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- EMDB-60823: Structure of human URAT1 bound with urate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60823
タイトルStructure of human URAT1 bound with urate
マップデータsharpened_map
試料
  • 複合体: human urate transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 12
  • リガンド: URIC ACID
キーワードSLC22 / urate / gout / benzbromarone / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC22A12 causes renal hypouricemia 1 (RHUC1) / Organic anion transport / renal urate salt excretion / urate transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / cellular homeostasis / monoatomic ion transport / PDZ domain binding ...Defective SLC22A12 causes renal hypouricemia 1 (RHUC1) / Organic anion transport / renal urate salt excretion / urate transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / cellular homeostasis / monoatomic ion transport / PDZ domain binding / brush border membrane / cellular response to insulin stimulus / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Guo WJ / Wei M / Chen L
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFA0806504 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32225027 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanisms of urate transport and uricosuric drugs inhibition in human URAT1.
著者: Wenjun Guo / Miao Wei / Yunfeng Li / Jiaxuan Xu / Jiahe Zang / Yuezhou Chen / Lei Chen /
要旨: High urate levels in circulation lead to the accumulation of urate crystals in joints and ultimately inflammation and gout. The reabsorption process of urate in the kidney by the urate transporter ...High urate levels in circulation lead to the accumulation of urate crystals in joints and ultimately inflammation and gout. The reabsorption process of urate in the kidney by the urate transporter URAT1 plays a pivotal role in controlling serum urate levels. Pharmacological inhibition of URAT1 by uricosuric drugs is a valid strategy for gout management. Despite the clinical significance of URAT1, its structural mechanism and dynamics remain incompletely understood. Here, we report the structures of human URAT1 (hURAT1) in complex with substrate urate or inhibitors benzbromarone and verinurad at resolution ranges from 3.0 to 3.3 Å. We observe urate in the central substrate-binding site of hURAT1 in the outward-facing conformation and urate is wrapped in the center of hURAT1 by five phenylalanines and coordinated by two positively charged residues on each side. Uricosuric compounds benzbromarone and verinurad occupy the urate-binding site of hURAT1 in the inward-facing conformation. Structural comparison between different conformations of hURAT1 reveals the rocker-switch-like mechanism for urate transport. Benzbromarone and verinurad exert their inhibitory effect by blocking not only the binding of urate but also the structural isomerization of hURAT1.
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60823.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60823.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened_map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.152 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.152 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.152 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.38
最小 - 最大-4.872946 - 7.816533
平均 (標準偏差)-0.0007751279 (±0.12953438)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.152 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60823_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_60823_additional_1.map
注釈unsharpened_map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_60823_half_map_1.map
注釈half_map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_60823_half_map_2.map
注釈half_map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human urate transporter 1

全体名称: human urate transporter 1
要素
  • 複合体: human urate transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 12
  • リガンド: URIC ACID

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超分子 #1: human urate transporter 1

超分子名称: human urate transporter 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 22 member 12

分子名称: Solute carrier family 22 member 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.977066 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPEFMAFSEL LDLVGGLGRF QVLQTMALMV SIMWLCTQSM LENFSAAVPS HRCWAPLLDN STAQASILGS LSPEALLAIS IPPGPNQRP HQCRRFRQPQ WQLLDPNATA TSWSEADTEP CVDGWVYDRS IFTSTIVAKW NLVCDSHALK PMAQSIYLAG I LVGAAVCG ...文字列:
GPEFMAFSEL LDLVGGLGRF QVLQTMALMV SIMWLCTQSM LENFSAAVPS HRCWAPLLDN STAQASILGS LSPEALLAIS IPPGPNQRP HQCRRFRQPQ WQLLDPNATA TSWSEADTEP CVDGWVYDRS IFTSTIVAKW NLVCDSHALK PMAQSIYLAG I LVGAAVCG PASDRFGRRL VLTWSYLQMA VSGTAAAFAP TFPVYCLFRF LLAFAVAGVM MNTGTLLMEW TSARARPLVM TL NSLGFSF GHGLTAAVAY GVRDWTLLQL AVSVPFFLCF LYSWWLAESA RWLLTTGRLD RGLQELRRVA AINGKRAVQD TLT PEVLLS AMREELSVGQ APASLGTLLR TPGLRLRTCI STLCWFAFGF TFFGLALDLQ ALGSNIFLLQ VLIGVVDIPA KMGA LLLLS RLGRRPTLAA SLLLAGLCIL ANTLVPHEMG ALRSALAVLG LGGVGAAFTC ITIYSSELFP TVLRMTAVGL GQMAA RGGA ILGPLVRLLG VHGPWLPLLV YGTVPVLSGL AALLLPETQS LPLPDTIQDV QNQAVKKATH GTLGNSVLKS TQF

UniProtKB: Solute carrier family 22 member 12

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分子 #2: URIC ACID

分子名称: URIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: URC
分子量理論値: 168.11 Da
Chemical component information

ChemComp-URC:
URIC ACID / 尿酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4381 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6243714
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 310852
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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