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- EMDB-60835: Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60835
タイトルStructure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: 4-azanyl-3-sulfanylidene-1,2,4-triazine-5,6-dione
キーワードTRPV1 / protein complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of establishment of blood-brain barrier / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / cellular response to temperature stimulus / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / temperature-gated ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / TRP channels / smooth muscle contraction involved in micturition ...negative regulation of establishment of blood-brain barrier / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / cellular response to temperature stimulus / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / temperature-gated ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / TRP channels / smooth muscle contraction involved in micturition / fever generation / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of temperature stimulus involved in thermoception / thermoception / cellular response to acidic pH / negative regulation of systemic arterial blood pressure / response to pH / chloride channel regulator activity / dendritic spine membrane / glutamate secretion / monoatomic cation transmembrane transporter activity / negative regulation of heart rate / ligand-gated monoatomic ion channel activity / response to pain / temperature homeostasis / diet induced thermogenesis / cellular response to alkaloid / cellular response to ATP / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / intracellularly gated calcium channel activity / behavioral response to pain / negative regulation of mitochondrial membrane potential / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / sensory perception of pain / phosphatidylinositol binding / phosphoprotein binding / microglial cell activation / response to peptide hormone / cellular response to nerve growth factor stimulus / GABA-ergic synapse / calcium ion transmembrane transport / cellular response to growth factor stimulus / calcium channel activity / lipid metabolic process / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to tumor necrosis factor / calcium ion transport / transmembrane signaling receptor activity / sensory perception of taste / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to heat / monoatomic ion transmembrane transport / protein homotetramerization / postsynaptic membrane / calmodulin binding / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Chen X / Yu Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371289 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Mechanism of capsaicin entry into buried vanilloid sites in TRPV1.
著者: Meng-Yang Sun / Yu-Jing Bian / Xiao-Ying Chen / Xue Zhang / Ming Li / Bo-Ying Zhou / Yang Yang / Yi-Zhe Huang / Rui Yang / Yu-Hao Gao / Wen-Wen Cui / Ya-Qi Wang / Si-Jia Zhu / Peng Cao / ...著者: Meng-Yang Sun / Yu-Jing Bian / Xiao-Ying Chen / Xue Zhang / Ming Li / Bo-Ying Zhou / Yang Yang / Yi-Zhe Huang / Rui Yang / Yu-Hao Gao / Wen-Wen Cui / Ya-Qi Wang / Si-Jia Zhu / Peng Cao / Chang-Zhu Li / Michael X Zhu / Yun-Tao Lei / Fan Yang / Ye Yu /
要旨: The transient receptor potential vanilloid 1 (TRPV1) receptor is a promising target for nonopioid analgesics, yet hyperthermic side effects have hindered drug development. The prevailing perspective ...The transient receptor potential vanilloid 1 (TRPV1) receptor is a promising target for nonopioid analgesics, yet hyperthermic side effects have hindered drug development. The prevailing perspective maintains that extracellular hydrophobic vanilloid ligands, such as capsaicin, traverse the cell membrane to reach the buried vanilloid site during TRPV1 activation. Here, we present an alternative mechanism based on computational and experimental approaches, which suggests a distinct hydrophobic pathway at the TRPV1-cell membrane interface as the principal route for ligand entry to the vanilloid site, rather than direct membrane penetration. Modifications to residues within this pathway greatly delayed capsaicin entry without directly modulating TRPV1 channel gating. A compound designed to occupy this pathway's entrance exhibited analgesic effects without inducing hyperthermia. Cryo-electron microscopy confirmed binding to TRPV1 and its role in perturbing capsaicin entry. Thus, our findings unveil a unique and targetable route for capsaicin access to the TRPV1 vanilloid site.
履歴
登録2024年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60835.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60835.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.095
最小 - 最大-0.27163053 - 0.3669278
平均 (標準偏差)0.0012360036 (±0.017598927)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60835_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60835_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5

全体名称: Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5
要素
  • 複合体: Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: 4-azanyl-3-sulfanylidene-1,2,4-triazine-5,6-dione

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超分子 #1: Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5

超分子名称: Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 99.645812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKW SHPQFEKGGG GSGGSAWSHP QFEKEFKGLV DMEQRASLDS EESESPPQEN SCLDPPDRDP NCKPPPVKPH IFTTRSRTR LFGKGDSEEA SPLDCPYEEG GLASCPIITV SSVLTIQRPG DGPASVRPSS QDSVSAGEKP PRLYDRRSIF D AVAQSNCQ ...文字列:
MDYKDDDDKW SHPQFEKGGG GSGGSAWSHP QFEKEFKGLV DMEQRASLDS EESESPPQEN SCLDPPDRDP NCKPPPVKPH IFTTRSRTR LFGKGDSEEA SPLDCPYEEG GLASCPIITV SSVLTIQRPG DGPASVRPSS QDSVSAGEKP PRLYDRRSIF D AVAQSNCQ ELESLLPFLQ RSKKRLTDSE FKDPETGKTC LLKAMLNLHN GQNDTIALLL DVARKTDSLK QFVNASYTDS YY KGQTALH IAIERRNMTL VTLLVENGAD VQAAANGDFF KKTKGRPGFY FGELPLSLAA CTNQLAIVKF LLQNSWQPAD ISA RDSVGN TVLHALVEVA DNTVDNTKFV TSMYNEILIL GAKLHPTLKL EEITNRKGLT PLALAASSGK IGVLAYILQR EIHE PECRH LSRKFTEWAY GPVHSSLYDL SCIDTCEKNS VLEVIAYSSS ETPNRHDMLL VEPLNRLLQD KWDRFVKRIF YFNFF VYCL YMIIFTAAAY YRPVEGLPPY KLKNTVGDYF RVTGEILSVS GGVYFFFRGI QYFLQRRPSL KSLFVDSYSE ILFFVQ SLF MLVSVVLYFS QRKEYVASMV FSLAMGWTNM LYYTRGFQQM GIYAVMIEKM ILRDLCRFMF VYLVFLFGFS TAVVTLI ED GKNNSLPMES TPHKCRGSAC KPGNSYNSLY STCLELFKFT IGMGDLEFTE NYDFKAVFII LLLAYVILTY ILLLNMLI A LMGETVNKIA QESKNIWKLQ RAITILDTEK SFLKCMRKAF RSGKLLQVGF TPDGKDDYRW CFRVDEVNWT TWNTNVGII NEDPGNCEGV KRTLSFSLRS GRVSGRNWKN FALVPLLRDA STRDRHATQQ EEVQLKHYTG SLKPEDAEVF KDSMVPGEK

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

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分子 #2: 4-azanyl-3-sulfanylidene-1,2,4-triazine-5,6-dione

分子名称: 4-azanyl-3-sulfanylidene-1,2,4-triazine-5,6-dione / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: A1D92
分子量理論値: 158.139 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15808
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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