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万見
- EMDB-60813: Cryo-EM Structure of RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60813
タイトルCryo-EM Structure of RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of RNA
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
    • RNA: RNA (162-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) / defense response to virus / CRISPR-associated protein Csy3
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア) / Thiocystis violascens (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.59 Å
データ登録者Gao X / Cui S / Zhu H / Zhu K / Shang K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2026
タイトル: RNA anti-CRISPRs deplete Cas proteins to inhibit the CRISPR-Cas system.
著者: Xiaopan Gao / Kaixiang Zhu / Weihe Zhang / Lin Wang / Linyue Wang / Lei Hua / Tongxin Niu / Bo Qin / Xia Yu / Hongtao Zhu / Sheng Cui /
要旨: RNA-based anti-CRISPRs (Racrs) interfere with the type I-F CRISPR-Cas system by mimicking the repeats found in CRISPR arrays. Here, we determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of ...RNA-based anti-CRISPRs (Racrs) interfere with the type I-F CRISPR-Cas system by mimicking the repeats found in CRISPR arrays. Here, we determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the type I-F crRNA-guided surveillance complex (Csy complex) from Pectobacterium atrosepticum and three RacrIF1-induced aberrant subcomplexes. Additionally, we observed that Cas7f proteins could bind to non-specific nucleic acids, forming right-handed superhelical filaments composed of different Cas7 copies. Mechanistically, RacrIF1 lacks the specific S-conformation observed in the corresponding position of the 5' handle in canonical CRISPR complexes, and it instead adopts a periodic "5 + 1" pattern. This conformation creates severe steric hindrance for Cas5f-Cas8f heterodimer and undermines their binding. Furthermore, Cas7f nonspecifically binds nucleic acids and can form infinite superhelical filaments along Racrs molecules. This oligomerization sequesters Cas6f and Cas7f from binding, therefore blocking the formation of functional CRISPR-Cas effector complexes and ultimately blocking antiviral immunity. Our study provides a structural basis underlying Racrs-mediated CRISPRs inhibition.
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月14日-
マップ公開2026年1月14日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60813.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0023049368 - 1.933722
平均 (標準偏差)0.0045992984 (±0.049290787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 388.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60813_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60813_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of RNA

全体名称: complex of RNA
要素
  • 複合体: complex of RNA
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
    • RNA: RNA (162-MER)

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超分子 #1: complex of RNA

超分子名称: complex of RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)

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分子 #1: CRISPR-associated protein Csy3

分子名称: CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
分子量理論値: 36.948512 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAKAATTLKT ASVLAFERKL ANSDALMYAG NWAQQDNWTA IAIQEKSVRG TISNRLKNAL TSDPAKLDAE IQKANLQKVD VAALPFGAD TLKIVFTLRV LGNLAQPSVC NDQDYQTALG DIITGYAQEQ GFSTLAARYA ENIANGRFLW RNRVGAEAIR V VVTKKGER ...文字列:
MAKAATTLKT ASVLAFERKL ANSDALMYAG NWAQQDNWTA IAIQEKSVRG TISNRLKNAL TSDPAKLDAE IQKANLQKVD VAALPFGAD TLKIVFTLRV LGNLAQPSVC NDQDYQTALG DIITGYAQEQ GFSTLAARYA ENIANGRFLW RNRVGAEAIR V VVTKKGER SWEFNGEDYS LRQFSQPAGD LAALTQAIEK GLAGDASALF TVEAYVQLGN GQEVFPSQEL VLDEKARNGK SK ILYQVND VAAIHSQKIG NALRTIDDWY PAADEAGPIA VEPYGSVTSR GKAYRQPREK MDFYTLLDNW VIKGDVPMPE QQH YVIATL IRGGVFGEKG E

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy3

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分子 #2: RNA (162-MER)

分子名称: RNA (162-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thiocystis violascens (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 52.47623 KDa
配列文字列:
AAGAAAUUCA CGGCGGGCUU GAAAUUCACG GCGAAAUUCA CGGCGGGCUU GAAAUUCACG GCGGGAUUCA CGGCGGGCUU GAAAUUCAC GGCGAAAUUC ACGGCGGGCU UGAAAUUCAC GGCGAAAUUC ACGGCGGGCU UGAAAUUCAC GGCGGGAUUC A CG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 2500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 9887
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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