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万見
- EMDB-60165: Cryo-EM structure of photosynthetic LH1-RC core complex of Roseos... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60165
タイトルCryo-EM structure of photosynthetic LH1-RC core complex of Roseospirillum parvum
マップデータ
試料
  • 複合体: LH1-RC core complex
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 10種
キーワードLH1-RC core complex / ROSEOSPIRILLUM PARVUM 930I / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / endomembrane system / electron transfer activity ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / endomembrane system / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / : / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosynthetic reaction center H subunit / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Alpha subunit of light-harvesting 1 complex / Beta subunit of light-harvesting 1 complex
類似検索 - 構成要素
生物種Roseospirillum parvum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Wang G-L / Wang X-P / Yu L-J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Insights into the divergence of the photosynthetic LH1 complex obtained from structural analysis of the unusual photocomplexes of Roseospirillum parvum.
著者: Xiang-Ping Wang / Guang-Lei Wang / Yuan Fu / Akane Minamino / Mei-Juan Zou / Fei Ma / Bo Xu / Zheng-Yu Wang-Otomo / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Jörg Overmann / Long-Jiang Yu /
要旨: Purple phototrophic bacteria produce two kinds of light-harvesting complexes that function to capture and transmit solar energy: the core antenna (LH1) and the peripheral antenna (LH2). The ...Purple phototrophic bacteria produce two kinds of light-harvesting complexes that function to capture and transmit solar energy: the core antenna (LH1) and the peripheral antenna (LH2). The apoproteins of these antennas, encoded respectively by the genes pufBA and pucBA within and outside the photosynthetic gene cluster, respectively, exhibit conserved amino acid sequences and structural topologies suggesting they were derived from a shared ancestor. Here we present the structures of two photosynthetic complexes from Roseospirillum (Rss.) parvum 930I: an LH1-RC complex and a variant of the LH1 complex also encoded by pufBA that we designate as LH1'. The LH1-RC complex forms a closed elliptical structure consisting of 16 pairs of αβ-polypeptides that surrounds the RC. By contrast, the LH1' complex is a closed ring structure composed of 14 pairs of αβ-polypeptides, and it shows significant similarities to LH2 complexes both spectrally and structurally. Although LH2-like, the LH1' complex is larger than any known LH2 complexes, and genomic analyses of Rss. parvum revealed the absence of pucBA, genes that encode classical LH2 complexes. Characterization of the unique Rss. parvum photocomplexes not only underscores the diversity of such structures but also sheds new light on the evolution of light-harvesting complexes from phototrophic bacteria.
履歴
登録2024年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60165.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60165.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.562
最小 - 最大-1.681604 - 3.2890828
平均 (標準偏差)-0.00047109748 (±0.06512286)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 374.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60165_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60165_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LH1-RC core complex

全体名称: LH1-RC core complex
要素
  • 複合体: LH1-RC core complex
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center H subunit
    • タンパク質・ペプチド: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: Octadecane
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: MENAQUINONE 8
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN

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超分子 #1: LH1-RC core complex

超分子名称: LH1-RC core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Roseospirillum parvum (バクテリア)

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分子 #1: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseospirillum parvum (バクテリア)
分子量理論値: 39.726602 KDa
配列文字列: MSNDFNSRFV SLMARKGRTS PRAPVWVGGW FVVGLITIGL LTVMMGPAGT YTQSGYRGLM MGEVDMADEL ADDMAAPKNQ VPAASERFP DEGPLAGEVY VNVPVLAHLS ADNFNRLMVA ITEWVSPEEG CNYCHDPDDL TAERPYTKIV SRRMLEMVMY L NSQWGDHV ...文字列:
MSNDFNSRFV SLMARKGRTS PRAPVWVGGW FVVGLITIGL LTVMMGPAGT YTQSGYRGLM MGEVDMADEL ADDMAAPKNQ VPAASERFP DEGPLAGEVY VNVPVLAHLS ADNFNRLMVA ITEWVSPEEG CNYCHDPDDL TAERPYTKIV SRRMLEMVMY L NSQWGDHV APSGVTCWTC HRGNPVPENI WFKNDDADGG SGALGNTFGQ NAASWDAGLS ALPNDVMEAY LLDDQNLRIT PT NDLPMNG VTQIGTKQAE WTYGMMFHIS KGLGVNCTYC HNSQSFRVWE MSPPARVTAW HGIQMTRAIN VDFLDPLQPE YPA NRLGPE GDAPKANCAT CHQGAFKPMY GENVIDDYPS LAAPGE

UniProtKB: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

+
分子 #2: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseospirillum parvum (バクテリア)
分子量理論値: 30.656719 KDa
配列文字列: MAMLSFERKY RVRGGSLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTTL FFTFVGVALI AYGWVMDPSD PTVWQLSIAP PDLSYGLGFA PLMEGGLWQ IITICAVGAF VSWALREVEI CRKLGIGFHV PFAFSFAIAA YVALTVVRPM LLGAWGHGFP YGIMSHLDWV S NVGYQFLH ...文字列:
MAMLSFERKY RVRGGSLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTTL FFTFVGVALI AYGWVMDPSD PTVWQLSIAP PDLSYGLGFA PLMEGGLWQ IITICAVGAF VSWALREVEI CRKLGIGFHV PFAFSFAIAA YVALTVVRPM LLGAWGHGFP YGIMSHLDWV S NVGYQFLH FHYNPGHMLG ITFFFTTALA LAMHGGLILS AANPGKGEKV KGPEHENTFF RDTVGYSIGT LGIHRLGLIL AL SAVFWSI VCMLISGPVW TKGWPEWWNW WYELPIWA

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #3: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseospirillum parvum (バクテリア)
分子量理論値: 35.877301 KDa
配列文字列: MSEYQNIFTS VQVRSAPHES VALPRGAWPR SKASTLSYWL GKIGDAQIGP IYLGATGIAS LIFGFVAIEI IGLNMLASVD WNPVEFLRQ FPWLALEPPG PEHGLRAMPP LNEGGWWVMA GFFLTASILL WWVRTWQRAK DLGMGTHIAW AFASAIFFYL V LGFIRPVM ...文字列:
MSEYQNIFTS VQVRSAPHES VALPRGAWPR SKASTLSYWL GKIGDAQIGP IYLGATGIAS LIFGFVAIEI IGLNMLASVD WNPVEFLRQ FPWLALEPPG PEHGLRAMPP LNEGGWWVMA GFFLTASILL WWVRTWQRAK DLGMGTHIAW AFASAIFFYL V LGFIRPVM LGSWSEAPPF GIFPHLDWTA AFSIRYGNLY YNPFHMLSIA FLYGSALIFA MHGATILSVS RLGGDREVEQ IT DRGTAAE RAALFWRWTM GFNATMESIH RWGWWCAVFV TLTAGLGILL SGTVVDNWYL WAVKHGVAPT YPDVFPGVTD PAA IGG

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #4: Photosynthetic reaction center H subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center H subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseospirillum parvum (バクテリア)
分子量理論値: 27.770564 KDa
配列文字列: MIGDFSSYMD VAQIVLYAFW IFLFGVIFYL RREDRREGYP LERDTDGKIM SIGPWNLPAP KIFYKPQGGT YSAPNAARDT RAIKATRVG NFPGAPLDPT GDPLVDGVGP AAYAERADTP DKTLEGRTRI VPLRTDADLW LAPEDPDPRG MAVVAGCRTT V GAVSDVWV ...文字列:
MIGDFSSYMD VAQIVLYAFW IFLFGVIFYL RREDRREGYP LERDTDGKIM SIGPWNLPAP KIFYKPQGGT YSAPNAARDT RAIKATRVG NFPGAPLDPT GDPLVDGVGP AAYAERADTP DKTLEGRTRI VPLRTDADLW LAPEDPDPRG MAVVAGCRTT V GAVSDVWV DRAENIIRYL EVSLGGAEGG AKAGKTVLVP MPMAVFNDLT RTVTVKSMDA KSFANVPTPK SAEQITLREE DR IQAYYAG GTLYANK

UniProtKB: Photosynthetic reaction center H subunit

+
分子 #5: Beta subunit of light-harvesting 1 complex

分子名称: Beta subunit of light-harvesting 1 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseospirillum parvum (バクテリア)
分子量理論値: 7.3823 KDa
配列文字列:
MATTENVTSS TGLTEAEAKE FHAVYSQSAA GFLAVCAVAH VLAWMWRPFW PGAEGWVMDT AQNLTFLA

UniProtKB: Beta subunit of light-harvesting 1 complex

+
分子 #6: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex

分子名称: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseospirillum parvum (バクテリア)
分子量理論値: 7.285641 KDa
配列文字列:
MTFSTHKVWL MFDPRSTLVA LAAFLVVLAL LIHFLCLGHD RFNWLEGNPA ATKAAAAAVT MPVNPVA

UniProtKB: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex

+
分子 #7: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #10: Octadecane

分子名称: Octadecane / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 22 / 式: 8K6
分子量理論値: 254.494 Da
Chemical component information

ChemComp-8K6:
Octadecane / オクタデカン

+
分子 #11: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 51 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #12: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

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分子 #13: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #14: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #15: MENAQUINONE 8

分子名称: MENAQUINONE 8 / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: MQ8
分子量理論値: 717.116 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

+
分子 #16: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 17 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 61.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 281288
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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