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- EMDB-60781: cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60781
タイトルcryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation module bound to H1.0-K63-Ub3 modified chromatosome
マップデータ
試料
  • 複合体: cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation module bound to H1.0-K63-Ub3 modified chromatosome
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
キーワードRNF168 / H1.0 / ubiquitylation / nucleosome / chromatosome / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AK15 ubiquitin ligase activity / histone ubiquitin ligase activity / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of DNA recombination / protein K6-linked ubiquitination / Signaling by BMP / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Apoptosis induced DNA fragmentation / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / isotype switching ...histone H2AK15 ubiquitin ligase activity / histone ubiquitin ligase activity / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of DNA recombination / protein K6-linked ubiquitination / Signaling by BMP / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Apoptosis induced DNA fragmentation / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / isotype switching / protein K11-linked ubiquitination / chromosome condensation / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / nucleosomal DNA binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / response to ionizing radiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / ubiquitin conjugating enzyme activity / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / negative regulation of BMP signaling pathway / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein K63-linked ubiquitination / Viral mRNA Translation / protein monoubiquitination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ubiquitin ligase complex / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / negative regulation of megakaryocyte differentiation / interstrand cross-link repair / protein localization to CENP-A containing chromatin / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein K48-linked ubiquitination / Chromatin modifying enzymes / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / nucleosome binding / protein autoubiquitination / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Maturation of protein E / Maturation of protein E / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / cytosolic ribosome / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Myoclonic epilepsy of Lafora / transcription repressor complex / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / telomere organization / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Inhibition of DNA recombination at telomere / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / Meiotic synapsis / Interleukin-7 signaling / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / RNA Polymerase I Promoter Opening / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RNF168 / : / Prokaryotic RING finger family 4 / Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. ...E3 ubiquitin-protein ligase RNF168 / : / Prokaryotic RING finger family 4 / Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ring finger / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Zinc finger RING-type profile. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Zinc finger, RING-type / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Ubiquitin domain / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc-binding ribosomal protein / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Histone H2A type 1-B/E / Histone H1.0 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / Histone H4 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Histone H3.2 / E3 ubiquitin-protein ligase RNF168
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Ai HS / Deng ZH / Liu L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22137005, 92253302, 22227810 中国
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2025
タイトル: Promotion of RNF168-Mediated Nucleosomal H2A Ubiquitylation by Structurally Defined K63-Polyubiquitylated Linker Histone H1.
著者: Qiang Shi / Zhiheng Deng / Liying Zhang / Zebin Tong / Jia-Bin Li / Guo-Chao Chu / Huasong Ai / Lei Liu /
要旨: The chemical synthesis of histones with homogeneous modifications is a powerful approach for quantitatively deciphering the functional crosstalk between different post-translational modifications ...The chemical synthesis of histones with homogeneous modifications is a powerful approach for quantitatively deciphering the functional crosstalk between different post-translational modifications (PTMs). In this study, we developed an expedient site-specific (poly)ubiquitylation strategy (CAEPL, Cysteine Aminoethylation coupled with Enzymatic Protein Ligation), which integrates the Cys-aminoethylation reaction with the process of ubiquitin-activating enzyme UBA1-assisted native chemical ligation. Using this strategy, we successfully prepared monoubiquitylated and K63-linked di- and tri-ubiquitylated linker histone H1.0 proteins, which were incorporated into individual chromatosomes. Quantitative biochemical analysis of different RNF168 constructs on H1 ubiquitylated chromatosomes with different ubiquitin chain lengths demonstrated that K63-linked polyubiquitylated H1.0 could directly stimulate RNF168 ubiquitylation activity by enhancing the affinity between RNF168 and the chromatosome. Subsequent cryo-EM structural analysis of the RNF168/UbcH5c-Ub/H1.0-K63-Ub chromatosome complex revealed the potential recruitment orientation between RNF168 UDM1 domain and K63-linked ubiquitin chain on H1.0. Finally, we explored the impact of H1.0 ubiquitylation on RNF168 activity in the context of asymmetric H1.0-K63-Ub di-nucleosome substrate, revealing a comparable stimulation effect of both the inter- and intra-nucleosomal crosstalk. Overall, our study highlights the significance of access to structurally defined polyubiquitylated H1.0 by the CAEPL strategy, enabling in-depth mechanistic investigations of in-trans PTM crosstalk between linker histone H1.0 and core histone H2A ubiquitylation.
履歴
登録2024年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60781.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.0062035443 - 0.037045084
平均 (標準偏差)0.00030252722 (±0.0019104414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60781_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60781_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60781_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation m...

全体名称: cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation module bound to H1.0-K63-Ub3 modified chromatosome
要素
  • 複合体: cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation module bound to H1.0-K63-Ub3 modified chromatosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H1.0
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RNF168
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • DNA: DNA (171-MER)
    • DNA: DNA (171-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation m...

超分子名称: cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation module bound to H1.0-K63-Ub3 modified chromatosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H1.0

分子名称: Histone H1.0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.901145 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTENSTSAPA AKPKRAKASK KSTDHPKYSD MIVAAIQAEK NRAGSSRQSI QKYIKSHYKV GENADSQIKL SIKRLVTTGV LCQTKGVGA SGSFRLAKSD EPKKSVAFKK TKKEIKKVAT PKKASKPKKA ASKAPTKKPK ATPVKKAKKK LAATPKKAKK P KTVKAKPV ...文字列:
MTENSTSAPA AKPKRAKASK KSTDHPKYSD MIVAAIQAEK NRAGSSRQSI QKYIKSHYKV GENADSQIKL SIKRLVTTGV LCQTKGVGA SGSFRLAKSD EPKKSVAFKK TKKEIKKVAT PKKASKPKKA ASKAPTKKPK ATPVKKAKKK LAATPKKAKK P KTVKAKPV KASKPKKAKP VKPKAKSSAK RAGKKK

UniProtKB: Histone H1.0

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分子 #2: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.273838 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVGLFEDTNL SAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #3: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #4: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.008318 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKACTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYS ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

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分子 #5: Histone H2B type 1-K

分子名称: Histone H2B type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.790018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6c alpha

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分子 #6: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.657938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MALKRINKEL SDLARDPPAQ SSAGPVGDDM FHWQATIMGP NDSPYQGGVF FLTIHFPTDY PFKPPKVAFT TRIYHPNINS NGSICLDIL RSQWSPALTI SKVLLSISSL LSDPNPDDPL VPEIARIYKT DRDKYNRISR EWTQKYAM

UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

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分子 #7: E3 ubiquitin-protein ligase RNF168

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RNF168 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.533523 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MALPKDAIPS LSECQCGICM EILVEPVTLP CNHTLCKPCF QSTVEKASLC CPFCRRRVSS WTRYHTRRNS LVNVELWTII QKHYPRECK LRASGQESEE VADDYQPVRL LSKPGELRRE YEEEISKVAA ERRASEEEEN KASEEYIQRL LAEEEEEEKR Q AEKRRRAM ...文字列:
MALPKDAIPS LSECQCGICM EILVEPVTLP CNHTLCKPCF QSTVEKASLC CPFCRRRVSS WTRYHTRRNS LVNVELWTII QKHYPRECK LRASGQESEE VADDYQPVRL LSKPGELRRE YEEEISKVAA ERRASEEEEN KASEEYIQRL LAEEEEEEKR Q AEKRRRAM EEQLKSDEEL ARKLSIDINN FCEGS

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RNF168

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分子 #8: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.519778 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRG

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

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分子 #9: DNA (171-MER)

分子名称: DNA (171-MER) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.825652 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC)(DT)(DC) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT) (DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)

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分子 #10: DNA (171-MER)

分子名称: DNA (171-MER) / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.754609 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT) ...文字列:
(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)

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分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36240
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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