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- EMDB-60320: Cryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60320
タイトルCryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 6種
キーワードMetyltetraprole / Inhibitor / Complex / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / thalamus development / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / thalamus development / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / midbrain development / hypothalamus development / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hippocampus development / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Wang YX / Sun JY / Cui GR / Yang GF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM Structures Reveal the Unique Binding Modes of Metyltetraprole in Yeast and Porcine Cytochrome Complex Enabling Rational Design of Inhibitors.
著者: Yu-Xia Wang / Ying Ye / Zhi-Wen Li / Guang-Rui Cui / Xing-Xing Shi / Ying Dong / Jia-Jia Jiang / Jia-Yue Sun / Ze-Wei Guan / Nan Zhang / Qiong-You Wu / Fan Wang / Xiao-Lei Zhu / Guang-Fu Yang /
要旨: Cytochrome (complex III) represents a significant target for the discovery of both drugs and fungicides. Metyltetraprole (MET) is commonly classified as a quinone site inhibitor (QI) that combats ...Cytochrome (complex III) represents a significant target for the discovery of both drugs and fungicides. Metyltetraprole (MET) is commonly classified as a quinone site inhibitor (QI) that combats the G143A mutated isolate, which confers high resistance to strobilurin fungicides such as pyraclostrobin (PYR). The binding mode and antiresistance mechanism of MET remain unclear. Here, we determined the high-resolution structures of inhibitor-bound complex III (MET, 2.52 Å; PYR, 2.42 Å) and inhibitor-bound porcine complex III (MET, 2.53 Å; PYR, 2,37 Å) by cryo-electron microscopy. The distinct binding modes of MET and PYR were observed for the first time. Notably, the MET exhibited different binding modes in the two species. In , the binding site of MET was the same as PYR, serving as a -type inhibitor of the Q site. However, in porcine, MET acted as a dual-target inhibitor of both Q and Q. Based on the structural insights, a novel inhibitor (YF23694) was discovered and demonstrated excellent fungicidal activity against downy mildew and powdery mildew fungi. This work provides a new starting point for the design of the next generation of inhibitors to overcome the resistance.
履歴
登録2024年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2024年12月25日-
現状2024年12月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60320.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 300 pix.
= 288. Å		0.96 Å/pix.
x 300 pix.
= 288. Å		0.96 Å/pix.
x 300 pix.
= 288. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.798
最小 - 最大-5.3669434 - 8.863431
平均 (標準偏差)-0.0002567069 (±0.22286887)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 288.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60320_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60320_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex

全体名称: Cryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Complex III subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
  • リガンド: 1-[2-[[1-(4-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]oxymethyl]-3-methyl-phenyl]-4-methyl-1,2,3,4-tetrazol-5-one
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex

超分子名称: Cryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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分子 #1: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 42.70952 KDa
配列文字列: TNIRKSHPLM KIINNAFIDL PAPSNISSWW NFGSLLGICL ILQILTGLFL AMHYTSDTTT AFSSVTHICR DVNYGWVIRY LHANGASMF FICLFIHVGR GLYYGSYMFL ETWNIGVVLL FTVMATAFMG YVLPWGQMSF WGATVITNLL SAIPYIGTDL V EWIWGGFS ...文字列:
TNIRKSHPLM KIINNAFIDL PAPSNISSWW NFGSLLGICL ILQILTGLFL AMHYTSDTTT AFSSVTHICR DVNYGWVIRY LHANGASMF FICLFIHVGR GLYYGSYMFL ETWNIGVVLL FTVMATAFMG YVLPWGQMSF WGATVITNLL SAIPYIGTDL V EWIWGGFS VDKATLTRFF AFHFILPFII TALAAVHLLF LHETGSNNPT GISSDMDKIP FHPYYTIKDI LGALFMMLIL LI LVLFSPD LLGDPDNYTP ANPLNTPPHI KPEWYFLFAY AILRSIPNKL GGVLALVASI LILILMPMLH TSKQRSMMFR PLS QCLFWM LVADLITLTW IGGQPVEHPF IIIGQLASIL YFLIILVLMP ITSIIENNLL KW

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #2: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 27.373357 KDa
配列文字列: TDLELHAPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEEE AKALAEEVEV QDGPNEDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIA M APPIYNEV ...文字列:
TDLELHAPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEEE AKALAEEVEV QDGPNEDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIA M APPIYNEV LEFDDGTPAT MSQVAKDVCT FLRWASEPEH DHRKRMGLKM LMMMGLLLPL VYAMKRHKWS VLKSRKLAYR PP K

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

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分子 #3: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 21.610492 KDa
配列文字列: SHTDIRVPDF SDYRRAEVLD STKSSKESSD ARKGFSYLIT ATTTVGVAYA AKNAVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS ...文字列:
SHTDIRVPDF SDYRRAEVLD STKSSKESSD ARKGFSYLIT ATTTVGVAYA AKNAVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS GRIRKGPAPL NLEVPTYEFT SDDLVIVG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

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分子 #4: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 49.270133 KDa
配列文字列: TATYAQALQS VPETQVSQLD NGLRVASEQS SQPTCTVGVW IDAGSRYENE KNNGAGYFVE HLAFKGTKNR PGSALEKEVE SMGAHLNAY STREHTAYYI KALSKDLPKA VELLADIVQN CSLEDSQIEK ERDVILQELQ ENDSSMRDVV FDYLHATAFQ G TPLAQSVE ...文字列:
TATYAQALQS VPETQVSQLD NGLRVASEQS SQPTCTVGVW IDAGSRYENE KNNGAGYFVE HLAFKGTKNR PGSALEKEVE SMGAHLNAY STREHTAYYI KALSKDLPKA VELLADIVQN CSLEDSQIEK ERDVILQELQ ENDSSMRDVV FDYLHATAFQ G TPLAQSVE GPSENVRKLS RADLTEYVSQ HYKAPRMVLA AAGGVEHRQL LDLAQKHFSS LSGTYVEDAV PAFTPCRFTG SE IRHRDDA LPLAHVAIAV EGPGWANPDN VPLQVANAII GHYDSTYGGG THMSSTLASV AATRKLCQSF QTFNICYAET GLL GAHFVC DNMSIDDMMF FLQGQWMRLC TSATESEVVR GKNILRNALV SHLDGTTPVC EDIGRSLLTY GRRIPLAEWE SRIA EVDAS VVREVCSKYF YDQCPAVAGL GPIEQLPDYN RIRSGMFWLR F

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 44.616098 KDa
配列文字列: PQDLEFTRLP NGLVIASLEN YAPASRIGLF IKAGSRYEDS NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGIE AVGGKLSVTS TRESMAYTV ECLRDDIEIL MEFLLNVTAA PEFRRWEVAA LQSQLRIDKA VAFQNPQAQV LENLHAAAYR NALANSLYCP D YRIGKVTP ...文字列:
PQDLEFTRLP NGLVIASLEN YAPASRIGLF IKAGSRYEDS NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGIE AVGGKLSVTS TRESMAYTV ECLRDDIEIL MEFLLNVTAA PEFRRWEVAA LQSQLRIDKA VAFQNPQAQV LENLHAAAYR NALANSLYCP D YRIGKVTP DQLHYYVQNH FTSARMALIG LGVSHPVLKQ VAERFLNMRG GLGLSGAKAK YRGGEIRDQN GDSLVHAALV AE SAATGSA EANAFSVLQH VLGAGPHVKR GSNATSSLYQ AVAKGVHQPF DVSAFNASYS DSGLFGIYTI SQAASAGDVI KSA YDQVKA IAQGNLSNTD VQAAKNKLKA GYLMSVESSE GFLDEVGSQA LVAGSYMQPS TVLQQIDSVA DADVINAAKK FVSG RKSMA ASGNLGHTPF VDE

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.592541 KDa
配列文字列:
DPLTTVREQC EQIEKCIKAR ERLELCDQRV SSRSQTEEDC TEELFDFLHA RDHCVAHKLF NSLK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.043888 KDa
配列文字列:
AVAASSKWLE GIRKWYYNAA GFNKLGLMRD DTIYEDDDVK EAIRRLPENL YNDRVFRIKR ALDLTMRQQI LPKEQWTKYE EDKFYLEPY LKEVIRERKE REEWAKK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 9.408876 KDa
配列文字列:
GREFGHLTRM RHVITYSLSP FEQRAFPHYF TKGIPNVLRR TRACILRVAP PFVVFYLVYT WGTQEFEKSK RKNPAAYEN

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #9: Complex III subunit 9

分子名称: Complex III subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.15222 KDa
配列文字列:
AAPTLTARLY SLLFRRTSTF ALTIAVGALF FERAFDQGAD AIYEHINQGK LWKHIKHKYE NK

UniProtKB: Complex III subunit 9

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 6.058093 KDa
配列文字列:
MLSRFLGPRY RELARNWIPT ASMWGAVGAV GLVWATDWRL ILDWVPYING KF

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

+
分子 #11: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 5.790676 KDa
配列文字列:
MLSVASRSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QAALPATSES PVLDAKRSFL CRESLSG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #12: 1-[2-[[1-(4-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]oxymethyl]-3-methyl-phenyl]...

分子名称: 1-[2-[[1-(4-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]oxymethyl]-3-methyl-phenyl]-4-methyl-1,2,3,4-tetrazol-5-one
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: A1D6P
分子量理論値: 396.83 Da

+
分子 #13: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #14: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #15: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #16: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #17: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.72 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 411418
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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