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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6057 | |||||||||
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タイトル | Structure of the E. coli 50S subunit with ErmCL nascent chain | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of ErmCL-stalled ribosome complex (30S masked out) | |||||||||
試料 |
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キーワード | erythromycin / stalling / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex / ErmCL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stringent response / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...stringent response / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Arenz S / Meydan S / Starosta AL / Berninghausen O / Beckmann R / Vazquez-Laslop N / Wilson DN | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2014 タイトル: Drug sensing by the ribosome induces translational arrest via active site perturbation. 著者: Stefan Arenz / Sezen Meydan / Agata L Starosta / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Nora Vázquez-Laslop / Daniel N Wilson / 要旨: During protein synthesis, nascent polypeptide chains within the ribosomal tunnel can act in cis to induce ribosome stalling and regulate expression of downstream genes. The Staphylococcus aureus ...During protein synthesis, nascent polypeptide chains within the ribosomal tunnel can act in cis to induce ribosome stalling and regulate expression of downstream genes. The Staphylococcus aureus ErmCL leader peptide induces stalling in the presence of clinically important macrolide antibiotics, such as erythromycin, leading to the induction of the downstream macrolide resistance methyltransferase ErmC. Here, we present a cryo-electron microscopy (EM) structure of the erythromycin-dependent ErmCL-stalled ribosome at 3.9 Å resolution. The structure reveals how the ErmCL nascent chain directly senses the presence of the tunnel-bound drug and thereby induces allosteric conformational rearrangements at the peptidyltransferase center (PTC) of the ribosome. ErmCL-induced perturbations of the PTC prevent stable binding and accommodation of the aminoacyl-tRNA at the A-site, leading to inhibition of peptide bond formation and translation arrest. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6057.map.gz | 6.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6057-v30.xml emd-6057.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6057.gif 80_6057.gif | 26 KB 1.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6057 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6057 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6057_validation.pdf.gz | 333.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6057_full_validation.pdf.gz | 332.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6057_validation.xml.gz | 4.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6057 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6057 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6057.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of ErmCL-stalled ribosome complex (30S masked out) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.108 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ErmCL-stalled E. coli ribosome
全体 | 名称: ErmCL-stalled E. coli ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: ErmCL-stalled E. coli ribosome
超分子 | 名称: ErmCL-stalled E. coli ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: 50S ribosomal subunit
超分子 | 名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 詳細: ErmCL-stalled / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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Cs | 0 |
日付 | 2014年3月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 6118 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 125085 / Cs: mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: defocus groups |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER 詳細: Since the microscopy images were processed in the absence of spatial frequencies higher than 8 A, an FSC cut-off value of 0.143 was used for average resolution determination of 3.9 A (Scheres and Chen, 2012). 使用した粒子像数: 269163 |