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- EMDB-60592: RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-5) of the nu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60592
タイトルRNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-5) of the nucleosome containing histone variant H2A.B
マップデータ
試料
  • 複合体: Spt4/5-Elf1-RNAPII-H2A.B nucleosome complex
    • 複合体: RNA polymerase II
    • 複合体: Histone complex
      • 複合体: H2A.B
      • 複合体: H2B
      • 複合体: H3.3
      • 複合体: H4
    • 複合体: DNA
    • 複合体: RNA
    • 複合体: TFIIS
    • 複合体: Spt4
    • 複合体: Spt5
    • 複合体: Elf1
キーワードTranscription-DNA-RNA COMPLEX / RNAPII / TRANSCRIPTION
生物種Komagataella phaffii (菌類) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Akatsu M / Kujirai T / Hirano R / Ehara H / Takizawa Y / Sekine S / Kurumizaka H
資金援助 日本, 10件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K15033 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K06098 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23H05475 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23K17392 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24H02328 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
Japan Science and TechnologyJPMJSP2108 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24ama121009 日本
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Structural basis of RNAPII transcription on the nucleosome containing histone variant H2A.B.
著者: Munetaka Akatsu / Rina Hirano / Tomoya Kujirai / Mitsuo Ogasawara / Haruhiko Ehara / Shun-Ichi Sekine / Yoshimasa Takizawa / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: H2A.B is a distant histone H2A variant associated with actively transcribed regions of the genome, suggesting its positive role in promoting transcription. In the present study, we demonstrate that ...H2A.B is a distant histone H2A variant associated with actively transcribed regions of the genome, suggesting its positive role in promoting transcription. In the present study, we demonstrate that the RNA polymerase II elongation complex (EC) transcribes the nucleosome containing H2A.B more efficiently than that with canonical H2A in vitro. Our cryo-electron microscopy analysis of the H2A.B nucleosome during transcription revealed that the proximal H2A.B-H2B dimer is released from the nucleosome as the EC transcribes the proximal half of the nucleosomal DNA. This dissociation, which is not observed in the canonical H2A nucleosome, likely enhances the EC elongation efficiency in the H2A.B nucleosome. Mutational analyses suggested that the unique short C-terminal region of H2A.B alone enhances EC elongation efficiency when substituted for its counterpart in canonical H2A. Additionally, other regions of H2A.B contribute to this enhancement. These structural and biochemical findings provide new insights into the role of H2A.B in regulating gene expression.
履歴
登録2024年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60592.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

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表面レベル登録者による: 0.00464
最小 - 最大-0.008368411 - 0.025199698
平均 (標準偏差)0.00021278049 (±0.0012599676)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #3

ファイルemd_60592_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: #2

ファイルemd_60592_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: #1

ファイルemd_60592_additional_3.map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: #4

ファイルemd_60592_additional_4.map
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軸ZYX

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60592_half_map_1.map
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ハーフマップ: #1

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試料の構成要素

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全体 : Spt4/5-Elf1-RNAPII-H2A.B nucleosome complex

全体名称: Spt4/5-Elf1-RNAPII-H2A.B nucleosome complex
要素
  • 複合体: Spt4/5-Elf1-RNAPII-H2A.B nucleosome complex
    • 複合体: RNA polymerase II
    • 複合体: Histone complex
      • 複合体: H2A.B
      • 複合体: H2B
      • 複合体: H3.3
      • 複合体: H4
    • 複合体: DNA
    • 複合体: RNA
    • 複合体: TFIIS
    • 複合体: Spt4
    • 複合体: Spt5
    • 複合体: Elf1

+
超分子 #1: Spt4/5-Elf1-RNAPII-H2A.B nucleosome complex

超分子名称: Spt4/5-Elf1-RNAPII-H2A.B nucleosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22

+
超分子 #2: RNA polymerase II

超分子名称: RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)

+
超分子 #3: Histone complex

超分子名称: Histone complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #17-#20
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #21-#22
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
超分子 #5: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes

+
超分子 #6: TFIIS

超分子名称: TFIIS / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)

+
超分子 #7: Spt4

超分子名称: Spt4 / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #15
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)

+
超分子 #8: Spt5

超分子名称: Spt5 / タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #16
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)

+
超分子 #9: Elf1

超分子名称: Elf1 / タイプ: complex / ID: 9 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)

+
超分子 #10: H2A.B

超分子名称: H2A.B / タイプ: complex / ID: 10 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #17
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #11: H2B

超分子名称: H2B / タイプ: complex / ID: 11 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #18
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #12: H3.3

超分子名称: H3.3 / タイプ: complex / ID: 12 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #19
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #13: H4

超分子名称: H4 / タイプ: complex / ID: 13 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #20
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.09144 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES-KOH(pH7.5)
50.0 mMPotassium acetateCH3COOK
200.0 nMZinc acetate(CH3COO)2Zn
0.1 mMTCEP-HCl

詳細: 20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細dsDNA concentration is 0.09144 mg/mL. This sample contains 0.005% Tween20.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 57.24 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9713

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62759
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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