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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | AtALMT9 plus high malate in low pH | |||||||||
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![]() | CHANNEL / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | malate transport / Aluminum-activated malate transporter / Aluminium activated malate transporter / plant-type vacuole membrane / monoatomic anion channel activity / Aluminum-activated malate transporter 9![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å | |||||||||
![]() | Gong DS | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural insight into the Arabidopsis vacuolar anion channel ALMT9 shows clade specificity. 著者: Dandan Qian / Yaru Chai / Weiping Li / Bin Cui / Shaoquan Lin / Zhibin Wang / Chongyuan Wang / Le Qing Qu / Deshun Gong / ![]() 要旨: The Arabidopsis thaliana aluminum-activated malate transporter 9 (AtALMT9) functions as a vacuolar chloride channel that regulates the stomatal aperture. Here, we present the cryoelectron microscopy ...The Arabidopsis thaliana aluminum-activated malate transporter 9 (AtALMT9) functions as a vacuolar chloride channel that regulates the stomatal aperture. Here, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of AtALMT9 in three distinct states. AtALMT9 forms a dimer, and the pore is lined with four positively charged rings. The apo-AtALMT9 state shows a putative endogenous citrate obstructing the pore, where two W120 constriction residues enclose a gate with a pore radius of approximately 1.8 Å, representing an open state. Interestingly, channel closure is solely controlled by W120. Compared to wild-type plants, the W120A mutant exhibits more sensitivity to drought stress and is unable to restore the visual phenotype on leaves upon water recovery, reflecting persistent stomatal opening. Furthermore, notable variations are noted in channel gating and substrate recognition of Glycine max ALMT12, AtALMT9, and AtALMT1. In summary, our investigation enhances comprehension of the interplay between structure and function within the ALMT family. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 90.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 100.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.3 MB 95.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 784.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 784.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60510_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60510_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Dimer of AtALMT9
全体 | 名称: Dimer of AtALMT9 |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimer of AtALMT9
超分子 | 名称: Dimer of AtALMT9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Aluminum-activated malate transporter 9
分子 | 名称: Aluminum-activated malate transporter 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 67.121008 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAAKQGSFRH GILEKRERLL SNNGFSDFRF TDIESNDLLE NENCGRRTRL CCCCSCGNLS EKISGVYDDA KDVARKAWEM GVSDPRKIV FSAKIGLALT IVALLIFYQE PNPDLSRYSV WAILTVVVVF EFTIGATLSK GFNRALGTLS AGGLALGMAE L STLFGDWE ...文字列: MAAKQGSFRH GILEKRERLL SNNGFSDFRF TDIESNDLLE NENCGRRTRL CCCCSCGNLS EKISGVYDDA KDVARKAWEM GVSDPRKIV FSAKIGLALT IVALLIFYQE PNPDLSRYSV WAILTVVVVF EFTIGATLSK GFNRALGTLS AGGLALGMAE L STLFGDWE EIFCTLSIFC IGFLATFMKL YPSMKAYEYG FRVFLLTYCY ILISGFRTGQ FIEVAISRFL LIALGAGVSL GV NMFIYPI WAGEDLHNLV VKNFMNVATS LEGCVNGYLR CLEYERIPSK ILTYQASEDP VYKGYRSAVE STSQEESLMS FAI WEPPHG PYKSFNYPWK NYVKLSGALK HCAFTVMALH GCILSEIQAP EERRQVFRQE LQRVGVEGAK LLRELGEKVK KMEK LGPVD LLFEVHLAAE ELQHKIDKKS YLLVNSECWE IGNRATKESE PQELLSLEDS DPPENHAPPI YAFKSLSEAV LEIPP SWGE KNHREALNHR PTFSKQVSWP ARLVLPPHLE TTNGASPLVE TTKTYESASA LSLATFASLL IEFVARLQNV VDAFKE LSQ KANFKEPEIV TTGTDVEFSG ERVGLGQKIR RCFGM UniProtKB: Aluminum-activated malate transporter 9 |
-分子 #2: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: PX2 |
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分子量 | 理論値: 535.671 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PX2: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 71.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |