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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6022 | |||||||||
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タイトル | Conformational Spectrum of Multidrug ABC Transporters Revealed by Single Particle Electron Microscopy | |||||||||
![]() | P-gp in inward-facing conformation | |||||||||
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![]() | ABC transporter / P-gp / MsbA | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
![]() | Moeller A / Chang Lee S / Tao H / Speir S / Chang G / Urbatsch IL / Potter CS / Carragher B / Zhang Q | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Distinct conformational spectrum of homologous multidrug ABC transporters. 著者: Arne Moeller / Sung Chang Lee / Houchao Tao / Jeffrey A Speir / Geoffrey Chang / Ina L Urbatsch / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Qinghai Zhang / ![]() 要旨: ATP-binding cassette (ABC) exporters are ubiquitously found in all kingdoms of life and their members play significant roles in mediating drug pharmacokinetics and multidrug resistance in the clinic. ...ATP-binding cassette (ABC) exporters are ubiquitously found in all kingdoms of life and their members play significant roles in mediating drug pharmacokinetics and multidrug resistance in the clinic. Significant questions and controversies remain regarding the relevance of their conformations observed in X-ray structures, their structural dynamics, and mechanism of transport. Here, we used single particle electron microscopy (EM) to delineate the entire conformational spectrum of two homologous ABC exporters (bacterial MsbA and mammalian P-glycoprotein) and the influence of nucleotide and substrate binding. Newly developed amphiphiles in complex with lipids that support high protein stability and activity enabled EM visualization of individual complexes in a membrane-mimicking environment. The data provide a comprehensive view of the conformational flexibility of these ABC exporters under various states and demonstrate not only similarities but striking differences between their mechanistic and energetic regulation of conformational changes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 91.8 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 672.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6007C ![]() 6018C ![]() 6019C ![]() 6020C ![]() 6021C ![]() 6023C ![]() 6024C ![]() 6025C ![]() 6026C ![]() 6027C ![]() 6028C ![]() 6029C ![]() 6030C ![]() 6031C ![]() 6032C ![]() 6033C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | P-gp in inward-facing conformation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.455 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Pgp_m stabilised in lipid/amphiphilic environment - inward-facing...
全体 | 名称: Pgp_m stabilised in lipid/amphiphilic environment - inward-facing 5.5 nm opening |
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要素 |
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-超分子 #1000: Pgp_m stabilised in lipid/amphiphilic environment - inward-facing...
超分子 | 名称: Pgp_m stabilised in lipid/amphiphilic environment - inward-facing 5.5 nm opening タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 140 KDa |
-分子 #1: P-glycoprotein
分子 | 名称: P-glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: P-gp, Pgp, MDR1A / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 140 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: uranyl formate |
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グリッド | 詳細: thin carbon over holes |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2014年8月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 456 / 平均電子線量: 45 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | RCT reconstruction |
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CTF補正 | 詳細: whole micrograph - unitilted images |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Appion, Spider, Sparx, Eman2 / 使用した粒子像数: 113 |