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万見
- EMDB-60867: Nav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60867
タイトルNav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding
マップデータNav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding
試料
  • 複合体: Nav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 9 subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
キーワードVoltage-gated sodium channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential propagation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral response to pain ...action potential propagation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral response to pain / neuronal action potential / axon terminus / sensory perception of pain / sodium ion transmembrane transport / post-embryonic development / circadian rhythm / response to toxic substance / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / inflammatory response / axon / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site ...Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel protein type 9 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Yan N / Li Z / Wu T
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32330052 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Critical role of extracellular loops in differential modulations of TTX-sensitive and TTX-resistant Na channels.
著者: Tong Wu / Xinyu Yang / Xueqin Jin / Nieng Yan / Zhangqiang Li /
要旨: The cardiac voltage-gated sodium channel Na1.5 is resistant to tetrodotoxin (TTXr). Here, we report a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of wild-type human Na1.5, coexpressed with the β1 ...The cardiac voltage-gated sodium channel Na1.5 is resistant to tetrodotoxin (TTXr). Here, we report a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of wild-type human Na1.5, coexpressed with the β1 auxiliary subunit and treated with high-concentration TTX, at 3.4 Å resolution. Structural comparison reveals the molecular determinants for the distinct responses to TTX as well as β subunits between TTXr and TTX-sensitive (TTXs) Na channels. A conserved cation-π interaction between the guanidinium group of TTX and Tyr or Phe on the P2 helix in TTXs Na channels is lost in all TTXr subtypes owing to the replacement by Cys/Ser at the corresponding locus, explaining their differential TTX sensitivities. The β1 subunit is invisible in the EM map. Comparison of Na1.5 with Na1.7 and Na1.8, which are, respectively, TTXs and TTXr, identifies four sites on the extracellular loops (ECLs) that may account for their different β1-binding abilities. When the corresponding residues in TTXs Na1.7 are replaced with those from Na1.5, the modulatory effects of β1 on channel activation and inactivation are diminished. Consistently, β1 is absent in the 3D EM reconstruction of this Na1.7 mutant. Together with our previous structure-guided discovery that TTXr channels lack a Cys on the ECL for disulfide bond formation with β2 or β4, the structure-function relationship studies underscore the importance of the ECLs in the mechanistic distinctions between TTXs and TTXr Na channels. The ECLs may be further explored for the development of subtype-specific drugs.
履歴
登録2024年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60867.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Nav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.236
最小 - 最大-2.4427173 - 3.9293475
平均 (標準偏差)0.00016264732 (±0.08215399)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.0624 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_60867_half_map_1.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_60867_half_map_2.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding

全体名称: Nav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding
要素
  • 複合体: Nav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 9 subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en

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超分子 #1: Nav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding

超分子名称: Nav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium channel protein type 9 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 9 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 231.137781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMAMLPPP GPQSFVHFTK QSLALIEQRI AERKSKEPKE EKKDDDEEA PKPSSDLEAG KQLPFIYGDI PPGMVSEPLE DLDPYYADKK TFIVLNKGKT IFRFNATPAL YMLSPFSPLR R ISIKILVH ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMAMLPPP GPQSFVHFTK QSLALIEQRI AERKSKEPKE EKKDDDEEA PKPSSDLEAG KQLPFIYGDI PPGMVSEPLE DLDPYYADKK TFIVLNKGKT IFRFNATPAL YMLSPFSPLR R ISIKILVH SLFSMLIMCT ILTNCIFMTM NNPPDWTKNV EYTFTGIYTF ESLVKILARG FCVGEFTFLR DPWNWLDFVV IV FAYLTEF VNLGNVSALR TFRVLRALKT ISVIPGLKTI VGALIQSVKK LSDVMILTVF CLSVFALIGL QLFMGNLKHK CFR NSLENN ETLESIMNTL ESEEDFRKYF LYLEGSKDAL LCGFSTDSGQ CPEGYTCVKI GRNPDYGYTS FDTFSWAFLA LFRL MTQDY WERLYQQTLR AAGKTYMIFF VVVIFLGSFY LINLILAVVA MAYEEQNQAN IEEAKQKELE FQQMLDRLKK EQEEA EAIA AAAAEYTSIR RSRIMGLSES SSETSKLSSK SAKERRNRRK KKNQKKLSSG EEKGDAEKLS KSESEDSIRR KSFHLG VEG HRRAHEKRLS TPNQSPLSIR GSLFSARRSS RTSLFSFKGR GRDIGSETEF ADDEHSIFGD NESRRGSLFV PHRPQER RS SNISQASRSP PMLPVNGKMH SAVDCNGVVS LVDGRSALML PNGQLLPEVI IDKATSDDSG TTNQIHKKRR CSSYLLSE D MLNDPNLRQR AMSRASILTN TVEELEESRQ KCPPWWYRFA HKFLIWNCSP YWIKFKKCIY FIVMDPFVDL AITICIVLN TLFMAMEHHP MTEEFKNVLA IGNLVFTGIF AAEMVLKLIA MDPYEYFQVG WNIFDSLIVT LSLVELFLAD VEGLSVLRSF RLLRVFKLA KSWPTLNMLI KIIGNSVGAL GNLTLVLAII VFIFAVVGMQ LFGKSYKECV CKINDDCTLP RWHMNDFFHS F LIVFRVLC GEWIETMWDC MEVAGQAMCL IVYMMVMVIG NLVVLNLFLA LLLSSFSSDN LTAIEEDPDA NNLQIAVTRI KK GINYVKQ TLREFILKAF SKKPKISREI RQAEDLNTKK ENYISNHTLA EMSKGHNFLK EKDKISGFGS SVDKHLMEDS DGQ SFIHNP SLTVTVPIAP GESDLENMNA EELSSDSDSE YSKVRLNRSS SSECSTVDNP LPGEGEEAEA EPMNSDEPEA CFTD GCVWR FSCCQVNIES GKGKIWWNIR KTCYKIVEHS WFESFIVLMI LLSSGALAFE DIYIERKKTI KIILEYADKI FTYIF ILEM LLKWIAYGYK TYFTNAWCWL DFLIVDVSLV TLVANTLGYS DLGPIKSLRT LRALRPLRAL SRFEGMRVVV NALIGA IPS IMNVLLVCLI FWLIFSIMGV NLFAGKFYEC INTTDGSRFP ASQVPNRSEC FALMNVSQNV RWKNLKVNFD NVGLGYL SL LQVATFKGWT IIMYAAVDSV NVDKQPKYEY SLYMYIYFVV FIIFGSFFTL NLFIGVIIDN FNQQKKKLGG QDIFMTEE Q KKYYNAMKKL GSKKPQKPIP RPGNKIQGCI FDLVTNQAFD ISIMVLICLN MVTMMVEKEG QSQHMTEVLY WINVVFIIL FTGECVLKLI SLRHYYFTVG WNIFDFVVVI ISIVGMFLAD LIETYFVSPT LFRVIRLARI GRILRLVKGA KGIRTLLFAL MMSLPALFN IGLLLFLVMF IYAIFGMSNF AYVKWEDGIN DMFNFETFGN SMICLFQITT SAGWDGLLAP ILNSKPPDCD P TLPNSNGS RGDCGNPSVG IFYFVSYIII SFLVVVNMYI AVILENFSVA TEESTEPLSE DDFEMFYEVW EKFDPDATQF IE FSKLSDF AAALDPPLLI AKPNKVQLIA MDLPMVSGDR IHCLDILFAF TKRVLGESGE MDSLRSQMEE RFMSANPSKV SYE PITTTL KRKQEDVSAT VIQRAYRRYR LRQNVKNISS IYIKDGDRDD DLLNKKDMAF DNVNENSSPE KTDATSSTTS PPSY DSVTK PDKEKYEQDR TEKEDKGKDS KESKK

UniProtKB: Sodium channel protein type 9 subunit alpha

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

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分子 #5: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #6: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 10 / 式: LPE
分子量理論値: 510.708 Da
Chemical component information

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / [O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン]アニオン

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分子 #7: (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen ...

分子名称: (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: 1PW
分子量理論値: 421.508 Da
Chemical component information

ChemComp-1PW:
(2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / C2-セラミド1-ホスファ-ト

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分子 #8: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 5 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC / DOPC, リン脂質*YM

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分子 #9: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #10: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 193309
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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