EMDB-60428: C1 half of the central apparatus in mouse sperm axoneme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-60428

タイトル

C1 half of the central apparatus in mouse sperm axoneme

マップデータ

試料

細胞: mouse sperm

キーワード

microtubules / axoneme / sperm / filament / PROTEIN TRANSPORT

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å

データ登録者

Zhu Y / Yin GL / Tai LH / Sun F

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the native central apparatus in mouse sperm axoneme
著者: Zhu Y / Yin GL / Tai LH / Sun F

履歴

登録	2024年6月5日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年6月4日	-
マップ公開	2025年6月4日	-
更新	2025年6月4日	-
現状	2025年6月4日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_60428.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_60428.map.gz	59.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-60428-v30.xml emd-60428.xml	12.9 KB 12.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_60428_fsc.xml	9.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_60428.png	165.3 KB
マスクデータ	emd_60428_msk_1.map	64 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-60428.cif.gz	3.9 KB
その他	emd_60428_half_map_1.map.gz emd_60428_half_map_2.map.gz	58.3 MB 58.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60428 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60428	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	60429C 60430C 60431C 60432C 60436C 60446C 60448C 60449C 60454C 60455C 60456C 60597C 60633C 9ijjC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_60428.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2.64 Å/pix. x 256 pix. = 675.84 Å	2.64 Å/pix. x 256 pix. = 675.84 Å	2.64 Å/pix. x 256 pix. = 675.84 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2.64 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.005
最小 - 最大	-0.0074703842 - 0.018154088
平均 (標準偏差)	0.00073153334 (±0.0029621674)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_60428_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_60428_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_60428_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : mouse sperm

全体	名称: mouse sperm
要素	細胞: mouse sperm

-
超分子 #1: mouse sperm

超分子	名称: mouse sperm / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 3.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 19000
抽出	トモグラム数: 1889 / 使用した粒子像数: 105000
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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