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万見
- EMDB-60451: Cryo-EM structure of Hepatitis B virus surface antigen subviral p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60451
タイトルCryo-EM structure of Hepatitis B virus surface antigen subviral particle (ellipsoidal shape with C1 symmetry)
マップデータFrom cryoSPARC reconstruction only job, volume_map_sharp with C1 symmetry.
試料
  • ウイルス: Hepatitis B virus ayw/China/Tibet127/2002 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform S of Large envelope protein
キーワードSurface antigen / Subviral particle / VIRUS LIKE PARTICLE
生物種Hepatitis B virus ayw/China/Tibet127/2002 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.23 Å
データ登録者Wang T / Cao L / Mu A / Wang Q / Rao ZH
資金援助 中国, 7件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)813300237 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971118 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFC0840300 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0707500 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020203 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Inherent symmetry and flexibility in hepatitis B virus subviral particles.
著者: Quan Wang / Tao Wang / Lin Cao / An Mu / Sheng Fu / Peipei Wang / Yan Gao / Wenxin Ji / Zhenyu Liu / Zhanqiang Du / Luke W Guddat / Wenchi Zhang / Shuang Li / Xuemei Li / Zhiyong Lou / ...著者: Quan Wang / Tao Wang / Lin Cao / An Mu / Sheng Fu / Peipei Wang / Yan Gao / Wenxin Ji / Zhenyu Liu / Zhanqiang Du / Luke W Guddat / Wenchi Zhang / Shuang Li / Xuemei Li / Zhiyong Lou / Xiangxi Wang / Zhongyu Hu / Zihe Rao /
要旨: Chronic hepatitis B virus (HBV) infection poses a major global health challenge with massive morbidity and mortality. Despite a preventive vaccine, current treatments provide limited virus clearance, ...Chronic hepatitis B virus (HBV) infection poses a major global health challenge with massive morbidity and mortality. Despite a preventive vaccine, current treatments provide limited virus clearance, necessitating lifelong commitment. The HBV surface antigen (HBsAg) is crucial for diagnosis and prognosis, yet its high-resolution structure and assembly on the virus envelope remain elusive. Utilizing extensive datasets and advanced cryo-electron microscopy analysis, we present structural insights into HBsAg at a near-atomic resolution of 3.7 angstroms. HBsAg homodimers assemble into subviral particles with - and -like quasisymmetry, elucidating the dense-packing rules and structural adaptability of HBsAg. These findings provide insights into how HBsAg assembles into higher-order filaments and interacts with the capsid to form virions.
履歴
登録2024年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60451.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈From cryoSPARC reconstruction only job, volume_map_sharp with C1 symmetry.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.1826171 - 0.39620063
平均 (標準偏差)0.0068995883 (±0.051691078)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60451_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: From cryoSPARC reconstruction only job, volume map halfB.

ファイルemd_60451_half_map_1.map
注釈From cryoSPARC reconstruction only job, volume_map_halfB.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: From cryoSPARC reconstruction only job, volume map halfA.

ファイルemd_60451_half_map_2.map
注釈From cryoSPARC reconstruction only job, volume_map_halfA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis B virus ayw/China/Tibet127/2002

全体名称: Hepatitis B virus ayw/China/Tibet127/2002 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Hepatitis B virus ayw/China/Tibet127/2002 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform S of Large envelope protein

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超分子 #1: Hepatitis B virus ayw/China/Tibet127/2002

超分子名称: Hepatitis B virus ayw/China/Tibet127/2002 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 489469 / 生物種: Hepatitis B virus ayw/China/Tibet127/2002 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Isoform S of Large envelope protein

分子名称: Isoform S of Large envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus ayw/China/Tibet127/2002 (ウイルス)
株: isolate China/Tibet127/2002
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MENITSGFLG PLLVLQAGFF LLTRILTIPQ SLDSWWTSLN FLGGTTVCLG QNSQSPISNH SPTSCPPTCP GYRWMCLRRF IIFLFILLLC LIFLLVLLDY QGMLPVCPLI PGSSTTSTGP CRTCTTPAQG TSMYPSCCCT KPSDGNCTCI PIPSSWAFGK FLWEWASARF ...文字列:
MENITSGFLG PLLVLQAGFF LLTRILTIPQ SLDSWWTSLN FLGGTTVCLG QNSQSPISNH SPTSCPPTCP GYRWMCLRRF IIFLFILLLC LIFLLVLLDY QGMLPVCPLI PGSSTTSTGP CRTCTTPAQG TSMYPSCCCT KPSDGNCTCI PIPSSWAFGK FLWEWASARF SWLSLLVPFV QWFVGLSPTV WLSVIWMMWY WGPSLYSILS PFLPLLPIFF CLWVYI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 50 / 実像数: 157206 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10324877
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / 使用した粒子像数: 232060
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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