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- EMDB-60861: Cryo-EM structure of human XPR1-E622A/F623A mutant in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60861
タイトルCryo-EM structure of human XPR1-E622A/F623A mutant in complex with InsP6 in inward-facing state in the presence of 10 mM KH2PO4
マップデータ
試料
  • 複合体: XPR1-E622A/F623A mutant in complex with InsP6
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 53 member 1
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2S,3R,4E)-3-hydroxy-2-(octanoylamino)octadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
  • リガンド: water
キーワードSLC53A1 / transporter / phosphate / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / inositol hexakisphosphate binding / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / virus receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EXS, C-terminal / EXS family / EXS domain profile. / SPX domain / SPX domain / SPX domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 53 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Zuo P / Liang L / Yin Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Synergistic activation of the human phosphate exporter XPR1 by KIDINS220 and inositol pyrophosphate.
著者: Peng Zuo / Weize Wang / Zonglin Dai / Jiye Zheng / Shang Yu / Guangxi Wang / Yue Yin / Ling Liang / Yuxin Yin /
要旨: Inorganic phosphate (Pi) is essential for life, and its intracellular levels must be tightly regulated to avoid toxicity. XPR1, the sole known phosphate exporter, is critical for maintaining this ...Inorganic phosphate (Pi) is essential for life, and its intracellular levels must be tightly regulated to avoid toxicity. XPR1, the sole known phosphate exporter, is critical for maintaining this balance. Here we report cryo-EM structures of the human XPR1-KIDINS220 complex in substrate-free closed and substrate-bound outward-open states, as well as an XPR1 mutant in a substrate-bound inward-facing state. In the presence of inositol hexaphosphate (InsP) and phosphate, the complex adopts an outward-open conformation, with InsP binding the SPX domain and juxtamembrane regions, indicating active phosphate export. Without phosphate or InsP, the complex closes, with transmembrane helix 9 blocking the outward cavity and a C-terminal loop obstructing the intracellular cavity. XPR1 alone remains closed even with phosphate and InsP. Functional mutagenesis shows that InsP, whose levels vary with Pi availability, works with KIDINS220 to regulate XPR1 activity. These insights into phosphate regulation may aid in developing therapies for ovarian cancer.
履歴
登録2024年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60861.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60861.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 400 pix.
= 296. Å		0.74 Å/pix.
x 400 pix.
= 296. Å		0.74 Å/pix.
x 400 pix.
= 296. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.8897775 - 1.6142178
平均 (標準偏差)0.00012277169 (±0.036581475)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 296.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60861_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60861_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : XPR1-E622A/F623A mutant in complex with InsP6

全体名称: XPR1-E622A/F623A mutant in complex with InsP6
要素
  • 複合体: XPR1-E622A/F623A mutant in complex with InsP6
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 53 member 1
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2S,3R,4E)-3-hydroxy-2-(octanoylamino)octadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
  • リガンド: water

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超分子 #1: XPR1-E622A/F623A mutant in complex with InsP6

超分子名称: XPR1-E622A/F623A mutant in complex with InsP6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 53 member 1

分子名称: Solute carrier family 53 member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.539859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKFAEHLSAH ITPEWRKQYI QYEAFKDMLY SAQDQAPSVE VTDEDTVKRY FAKFEEKFFQ TCEKELAKIN TFYSEKLAEA QRRFATLQN ELQSSLDAQK ESTGVTTLRQ RRKPVFHLSH EERVQHRNIK DLKLAFSEFY LSLILLQNYQ NLNFTGFRKI L KKHDKILE ...文字列:
MKFAEHLSAH ITPEWRKQYI QYEAFKDMLY SAQDQAPSVE VTDEDTVKRY FAKFEEKFFQ TCEKELAKIN TFYSEKLAEA QRRFATLQN ELQSSLDAQK ESTGVTTLRQ RRKPVFHLSH EERVQHRNIK DLKLAFSEFY LSLILLQNYQ NLNFTGFRKI L KKHDKILE TSRGADWRVA HVEVAPFYTC KKINQLISET EAVVTNELED GDRQKAMKRL RVPPLGAAQP APAWTTFRVG LF CGIFIVL NITLVLAAVF KLETDRSIWP LIRIYRGGFL LIEFLFLLGI NTYGWRQAGV NHVLIFELNP RSNLSHQHLF EIA GFLGIL WCLSLLACFF APISVIPTYV YPLALYGFMV FFLINPTKTF YYKSRFWLLK LLFRVFTAPF HKVGFADFWL ADQL NSLSV ILMDLEYMIC FYSLELKWDE SKGLLPNNSE ESGICHKYTY GVRAIVQCIP AWLRFIQCLR RYRDTKRAFP HLVNA GKYS TTFFMVTFAA LYSTHKERGH SDTMVFFYLW IVFYIISSCY TLIWDLKMDW GLFDKNAGEN TFLREEIVYP QKAYYY CAI IEDVILRFAW TIQISITSTT LLPHSGDIIA TVFAPLEVFR RFVWNFFRLE NEHLNNCGAA RAVRDISVAP LNADDQT LL EQMMDQDDGV RNRQKNRSWK YNQSISLRRP RLASQSKARD TKVLIEDTDD EANTSRENLY FQ

UniProtKB: Solute carrier family 53 member 1

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分子 #2: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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分子 #3: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #5: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #7: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #8: (2S,3R,4E)-3-hydroxy-2-(octanoylamino)octadec-4-en-1-yl dihydroge...

分子名称: (2S,3R,4E)-3-hydroxy-2-(octanoylamino)octadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: 1T9
分子量理論値: 505.668 Da
Chemical component information

ChemComp-1T9:
(2S,3R,4E)-3-hydroxy-2-(octanoylamino)octadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / N-[(1S,2R,3E)-1-[(ホスホノオキシ)メチル]-2-ヒドロキシ-3-ヘプタデセニル]オクタンアミド

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分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34208
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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