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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zjw
タイトルCryo-EM structure of photosynthetic LH1' complex of Roseospirillum parvum
要素
  • Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
  • Beta subunit of light-harvesting 1 complex
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LH1 prime complex / ROSEOSPIRILLUM PARVUM 930I
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / SPIRILLOXANTHIN / Alpha subunit of light-harvesting 1 complex / Beta subunit of light-harvesting 1 complex
類似検索 - 構成要素
生物種Roseospirillum parvum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Wang, G.-L. / Wang, X.-P. / Yu, L.-J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Insights into the divergence of the photosynthetic LH1 complex obtained from structural analysis of the unusual photocomplexes of Roseospirillum parvum.
著者: Xiang-Ping Wang / Guang-Lei Wang / Yuan Fu / Akane Minamino / Mei-Juan Zou / Fei Ma / Bo Xu / Zheng-Yu Wang-Otomo / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Jörg Overmann / Long-Jiang Yu /
要旨: Purple phototrophic bacteria produce two kinds of light-harvesting complexes that function to capture and transmit solar energy: the core antenna (LH1) and the peripheral antenna (LH2). The ...Purple phototrophic bacteria produce two kinds of light-harvesting complexes that function to capture and transmit solar energy: the core antenna (LH1) and the peripheral antenna (LH2). The apoproteins of these antennas, encoded respectively by the genes pufBA and pucBA within and outside the photosynthetic gene cluster, respectively, exhibit conserved amino acid sequences and structural topologies suggesting they were derived from a shared ancestor. Here we present the structures of two photosynthetic complexes from Roseospirillum (Rss.) parvum 930I: an LH1-RC complex and a variant of the LH1 complex also encoded by pufBA that we designate as LH1'. The LH1-RC complex forms a closed elliptical structure consisting of 16 pairs of αβ-polypeptides that surrounds the RC. By contrast, the LH1' complex is a closed ring structure composed of 14 pairs of αβ-polypeptides, and it shows significant similarities to LH2 complexes both spectrally and structurally. Although LH2-like, the LH1' complex is larger than any known LH2 complexes, and genomic analyses of Rss. parvum revealed the absence of pucBA, genes that encode classical LH2 complexes. Characterization of the unique Rss. parvum photocomplexes not only underscores the diversity of such structures but also sheds new light on the evolution of light-harvesting complexes from phototrophic bacteria.
履歴
登録2024年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
A: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
D: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
E: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
F: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
G: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
I: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
J: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
K: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
N: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
Q: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
R: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
S: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
T: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
U: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
V: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
Y: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
a: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
b: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
c: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
d: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
e: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
f: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
g: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
h: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
i: Beta subunit of light-harvesting 1 complex
j: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
C: Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,99184
ポリマ－205,35128
非ポリマー46,64056
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Beta subunit of light-harvesting 1 complex / Light-harvesting complex 1 beta chain


分子量: 7382.300 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Roseospirillum parvum (バクテリア) / 参照: UniProt: Q6XBJ9
#2: タンパク質
Alpha subunit of light-harvesting 1 complex / Light-harvesting complex 1 alpha chain


分子量: 7285.641 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Roseospirillum parvum (バクテリア) / 参照: UniProt: Q6XBJ8
#3: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CRT / SPIRILLOXANTHIN / RHODOVIOLASCIN


分子量: 596.925 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LH1 prime complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Roseospirillum parvum (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 61.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 397127 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0115316
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.27821433
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.3025838
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.2712086
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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