITSGV DLQPRQVNVG TVIAVGDGVA RLSGLDQVVA SEIVEFPPKA GRNESIYGIA LNLEQDSVAA IILGDDETI EEGDMVTSTG RVISVPVGQG LLGRVVNPLG QPIDGKGPIV YEKTRPIERI APGVITRKSV DTPVQTGIIA I DALIPIGR GQRELIIGDR QTGKTAVAID TILNQKGQGM VCIYVAIGQR RAQVAQVVGT LERFGAMEYT IVVSATASES AA LQYIAPY AGCAMGEEIM ENGVMLNGQL VKDALIVYDD LSKHAVAYRQ VSLLLRRPPG REAYPGDVFY LHSRLLERAA RLN EEYGGG SLTALPVIET QANDVSAYIP TNVISITDGQ IYLESDLFNA GQRPALNVGI SVSRVGGAAQ TRAMRAVAGK LKGE LAQFR DLAAFAQFAS DLDATTKAQI ERGQRLQELL KQPQYQPLPV EDQVAVLYAA TNNYLDDVPV PLITKWRDDF LAFLR TAHP EVRKLIYDNR LDRKFPTPEV KEALEAAIKE FKATSNYS

UniProtKB: ATP synthase subunit alpha

+
分子 #2: ATP synthase subunit beta

分子名称: ATP synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
分子量理論値: 51.755691 KDa
配列文字列: MPAKGVIQEI IGVVIRAKFP EDEVPEIYNA IEIPLGNGDR LVCEVQQQLG NGVVKAVAMG STDGLRRGLE VIDTGRPIAV PVGPATLGR VFNVLGDPID GMGPIGPEVE RRPIHRDPPS FEEQNTQAQI FETGIKVIDL IAPFTRGGKT AIFGGAGVGK T VVIQELIA ...文字列:
MPAKGVIQEI IGVVIRAKFP EDEVPEIYNA IEIPLGNGDR LVCEVQQQLG NGVVKAVAMG STDGLRRGLE VIDTGRPIAV PVGPATLGR VFNVLGDPID GMGPIGPEVE RRPIHRDPPS FEEQNTQAQI FETGIKVIDL IAPFTRGGKT AIFGGAGVGK T VVIQELIA NIAKEQSGFS VFAGVGERSR EGNDLIHEMK EARIDENTTV FDKTVMVFGQ MNEPPGARLR VGLTALTMAE YF RDEGRDI LLFIDNIFRF VQAGSEVSSL LGRMPSQVGY QPTLGTEMGE LQERITSTKR GSITSMQAVY VPADDYTDPA PAT VFSHLD ATISLERSIA ERAIFPAVDP LASTSRILDP NIVGEEHYRV AQEVKRVLQR YKDLKDIIAI LGMEELSDED KLTV QRARK IELFFSQPFT VAQQFTGRPG KYVPVKKTVE SFARLLNGEG DHIPESFFYM QGDFDDVLAA YEASQK

UniProtKB: ATP synthase subunit beta

+
分子 #3: ATP synthase epsilon chain

分子名称: ATP synthase epsilon chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
分子量理論値: 15.694111 KDa
配列文字列:
MPIHLEIVTA ERVILSDDVD MISAPTKDGR VGILPRHAPL MTILEPGELD IIKNGERTPF AVSGGFMEVL PHRVTILADT VERADEIDE ARAEQARAEA EARRREAQSE RDMALAEAKL RKEMVRLRVA QLHKIKRRQS

UniProtKB: ATP synthase epsilon chain

+
分子 #4: ATP synthase subunit delta

分子名称: ATP synthase subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
分子量理論値: 16.552895 KDa
配列文字列:
MATTIDARAL AAPLVEALLT TAAEQIRAAA PRIAGLSASE AAAVLPADLL PQVRNFLLTM AKEGLTGELN AVAAALPGYL ETGSRAVDA SVTSAIELSA EQKERITREL QQRYGDVHVT YHVDPTLIGG LIIRVGDQVL DNSLRARLSA IQRVLQAS

UniProtKB: ATP synthase subunit delta

+
分子 #5: ATP synthase gamma chain

分子名称: ATP synthase gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
分子量理論値: 32.118955 KDa
配列文字列: MPSSREIKRR IRSVKNVAQI TRAMEMVSAS KMRRAQRNVL ATRPYADRMR EVMANLTARV VGAARRGTLL EKRETVKSVA LLVVTPDRG LCGSLVANVL RRAGRFITEQ RAMGRTVDVY TFGRKGRDFF LRTGFAPAGE ATRLGDAPKL EAILGVAISA I NGFQSGKY ...文字列:
MPSSREIKRR IRSVKNVAQI TRAMEMVSAS KMRRAQRNVL ATRPYADRMR EVMANLTARV VGAARRGTLL EKRETVKSVA LLVVTPDRG LCGSLVANVL RRAGRFITEQ RAMGRTVDVY TFGRKGRDFF LRTGFAPAGE ATRLGDAPKL EAILGVAISA I NGFQSGKY DELYIIYSEF INTLVQRPAI KQLLPVESPD ISTTTNVDYT YEPGEEEVLN SILPRYVETQ IYQAVLESIA SE HSARMVA MRNATNNAKD LVRDLTLSFN KARQAAITKE VSEIASGAAA LTS

UniProtKB: ATP synthase gamma chain

+
分子 #6: ATP synthase subunit b

分子名称: ATP synthase subunit b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
分子量理論値: 18.710455 KDa
配列文字列:
MEALGINPTL FIAQLINFLL LIFILRALLY RPVMNLLNER TRRIEESVRD AEKVREQLAN ARRDYEAEIA RARQEAAKIV AQAQERAKQ QEAEIIAQAR REAERLKEEA RAQAEQERIR MLSEAKSQIA DLVTLTASRV LGAELQARGH DALIAESLAA L DRRN

UniProtKB: ATP synthase subunit b

+
分子 #7: ATP synthase subunit a

分子名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
分子量理論値: 34.176105 KDa
配列文字列: MSTRTRNILI IVGALIISIA SRFFLYTGPP HVEVAAEVIF DGIPGFPITN SFVVAIIIDI FVIALAVAAT RNLQMVPRGL QNVMEFILE SLYNLFRNIN AKYVATAFPL VATIFLFVLF GNWFGLLPGV GSIGVCHEKK EEHAVVDERL ALAAPAAPLS S VAAAEGEE ...文字列:
MSTRTRNILI IVGALIISIA SRFFLYTGPP HVEVAAEVIF DGIPGFPITN SFVVAIIIDI FVIALAVAAT RNLQMVPRGL QNVMEFILE SLYNLFRNIN AKYVATAFPL VATIFLFVLF GNWFGLLPGV GSIGVCHEKK EEHAVVDERL ALAAPAAPLS S VAAAEGEE IHDTCAAQGK KLVPLFRAPA ADLNFTFAIA VISFVFIEYW GFRALGPGYL KKFFNTNGIM SFVGIIEFIS EL VKPFALA FRLFGNIFAG EVLLVVMAFL VPLLLPLPFY GFEVFVGFIQ ALIFALLTYA FLNIAVTGHD EEHAH

UniProtKB: ATP synthase subunit a

+
分子 #8: ATP synthase subunit c

分子名称: ATP synthase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
分子量理論値: 7.688102 KDa
配列文字列:
MEGLNLVATA LAVGLGAIGP GVGIGIIVSG AVQAIGRNPE IENRVVTYMF IGIAFTEALA IFGLVIAFLI GFGVLQ

UniProtKB: ATP synthase subunit c

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #11: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #12: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6n2y

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 37529
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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