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- EMDB-60281: CD73 bound with HB0045 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60281
タイトルCD73 bound with HB0045
マップデータ
試料
  • 複合体: CD73 complexed with HB0017 antibody coaktail
    • タンパク質・ペプチド: 5'-nucleotidase
    • タンパク質・ペプチド: HB0038 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: HB0038 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: HB0039 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: HB0039 Fab light chain
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードCD73 / complex / antibody coaktail / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / : / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / ATP metabolic process / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Xu J / Wan L / He Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: An antibody cocktail targeting two different CD73 epitopes enhances enzyme inhibition and tumor control.
著者: Jin-Gen Xu / Shi Chen / Yang He / Xi Zhu / Yanting Wang / Zhifeng Ye / Jin Chuan Zhou / Xuanhui Wu / Lei Zhang / Xiaochen Ren / Huifeng Jia / Haijia Yu / Xiaoyue Wei / Yujie Feng / Xiaofang ...著者: Jin-Gen Xu / Shi Chen / Yang He / Xi Zhu / Yanting Wang / Zhifeng Ye / Jin Chuan Zhou / Xuanhui Wu / Lei Zhang / Xiaochen Ren / Huifeng Jia / Haijia Yu / Xiaoyue Wei / Yujie Feng / Xiaofang Chen / Xiaopei Cui / Xianfei Pan / Shaojie Wang / Simin Xia / Hongjie Shang / Yueqing Pu / Wei Xu / Haidong Li / Qian Chen / Zeyu Chen / Manfu Wang / Xiaodong Yan / Hui Shi / Mingwei Li / Yisui Xia / Roberto Bellelli / Shunli Dong / Jun He / Jun Huang / Chen-Leng Cai / Xiangyang Zhu / Yifan Zhan / Li Wan /
要旨: CD73, an ectoenzyme responsible for adenosine production, is often elevated in immuno-suppressive tumor environments. Inhibition of CD73 activity holds great promise as a therapeutic strategy for ...CD73, an ectoenzyme responsible for adenosine production, is often elevated in immuno-suppressive tumor environments. Inhibition of CD73 activity holds great promise as a therapeutic strategy for CD73-expressing cancers. In this study, we have developed a therapeutic anti-human CD73 antibody cocktail, HB0045. HB0045 is a 1:1 mixture of two humanized monoclonal IgG1 antibodies (mAbs), HB0038 and HB0039. The cocktail not only harnesses the advantages of its parental mAbs in enzyme inhibition but also shows a significantly greater capability of promoting T cell proliferation in vitro. Structural analyses show that HB0045 effectively locks the CD73 dimer in a "partially open" non-active conformation through a double lock mechanism. In various animal models of syngeneic and xenograft tumors, HB0045 inhibits tumor growth more potently than the single mAbs. Collectively, our findings provide functional and structural insights into the mechanism of a CD73-targeting antibody cocktail.
履歴
登録2024年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60281.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 433.152 Å		0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 433.152 Å		0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 433.152 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.846 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.134
最小 - 最大-0.7935505 - 1.2509128
平均 (標準偏差)-0.00054605585 (±0.022542188)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 433.152 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60281_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60281_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60281_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CD73 complexed with HB0017 antibody coaktail

全体名称: CD73 complexed with HB0017 antibody coaktail
要素
  • 複合体: CD73 complexed with HB0017 antibody coaktail
    • タンパク質・ペプチド: 5'-nucleotidase
    • タンパク質・ペプチド: HB0038 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: HB0038 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: HB0039 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: HB0039 Fab light chain
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: CD73 complexed with HB0017 antibody coaktail

超分子名称: CD73 complexed with HB0017 antibody coaktail / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 0.63 kDa/nm

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分子 #1: 5'-nucleotidase

分子名称: 5'-nucleotidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: thymidylate 5'-phosphatase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.155199 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AWELTILHTN DVHSRLEQTS EDSSKCVNAS RCMGGVARLF TKVQQIRRAE PNVLLLDAGD QYQGTIWFTV YKGAEVAHFM NALRYDAMA LGNHEFDNGV EGLIEPLLKE AKFPILSANI KAKGPLASQI SGLYLPYKVL PVGDEVVGIV GYTSKETPFL S NPGTNLVF ...文字列:
AWELTILHTN DVHSRLEQTS EDSSKCVNAS RCMGGVARLF TKVQQIRRAE PNVLLLDAGD QYQGTIWFTV YKGAEVAHFM NALRYDAMA LGNHEFDNGV EGLIEPLLKE AKFPILSANI KAKGPLASQI SGLYLPYKVL PVGDEVVGIV GYTSKETPFL S NPGTNLVF EDEITALQPE VDKLKTLNVN KIIALGHSGF EMDKLIAQKV RGVDVVVGGH SNTFLYTGNP PSKEVPAGKY PF IVTSDDG RKVPVVQAYA FGKYLGYLKI EFDERGNVIS SHGNPILLNS SIPEDPSIKA DINKWRIKLD NYSTQELGKT IVY LDGSSQ SCRFRECNMG NLICDAMINN NLRHTDEMFW NHVSMCILNG GGIRSPIDER NNGTITWENL AAVLPFGGTF DLVQ LKGST LKKAFEHSVH RYGQSTGEFL QVGGIHVVYD LSRKPGDRVV KLDVLCTKCR VPSYDPLKMD EVYKVILPNF LANGG DGFQ MIKDELLRHD SGDQDINVVS TYISKMKVIY PAVEGRIKFS

UniProtKB: 5'-nucleotidase

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分子 #2: HB0038 Fab light chain

分子名称: HB0038 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.32049 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQDVG TAEAWYQQKP GKAPKLLIYW ASTRHTGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYSSYPLTFG QGTKL

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分子 #3: HB0038 Fab heavy chain

分子名称: HB0038 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.596152 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFS KYAMSWIRQA PGKGLEWVAE ISSGGGYINY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTAVYYCARA IYYYGSSYNY YAMDYWGQGT TVTVS

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分子 #4: HB0039 Fab heavy chain

分子名称: HB0039 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.236699 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKL SCKASGYTFT SYWIHWVRQA PGQGLEWIGM IHPNSGSTYY NEKFKGRATL TVDKSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCARY YGSDYEWYFD VWGQGTTV

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分子 #5: HB0039 Fab light chain

分子名称: HB0039 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.338706 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
IQMTQSPSSM SASVGDRVTI TCKASQNVRT AVVWYQQKPG KAPKALIYLA SNRHTGVPDR FSGSGSGTDF TLTISSLQPE DFATYFCLQ HWNYPYTFGQ GTKL

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #8: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6tvg


詳細: CD73 model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62605
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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