[日本語] English
万見
- EMDB-60461: AtALMT9 with LMNG and sterol mimic CHS (sterol2 class) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60461
タイトルAtALMT9 with LMNG and sterol mimic CHS (sterol2 class)
マップデータ
試料
  • 複合体: AtALMT9 with LMNG and sterol mimic CHS
    • タンパク質・ペプチド: Aluminum-activated malate transporter 9
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: D-MALATE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: water
キーワードPlant / Stomata / Vacuole / ALMT / Ion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性malate transport / Aluminum-activated malate transporter / Aluminium activated malate transporter / plant-type vacuole membrane / monoatomic anion channel activity / Aluminum-activated malate transporter 9
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Lee Y / Lee S
資金援助 韓国, 3件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)2022R1A2C100988211 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00223552 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021M3A9I4022936 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for malate-driven, pore lipid-regulated activation of the Arabidopsis vacuolar anion channel ALMT9.
著者: Yeongmok Lee / Elsa Demes-Causse / Jaemin Yoo / Seo Young Jang / Seoyeon Jung / Justyna Jaślan / Geum-Sook Hwang / Jejoong Yoo / Alexis De Angeli / Sangho Lee /
要旨: In plant cells, ALMTs are key plasma and vacuolar membrane-localized anion channels regulating plant responses to the environment. Vacuolar ALMTs control anion accumulation in plant cells and, in ...In plant cells, ALMTs are key plasma and vacuolar membrane-localized anion channels regulating plant responses to the environment. Vacuolar ALMTs control anion accumulation in plant cells and, in guard cells, they regulate stomata aperture. The activation of vacuolar ALMTs depends on voltage and cytosolic malate, but the underlying molecular mechanisms remain elusive. Here we report the cryo-EM structures of ALMT9 from Arabidopsis thaliana (AtALMT9), a malate-activated vacuolar anion channel, in plugged and unplugged lipid-bound states. In all these states, membrane lipids interact with the ion conduction pathway of AtALMT9. We identify two unplugged states presenting two distinct pore width profiles. Combining structural and functional analysis we identified conserved residues involved in ion conduction and in the pore lipid interaction. Molecular dynamics simulations revealed a peculiar anion conduction mechanism in AtALMT9. We propose a voltage-dependent activation mechanism based on the competition between pore lipids and malate at the cytosolic entrance of the channel.
履歴
登録2024年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_60461.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 216 pix.
= 183.6 Å		0.85 Å/pix.
x 216 pix.
= 183.6 Å		0.85 Å/pix.
x 216 pix.
= 183.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.29
最小 - 最大-1.4967973 - 2.239523
平均 (標準偏差)0.0020752128 (±0.06906992)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 183.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60461_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60461_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : AtALMT9 with LMNG and sterol mimic CHS

全体名称: AtALMT9 with LMNG and sterol mimic CHS
要素
  • 複合体: AtALMT9 with LMNG and sterol mimic CHS
    • タンパク質・ペプチド: Aluminum-activated malate transporter 9
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: D-MALATE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: water

-
超分子 #1: AtALMT9 with LMNG and sterol mimic CHS

超分子名称: AtALMT9 with LMNG and sterol mimic CHS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 130 KDa

-
分子 #1: Aluminum-activated malate transporter 9

分子名称: Aluminum-activated malate transporter 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 67.121008 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAKQGSFRH GILEKRERLL SNNGFSDFRF TDIESNDLLE NENCGRRTRL CCCCSCGNLS EKISGVYDDA KDVARKAWEM GVSDPRKIV FSAKIGLALT IVALLIFYQE PNPDLSRYSV WAILTVVVVF EFTIGATLSK GFNRALGTLS AGGLALGMAE L STLFGDWE ...文字列:
MAAKQGSFRH GILEKRERLL SNNGFSDFRF TDIESNDLLE NENCGRRTRL CCCCSCGNLS EKISGVYDDA KDVARKAWEM GVSDPRKIV FSAKIGLALT IVALLIFYQE PNPDLSRYSV WAILTVVVVF EFTIGATLSK GFNRALGTLS AGGLALGMAE L STLFGDWE EIFCTLSIFC IGFLATFMKL YPSMKAYEYG FRVFLLTYCY ILISGFRTGQ FIEVAISRFL LIALGAGVSL GV NMFIYPI WAGEDLHNLV VKNFMNVATS LEGCVNGYLR CLEYERIPSK ILTYQASEDP VYKGYRSAVE STSQEESLMS FAI WEPPHG PYKSFNYPWK NYVKLSGALK HCAFTVMALH GCILSEIQAP EERRQVFRQE LQRVGVEGAK LLRELGEKVK KMEK LGPVD LLFEVHLAAE ELQHKIDKKS YLLVNSECWE IGNRATKESE PQELLSLEDS DPPENHAPPI YAFKSLSEAV LEIPP SWGE KNHREALNHR PTFSKQVSWP ARLVLPPHLE TTNGASPLVE TTKTYESASA LSLATFASLL IEFVARLQNV VDAFKE LSQ KANFKEPEIV TTGTDVEFSG ERVGLGQKIR RCFGM

UniProtKB: Aluminum-activated malate transporter 9

-
分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

-
分子 #3: D-MALATE

分子名称: D-MALATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MLT
分子量理論値: 134.087 Da
Chemical component information

ChemComp-MLT:
D-MALATE / D-りんご酸

-
分子 #4: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

-
分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
0.005 % (w/v)C47H88O22LMNG
0.001 % (w/v)C31H50O4CHS
10.0 mMC4H6O5Malate
グリッドモデル: Au-flat 1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 45 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 2 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 14 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1648820
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 190859
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 詳細: NU-refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 詳細: NU-refinement
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 47847 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8ztg:
AtALMT9 with LMNG and sterol mimic CHS (sterol2 class)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る