EMDB-60251: mouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle with YN9303-24 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-60251

タイトル

mouse TMEM63b in LMNG-CHS micelle with YN9303-24 Fab

マップデータ

full map

試料

複合体: mouse TMEM63B

キーワード

Scramblase / LIPID TRANSPORT

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å

データ登録者

Miyata Y / Takahashi K / Lee Y / Sultan CS / Kuribayashi R / Takahashi M / Hata K / Bamba T / Izumi Y / Liu K ...

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanosensitive channel TMEM63B functions as a plasma membrane lipid scramblase
著者: Miyata Y / Takahashi K / Lee Y / Sultan CS / Kuribayashi R / Takahashi M / Hata K / Bamba T / Izumi Y / Liu K / Uemura T / Nomura N / Iwata S / Nagata S / Nishizawa T / Segawa K

履歴

登録	2024年5月23日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年5月28日	-
マップ公開	2025年5月28日	-
更新	2025年5月28日	-
現状	2025年5月28日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_60251.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_60251.map.gz	4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-60251-v30.xml emd-60251.xml	17.1 KB 17.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_60251_fsc.xml	4.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_60251.png	78 KB
マスクデータ	emd_60251_msk_1.map emd_60251_msk_2.map	8 MB 8 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-60251.cif.gz	4.7 KB
その他	emd_60251_half_map_1.map.gz emd_60251_half_map_2.map.gz	7.4 MB 7.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60251 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60251	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	37501C 37502C 60252C 8wg3C 8wg4C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_60251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

full map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.66 Å/pix. x 128 pix. = 212.48 Å	1.66 Å/pix. x 128 pix. = 212.48 Å	1.66 Å/pix. x 128 pix. = 212.48 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.66 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.221
最小 - 最大	-0.5465773 - 1.0601434
平均 (標準偏差)	0.0031266783 (±0.033206873)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_60251_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイル

emd_60251_msk_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halmap 2

ファイル

emd_60251_half_map_1.map

注釈

halmap_2

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halmap 1

ファイル

emd_60251_half_map_2.map

注釈

halmap_1

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : mouse TMEM63B

全体	名称: mouse TMEM63B
要素	複合体: mouse TMEM63B

-
超分子 #1: mouse TMEM63B

超分子	名称: mouse TMEM63B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量	理論値: 100 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	2D array

-
試料調製

濃度	5 mg/mL
緩衝液	pH: 8
グリッド	モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ	ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 408554
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: twi9 Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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