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- EMDB-60756: Cryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60756
タイトルCryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex in a compact conformation from Ebola virus
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of L-VP35 core region from Ebola virus
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Polymerase cofactor VP35
  • リガンド: ZINC ION
キーワードRNA-dependent RNA polymerase complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative stranded viral RNA transcription / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / NNS virus cap methyltransferase / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / GDP polyribonucleotidyltransferase ...RNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative stranded viral RNA transcription / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / NNS virus cap methyltransferase / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / GDP polyribonucleotidyltransferase / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of protein sumoylation / negative stranded viral RNA replication / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / viral transcription / molecular sequestering activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / viral genome replication / cell chemotaxis / virion component / outer membrane-bounded periplasmic space / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / periplasmic space / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of gene expression / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / DNA damage response / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, filovirus / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V ...RNA-directed RNA polymerase L, filovirus / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Polymerase cofactor VP35 / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (エボラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Li G / Du T / Wang J / Wu S / Ru H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371344 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the RNA-dependent RNA polymerase complexes from highly pathogenic Marburg and Ebola viruses.
著者: Guobao Li / Tianjiao Du / Jiening Wang / Kaiyue Jie / Zhuolu Ren / Xiaokang Zhang / Long Zhang / Shan Wu / Heng Ru /
要旨: The Ebola and the Marburg viruses belong to the Filoviridae family, a group of filamentous, single-stranded, negative-sensed RNA viruses. Upon infection, uncontrolled propagation of the Ebola and the ...The Ebola and the Marburg viruses belong to the Filoviridae family, a group of filamentous, single-stranded, negative-sensed RNA viruses. Upon infection, uncontrolled propagation of the Ebola and the Marburg viruses causes severe hemorrhagic fevers with high mortality rates. The replication and transcription of viral genomes are mediated by a polymerase complex consisting of two proteins: L and its cofactor VP35. However, the molecular mechanism of filovirus RNA synthesis remains understudied due to the lack of high-resolution structures of L and VP35 complexes from these viruses. Here, we present the cryo-EM structures of the polymerase complexes for the Marburg virus and the Ebola virus at 2.7 Å and 3.1 Å resolutions respectively. Despite the similar assembly and overall structures between these two viruses, we identify virus-specific L-VP35 interactions. Our data show that intergeneric exchange of VP35 would diminish these interactions and prevent the formation of a functional chimeric polymerase complex between L protein and heterologous VP35. Additionally, we identify a contracted conformation of the Ebola virus polymerase structure, revealing the structural dynamics of the polymerase during RNA synthesis. These insights enhance our understanding of filovirus RNA synthesis mechanisms and may facilitate the development of antiviral drugs targeting filovirus polymerase.
履歴
登録2024年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60756.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60756.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.36
最小 - 最大-1.9661987 - 2.8379185
平均 (標準偏差)0.0006904532 (±0.078447685)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60756_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60756_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60756_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of L-VP35 core region from Ebola virus

全体名称: Ternary complex of L-VP35 core region from Ebola virus
要素
  • 複合体: Ternary complex of L-VP35 core region from Ebola virus
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Polymerase cofactor VP35
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Ternary complex of L-VP35 core region from Ebola virus

超分子名称: Ternary complex of L-VP35 core region from Ebola virus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (エボラウイルス)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RNA-directed RNA...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RNA-directed RNA polymerase L
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (12900) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID Q05318.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (エボラウイルス)
分子量理論値: 207.335219 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSGWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKGSASHHHH HHGTKTEEGK LVIWINGDKG YNGLAEVGKK FEKDTGIKVT VEHPDKLEE KFPQVAATGD GPDIIFWAHD RFGGYAQSGL LAEITPDKAF QDKLYPFTWD AVRYNGKLIA YPIAVEALSL I YNKDLLPN ...文字列:
MGSGWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKGSASHHHH HHGTKTEEGK LVIWINGDKG YNGLAEVGKK FEKDTGIKVT VEHPDKLEE KFPQVAATGD GPDIIFWAHD RFGGYAQSGL LAEITPDKAF QDKLYPFTWD AVRYNGKLIA YPIAVEALSL I YNKDLLPN PPKTWEEIPA LDKELKAKGK SALMFNLQEP YFTWPLIAAD GGYAFKYENG KYDIKDVGVD NAGAKAGLTF LV DLIKNKH MNADTDYSIA EAAFNKGETA MTINGPWAWS NIDTSKVNYG VTVLPTFKGQ PSKPFVGVLS AGINAASPNK ELA KEFLEN YLLTDEGLEA VNKDKPLGAV ALKSYEEELA KDPRIAATME NAQKGEIMPN IPQMSAFWYA VRTAVINAAS GRQT VDEAL KDAQTGTDYD IPTTLEVLFQ GPGSMATQHT QYPDARLSSP IVLDQCDLVT RACGLYSSYS LNPQLRNCKL PKHIY RLKY DVTVTKFLSD VPVATLPIDF IVPVLLKALS GNGFCPVEPR CQQFLDEIIK YTMQDALFLK YYLKNVGAQE DCVDEH FQE KILSSIQGNE FLHQMFFWYD LAILTRRGRL NRGNSRSTWF VHDDLIDILG YGDYVFWKIP ISMLPLNTQG IPHAAMD WY QASVFKEAVQ GHTHIVSVST ADVLIMCKDL ITCRFNTTLI SKIAEIEDPV CSDYPNFKIV SMLYQSGDYL LSILGSDG Y KIIKFLEPLC LAKIQLCSKY TERKGRFLTQ MHLAVNHTLE EITEMRALKP SQAQKIREFH RTLIRLEMTP QQLCELFSI QKHWGHPVLH SETAIQKVKK HATVLKALRP IVIFETYCVF KYSIAKHYFD SQGSWYSVTS DRNLTPGLNS YIKRNQFPPL PMIKELLWE FYHLDHPPLF STKIISDLSI FIKDRATAVE RTCWDAVFEP NVLGYNPPHK FSTKRVPEQF LEQENFSIEN V LSYAQKLE YLLPQYRNFS FSLKEKELNV GRTFGKLPYP TRNVQTLCEA LLADGLAKAF PSNMMVVTER EQKESLLHQA SW HHTSDDF GEHATVRGSS FVTDLEKYNL AFRYEFTAPF IEYCNRCYGV KNVFNWMHYT IPQCYMHVSD YYNPPHNLTL ENR DNPPEG PSSYRGHMGG IEGLQQKLWT SISCAQISLV EIKTGFKLRS AVMGDNQCIT VLSVFPLETD ADEQEQSAED NAAR VAASL AKVTSACGIF LKPDETFVHS GFIYFGKKQY LNGVQLPQSL KTATRMAPLS DAIFDDLQGT LASIGTAFER SISET RHIF PCRITAAFHT FFSVRILQYH HLGFNKGFDL GQLTLGKPLD FGTISLALAV PQVLGGLSFL NPEKCFYRNL GDPVTS GLF QLKTYLRMIE MDDLFLPLIA KNPGNCTAID FVLNPSGLNV PGSQDLTSFL RQIVRRTITL SAKNKLINTL FHASADF ED EMVCKWLLSS TPVMSRFAAD IFSRTPSGKR LQILGYLEGT RTLLASKIIN NNTETPVLDR LRKITLQRWS LWFSYLDH C DNILAEALTQ ITCTVDLAQI LREYSWAHIL EGRPLIGATL PCMIEQFKVF WLKPYEQCPQ CSNAKQPGGK PFVSVAVKK HIVSAWPNAS RISWTIGDGI PYIGSRTEDK IGQPAIKPKC PSAALREAIE LASRLTWVTQ GSSNSDLLIK PFLEARVNLS VQEILQMTP SHYSGNIVHR YNDQYSPHSF MANRMSNSAT RLIVSTNTLG EFSGGGQSAR DSNIIFQNVI NYAVALFDIK F RNTEATDI QYNRAHLHLT KCCTREVPAQ YLTYTSTLDL DLTRYRENEL IYDSNPLKGG LNCNISFDNP FSRDYKDDDD K

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Polymerase cofac...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Polymerase cofactor VP35
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Sequence reference for Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (12900) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID Q05127.
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (エボラウイルス)
分子量理論値: 72.190336 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH GTKTEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLA EITPDKAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL M FNLQEPYF ...文字列:
MGSSHHHHHH GTKTEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLA EITPDKAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL M FNLQEPYF TWPLIAADGG YAFKYENGKY DIKDVGVDNA GAKAGLTFLV DLIKNKHMNA DTDYSIAEAA FNKGETAMTI NG PWAWSNI DTSKVNYGVT VLPTFKGQPS KPFVGVLSAG INAASPNKEL AKEFLENYLL TDEGLEAVNK DKPLGAVALK SYE EELAKD PRIAATMENA QKGEIMPNIP QMSAFWYAVR TAVINAASGR QTVDEALKDA QTGTDYDIPT TENLYFQGGS NHSF EEVVQ TLASLATVVQ QQTIASESLE QRITSLENGL KPVYDMAKTI SSLNRVCAEM VAKYDLLVMT TGRATATAAA TEAYW AEHG QPPPGPSLYE ESAIRGKIES RDETVPQSVR EAFNNLNSTT SLTEENFGKP DISAKDLRNI MYDHLPGFGT AFHQLV QVI CKLGKDSNSL DIIHAEFQAS LAEGDSPQCA LIQITKRVPI FQDAAPPVIH IRSRGDIPRA CQKSLRPVPP SPKIDRG WV CVFQLQDGKT LGLKI

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Polymerase cofactor VP35

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP, 6 mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This sample is monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77587
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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