[日本語] English
万見
- EMDB-6044: Ribosome conformation along minimum free-energy trajectory -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6044
タイトルRibosome conformation along minimum free-energy trajectory
マップデータConformation of yeast ribosome
試料
  • 試料: Yeast 80S ribosome
  • 複合体: 80S ribosome
キーワードTranslocation / energy landscape / conformations / Brownian machine
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Dashti A / Schwander P / Langlois R / Fung R / Li W / Hosseinizadeh A / Liao HY / Pallesen J / Sharma G / Stupina VA ...Dashti A / Schwander P / Langlois R / Fung R / Li W / Hosseinizadeh A / Liao HY / Pallesen J / Sharma G / Stupina VA / Simon AE / Dinman J / Frank J / Ourmazd A
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Trajectories of the ribosome as a Brownian nanomachine.
著者: Ali Dashti / Peter Schwander / Robert Langlois / Russell Fung / Wen Li / Ahmad Hosseinizadeh / Hstau Y Liao / Jesper Pallesen / Gyanesh Sharma / Vera A Stupina / Anne E Simon / Jonathan D ...著者: Ali Dashti / Peter Schwander / Robert Langlois / Russell Fung / Wen Li / Ahmad Hosseinizadeh / Hstau Y Liao / Jesper Pallesen / Gyanesh Sharma / Vera A Stupina / Anne E Simon / Jonathan D Dinman / Joachim Frank / Abbas Ourmazd /
要旨: A Brownian machine, a tiny device buffeted by the random motions of molecules in the environment, is capable of exploiting these thermal motions for many of the conformational changes in its work ...A Brownian machine, a tiny device buffeted by the random motions of molecules in the environment, is capable of exploiting these thermal motions for many of the conformational changes in its work cycle. Such machines are now thought to be ubiquitous, with the ribosome, a molecular machine responsible for protein synthesis, increasingly regarded as prototypical. Here we present a new analytical approach capable of determining the free-energy landscape and the continuous trajectories of molecular machines from a large number of snapshots obtained by cryogenic electron microscopy. We demonstrate this approach in the context of experimental cryogenic electron microscope images of a large ensemble of nontranslating ribosomes purified from yeast cells. The free-energy landscape is seen to contain a closed path of low energy, along which the ribosome exhibits conformational changes known to be associated with the elongation cycle. Our approach allows model-free quantitative analysis of the degrees of freedom and the energy landscape underlying continuous conformational changes in nanomachines, including those important for biological function.
履歴
登録2014年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月8日-
マップ公開2014年10月8日-
更新2015年5月27日-
現状2015年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6044.gif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Conformation of yeast ribosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 17.0 / ムービー #1: 17
最小 - 最大-59.835098270000003 - 113.681358340000003
平均 (標準偏差)5.43819237 (±11.54793358)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ125125125
Spacing125125125
セルA=B=C: 375.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z125125125
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z375.000375.000375.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS125125125
D min/max/mean-59.835113.6815.438

-
添付データ

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 1.map

ファイルemd_6044_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 10.map

ファイルemd_6044_additional_10.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 11.map

ファイルemd_6044_additional_11.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 12.map

ファイルemd_6044_additional_12.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 13.map

ファイルemd_6044_additional_13.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 14.map

ファイルemd_6044_additional_14.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 15.map

ファイルemd_6044_additional_15.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 16.map

ファイルemd_6044_additional_16.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 17.map

ファイルemd_6044_additional_17.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 18.map

ファイルemd_6044_additional_18.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 19.map

ファイルemd_6044_additional_19.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 2.map

ファイルemd_6044_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 20.map

ファイルemd_6044_additional_20.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 21.map

ファイルemd_6044_additional_21.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 22.map

ファイルemd_6044_additional_22.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 23.map

ファイルemd_6044_additional_23.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 24.map

ファイルemd_6044_additional_24.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 25.map

ファイルemd_6044_additional_25.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 26.map

ファイルemd_6044_additional_26.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 27.map

ファイルemd_6044_additional_27.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 28.map

ファイルemd_6044_additional_28.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 29.map

ファイルemd_6044_additional_29.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 3.map

ファイルemd_6044_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 30.map

ファイルemd_6044_additional_30.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 31.map

ファイルemd_6044_additional_31.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 32.map

ファイルemd_6044_additional_32.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 33.map

ファイルemd_6044_additional_33.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 34.map

ファイルemd_6044_additional_34.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 35.map

ファイルemd_6044_additional_35.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 36.map

ファイルemd_6044_additional_36.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 37.map

ファイルemd_6044_additional_37.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 38.map

ファイルemd_6044_additional_38.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 39.map

ファイルemd_6044_additional_39.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 4.map

ファイルemd_6044_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 40.map

ファイルemd_6044_additional_40.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 41.map

ファイルemd_6044_additional_41.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 42.map

ファイルemd_6044_additional_42.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 43.map

ファイルemd_6044_additional_43.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 44.map

ファイルemd_6044_additional_44.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 45.map

ファイルemd_6044_additional_45.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 46.map

ファイルemd_6044_additional_46.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 47.map

ファイルemd_6044_additional_47.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 48.map

ファイルemd_6044_additional_48.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 49.map

ファイルemd_6044_additional_49.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 5.map

ファイルemd_6044_additional_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 6.map

ファイルemd_6044_additional_6.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 7.map

ファイルemd_6044_additional_7.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 8.map

ファイルemd_6044_additional_8.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 6044 additional 9.map

ファイルemd_6044_additional_9.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Yeast 80S ribosome

全体名称: Yeast 80S ribosome
要素
  • 試料: Yeast 80S ribosome
  • 複合体: 80S ribosome

-
超分子 #1000: Yeast 80S ribosome

超分子名称: Yeast 80S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

-
超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

グリッド詳細: carbon-coated Quantifoil 2/4 grid (Quantifoil Micro Tools GmbH, Jena, Germany)
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK I

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2010年1月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 849914

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る