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- EMDB-60401: Structure of nico -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60401
タイトルStructure of nico
マップデータ
試料
  • 複合体: a6b4
    • タンパク質・ペプチド: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-6
    • タンパク質・ペプチド: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE
  • リガンド: water
キーワードnico-bound / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic transmission involved in micturition / positive regulation of transmission of nerve impulse / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / cholinergic synapse / acetylcholine-gated channel complex / regulation of neurotransmitter secretion / regulation of smooth muscle contraction ...synaptic transmission involved in micturition / positive regulation of transmission of nerve impulse / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / cholinergic synapse / acetylcholine-gated channel complex / regulation of neurotransmitter secretion / regulation of smooth muscle contraction / neuromuscular synaptic transmission / dopaminergic synapse / behavioral response to nicotine / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine receptor signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of dopamine secretion / tertiary granule membrane / membrane depolarization / smooth muscle contraction / neuronal action potential / specific granule membrane / monoatomic ion transport / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / response to nicotine / electron transport chain / presynaptic membrane / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / iron ion binding / synapse / heme binding / Neutrophil degranulation / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor ...Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Su J / Yu Z / Zhao Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular insights into the α6β4 nicotinic acetylcholine receptor function and ligand recognition.
著者: Jiawei Su / Zhuoya Yu / Zhengji Yin / Zixuan Zhang / Jun Zhao / Yufei Meng / Renjie Li / Yiwei Gao / Hongwei Zhang / Rilei Yu / Yan Zhao /
要旨: The α6β4 nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) is found in the sensory neurons of dorsal root ganglia. It is a promising therapeutic target for pain. However, the difficultly of heterologous ...The α6β4 nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) is found in the sensory neurons of dorsal root ganglia. It is a promising therapeutic target for pain. However, the difficultly of heterologous functional expression of α6β4 receptor has hindered the discovery of drugs that target it. Here, we functionally express the human α6β4 receptor and determine the cryo-EM structures of α6β4 receptor in complex with its agonists, nicotine and the preclinical drug tebanicline. These structures were captured in non-conducting desensitized states. We elucidate that the stoichiometry of α- and β- subunits in the α6β4 receptor is 2α6:3β4. Furthermore, we identify the binding pockets for nicotine and tebanicline, demonstrating the essential residues contributing to ligand affinity and providing detailed molecular insights into why these agonists have different binding affinities despite both occupying the orthosteric site of the α6β4 receptor. These structures offer significant molecular insight into the function and ligand recognition of α6β4 receptor.
履歴
登録2024年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.5578362 - 0.7943926
平均 (標準偏差)-0.00024053572 (±0.0187542)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 340.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60401_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60401_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60401_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : a6b4

全体名称: a6b4
要素
  • 複合体: a6b4
    • タンパク質・ペプチド: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-6
    • タンパク質・ペプチド: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE
  • リガンド: water

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超分子 #1: a6b4

超分子名称: a6b4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-6

分子名称: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.995445 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLTSKGQGFL HGGLCLWLCV FTPFFKGCVG CATEERLFHK LFSHYNQFIR PVENVSDPVT VHFEVAITQL ANVDEVNQIM ETNLWLRHI WNDYKLRWDP MEYDGIETLR VPADKIWKPD IVLYNNAVGD FQVEGKTKAL LKYNGMITWT PPAIFKSSCP M DITFFPFD ...文字列:
MLTSKGQGFL HGGLCLWLCV FTPFFKGCVG CATEERLFHK LFSHYNQFIR PVENVSDPVT VHFEVAITQL ANVDEVNQIM ETNLWLRHI WNDYKLRWDP MEYDGIETLR VPADKIWKPD IVLYNNAVGD FQVEGKTKAL LKYNGMITWT PPAIFKSSCP M DITFFPFD HQNCSLKFGS WTYDKAEIDL LIIGSKVDMN DFWENSEWEI IDASGYKHDI KYNCCEEIYT DITYSFYIRR LP MFYTINL IIPCLFISFL TVLVFYLPSD CGEKVTLCIS VLLSLTVFLL VITETIPSTS LVVPLVGEYL LFTMIFVTLS IVV TVFVLN IHYRTPTTHT MPRWVKTVFL KLLPQVLLMR WPLDKTRGTG SDAVPRGLGS GSLEVLFQGP GGSGSGSLEV LFQG PGGSL QWVVENSEHS PELADILNEV QYIANRFRSQ NETKEVEDDW KYVAMVVDRV FLWVFIIVCV FGTAGLFLQP LLGNT GKSS ASASASASAH HHHHHHH

UniProtKB: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-6, Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-6

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分子 #2: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4,Soluble cytochrome b562

分子名称: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.732094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRRAPSLVLF FLVALCGRGN CRVANAEEKL MDDLLNKTRY NNLIRPATSS SQLISIKLQL SLAQLISVNE REQIMTTNVW LKQEWTDYR LTWNSSRYEG VNILRIPAKR IWLPDIVLYN NADGTYEVSV YTNLIVRSNG SVLWLPPAIY KSACKIEVKY F PFDQQNCT ...文字列:
MRRAPSLVLF FLVALCGRGN CRVANAEEKL MDDLLNKTRY NNLIRPATSS SQLISIKLQL SLAQLISVNE REQIMTTNVW LKQEWTDYR LTWNSSRYEG VNILRIPAKR IWLPDIVLYN NADGTYEVSV YTNLIVRSNG SVLWLPPAIY KSACKIEVKY F PFDQQNCT LKFRSWTYDH TEIDMVLMTP TASMDDFTPS GEWDIVALPG RRTVNPQDPS YVDVTYDFII KRKPLFYTIN LI IPCVLTT LLAILVFYLP SDCGEKMTLC ISVLLALTFF LLLISKIVPP TSLDVPLIGK YLMFTMVLVT FSIVTSVCVL NVH HRSPST HTMAPWVKRC FLHKLPTFLF MKRPGPDSSP ARAFGSGSLE VLFQGPGGSA DLEDNWETLN DNLKVIEKAD NAAQ VKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLAN EGKVKEAQAA AEQLKTTRNA YIQKY LGSG SLEVLFQGPG GSPAGSTPVA IPRDFWLRSS GRFRPDLAEI LEEVSYIANR FRNQDEDQSV VEDWKYVAMV VDRLFL WVF MFVCVLGTVG LFLPPLFQTH AASEGPYAAQ RDSASASASA SAWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK

UniProtKB: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4, Soluble cytochrome b562, Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4

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分子 #4: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE

分子名称: (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NCT
分子量理論値: 162.232 Da
Chemical component information

ChemComp-NCT:
(S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / 3-[(1R)-1β-メチルピロリジン-2α-イル]ピリジン / alkaloid*YM

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40331
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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