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- PDB-9ip3: Cryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ip3
タイトルCryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex in a compact conformation from Ebola virus
要素
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Polymerase cofactor VP35
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase activity / negative stranded viral RNA transcription / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / NNS virus cap methyltransferase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / GDP polyribonucleotidyltransferase / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II ...RNA polymerase activity / negative stranded viral RNA transcription / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / NNS virus cap methyltransferase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / GDP polyribonucleotidyltransferase / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / negative stranded viral RNA replication / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / viral transcription / molecular sequestering activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / viral genome replication / cell chemotaxis / virion component / outer membrane-bounded periplasmic space / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / periplasmic space / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of gene expression / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / DNA damage response / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, filovirus / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V ...RNA-directed RNA polymerase L, filovirus / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Polymerase cofactor VP35 / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Ebola virus - Eckron (Zaire
1976)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Li, G. / Du, T. / Wang, J. / Wu, S. / Ru, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371344 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the RNA-dependent RNA polymerase complexes from highly pathogenic Marburg and Ebola viruses.
著者: Guobao Li / Tianjiao Du / Jiening Wang / Kaiyue Jie / Zhuolu Ren / Xiaokang Zhang / Long Zhang / Shan Wu / Heng Ru /
要旨: The Ebola and the Marburg viruses belong to the Filoviridae family, a group of filamentous, single-stranded, negative-sensed RNA viruses. Upon infection, uncontrolled propagation of the Ebola and the ...The Ebola and the Marburg viruses belong to the Filoviridae family, a group of filamentous, single-stranded, negative-sensed RNA viruses. Upon infection, uncontrolled propagation of the Ebola and the Marburg viruses causes severe hemorrhagic fevers with high mortality rates. The replication and transcription of viral genomes are mediated by a polymerase complex consisting of two proteins: L and its cofactor VP35. However, the molecular mechanism of filovirus RNA synthesis remains understudied due to the lack of high-resolution structures of L and VP35 complexes from these viruses. Here, we present the cryo-EM structures of the polymerase complexes for the Marburg virus and the Ebola virus at 2.7 Å and 3.1 Å resolutions respectively. Despite the similar assembly and overall structures between these two viruses, we identify virus-specific L-VP35 interactions. Our data show that intergeneric exchange of VP35 would diminish these interactions and prevent the formation of a functional chimeric polymerase complex between L protein and heterologous VP35. Additionally, we identify a contracted conformation of the Ebola virus polymerase structure, revealing the structural dynamics of the polymerase during RNA synthesis. These insights enhance our understanding of filovirus RNA synthesis mechanisms and may facilitate the development of antiviral drugs targeting filovirus polymerase.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RNA-directed RNA polymerase L
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Polymerase cofactor VP35
C: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Polymerase cofactor VP35
D: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Polymerase cofactor VP35
E: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)496,1626
ポリマ－496,0975
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RNA-directed RNA polymerase L / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Protein L / Large structural ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 207335.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (12900) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID Q05318.
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (エボラウイルス)
遺伝子: malE, b4034, JW3994
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q05318, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, GDP polyribonucleotidyltransferase, NNS virus cap methyltransferase
#2: タンパク質
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Polymerase cofactor VP35 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Ebola VP35 / eVP35


分子量: 72190.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (12900) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID Q05127.
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (エボラウイルス)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, VP35
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q05127
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of L-VP35 core region from Ebola virus
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Eckron (Zaire, 1976) (エボラウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP, 6 mM MgCl2
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample is monodisperse.
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77587 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.1→238.08 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.72 / 位相誤差: 31.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
obs0.2456 948510 99.97 %
Rfree-2064 22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01313782
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.21518711
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.9741836
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0652109
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.170.41571440.430563948ELECTRON MICROSCOPY100
3.17-3.250.35741320.407362374ELECTRON MICROSCOPY100
3.25-3.340.41741200.382762764ELECTRON MICROSCOPY100
3.34-3.440.35021680.36863614ELECTRON MICROSCOPY100
3.44-3.550.34951200.336662932ELECTRON MICROSCOPY100
3.55-3.680.33081200.316463265ELECTRON MICROSCOPY100
3.68-3.820.25561200.288862924ELECTRON MICROSCOPY100
3.82-40.24221080.250563289ELECTRON MICROSCOPY100
4-4.210.22041680.221663197ELECTRON MICROSCOPY100
4.21-4.470.21781200.202862843ELECTRON MICROSCOPY100
4.47-4.820.2011680.189663182ELECTRON MICROSCOPY100
4.82-5.30.20651200.190963321ELECTRON MICROSCOPY100
5.3-6.070.21551440.211462871ELECTRON MICROSCOPY100
6.07-7.640.2111440.217463205ELECTRON MICROSCOPY100
7.65-238.080.18161680.175362717ELECTRON MICROSCOPY99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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