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- EMDB-60563: Cryo-EM structure of uropathogenic Escherichia coli 2:1 CysK:CdiA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60563
タイトルCryo-EM structure of uropathogenic Escherichia coli 2:1 CysK:CdiA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: 2 CysK in complex with 1 CdiA-CT.
    • タンパク質・ペプチド: CysK
    • タンパク質・ペプチド: CdiA-CT
キーワードRNase / Complex / Contact-dependent growth inhibition / Toxin
生物種Escherichia coli 536 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Feng Z / Yashiro Y / Tomita K
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03980 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H00368 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Mechanism of activation of contact-dependent growth inhibition tRNase toxin by the amino acid biogenesis factor CysK in the bacterial competition system.
著者: Zhaohang Feng / Yuka Yashiro / Kozo Tomita /
要旨: Contact-dependent growth inhibition (CDI) is a bacterial competition mechanism, wherein the C-terminal toxin domain of CdiA protein (CdiA-CT) is transferred from one bacterium to another, impeding ...Contact-dependent growth inhibition (CDI) is a bacterial competition mechanism, wherein the C-terminal toxin domain of CdiA protein (CdiA-CT) is transferred from one bacterium to another, impeding the growth of the toxin recipient. In uropathogenic Escherichia coli 536, CdiA-CT (CdiA-CTEC536) is a tRNA anticodon endonuclease that requires a cysteine biogenesis factor, CysK, for its activity. However, the mechanism underlying tRNA recognition and cleavage by CdiA-CTEC536 remains unresolved. Here, we present the cryo-EM structure of the CysK:CdiA-CTEC536:tRNA ternary complex. The interaction between CdiA-CTEC536 and CysK stabilizes the CdiA-CTEC536 structure and facilitates tRNA binding and the formation of the CdiA-CTEC536 catalytic core structure. The bottom-half of the tRNA interacts exclusively with CdiA-CTEC536 and the α-helices of CdiA-CTEC536 engage with the minor and major grooves of the bottom-half of tRNA, positioning the tRNA anticodon loop at the CdiA-CTEC536 catalytic site for tRNA cleavage. Thus, CysK serves as a platform facilitating the recognition and cleavage of substrate tRNAs by CdiA-CTEC536.
履歴
登録2024年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60563.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60563.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.20730187 - 0.5380045
平均 (標準偏差)-0.00018621152 (±0.015303012)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60563_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60563_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60563_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 2 CysK in complex with 1 CdiA-CT.

全体名称: 2 CysK in complex with 1 CdiA-CT.
要素
  • 複合体: 2 CysK in complex with 1 CdiA-CT.
    • タンパク質・ペプチド: CysK
    • タンパク質・ペプチド: CdiA-CT

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超分子 #1: 2 CysK in complex with 1 CdiA-CT.

超分子名称: 2 CysK in complex with 1 CdiA-CT. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli 536 (大腸菌)
分子量理論値: 90 KDa

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分子 #1: CysK

分子名称: CysK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSKIFEDNSL TIGHTPLVRL NRIGNGRILA KVESRNPSFS V(LLP)CRIGANMI WDAEKRGVLK PGVELVEPTS GNTGIA LAY VAAARGYKLT LTMPETMSIE RRKLLKALGA NLVLTEGAKG MKGAIQKAEE IVASNPEKYL LLQQFSNPAN PEIHEKT TG ...文字列:
MSKIFEDNSL TIGHTPLVRL NRIGNGRILA KVESRNPSFS V(LLP)CRIGANMI WDAEKRGVLK PGVELVEPTS GNTGIA LAY VAAARGYKLT LTMPETMSIE RRKLLKALGA NLVLTEGAKG MKGAIQKAEE IVASNPEKYL LLQQFSNPAN PEIHEKT TG PEIWEDTDGQ VDVFIAGVGT GGTLTGVSRY IKGTKGKTDL ISVAVEPTDS PVIAQALAGE EIKPGPHKIQ GIGAGFIP A NLDLKLVDKV IGITNEEAIS TARRLMEEEG ILAGISSGAA VAAALKLQED ESFTNKNIVV ILPSSGERYL STALFADLF TEKELQQ

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分子 #2: CdiA-CT

分子名称: CdiA-CT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli 536 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHVEN NALSLVARGC AVAAPCRTKV AEQLLEIGAK AGMAGLAGAA VKDMADRMTS DELEHLITLQ MMGNDEITTK YLSSLHDKY GSGAASNPNI GKDLTDAEKV ELGGSGSGTG TPPPSENDPK QQNEKTVDKL NQKQESAIKK IDNTIKNALK D HDIIGTLK ...文字列:
MHHHHHHVEN NALSLVARGC AVAAPCRTKV AEQLLEIGAK AGMAGLAGAA VKDMADRMTS DELEHLITLQ MMGNDEITTK YLSSLHDKY GSGAASNPNI GKDLTDAEKV ELGGSGSGTG TPPPSENDPK QQNEKTVDKL NQKQESAIKK IDNTIKNALK D HDIIGTLK DMDGKPVPKE NGGYWDAMQE MQNTLRGLRN HADTLKNVNN PEAQAAYGRA TDAINKIESA LKGYGI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.6 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris-HClTris-HCl
50.0 mMNaClSodium chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
10.0 mM2-mercaptoethanol2-mercaptoethanol

詳細: 25mM Tris-HCl,50mM NaCl,2mM MgCl2, 10mM 2-mercaptoethanol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7044 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4707496
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 739756
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5j43


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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