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万見
- EMDB-6012: Electron microscopy of Calsyntenin-3 tetramer conformation II -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6012
タイトルElectron microscopy of Calsyntenin-3 tetramer conformation II
マップデータCstn-3 High Molecular Weight (HMW) tetramer conformation II
試料
  • 試料: Cstn-3 Tetramer (High Molecular Weight)
  • タンパク質・ペプチド: Calsyntenin-3
キーワードSynaptic organizer / trans-synaptic bridge
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.5 Å
データ登録者Lu Z / Wang Y / Chen F / Tong F / Reddy MVVVS / Luo L / Seshadrinathan S / Zhang L / Holthauzen LMF / Craig AM ...Lu Z / Wang Y / Chen F / Tong F / Reddy MVVVS / Luo L / Seshadrinathan S / Zhang L / Holthauzen LMF / Craig AM / Ren G / Rudenko G
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2014
タイトル: Calsyntenin-3 molecular architecture and interaction with neurexin 1α.
著者: Zhuoyang Lu / Yun Wang / Fang Chen / Huimin Tong / M V V V Sekhar Reddy / Lin Luo / Suchithra Seshadrinathan / Lei Zhang / Luis Marcelo F Holthauzen / Ann Marie Craig / Gang Ren / Gabby Rudenko /
要旨: Calsyntenin 3 (Cstn3 or Clstn3), a recently identified synaptic organizer, promotes the development of synapses. Cstn3 localizes to the postsynaptic membrane and triggers presynaptic differentiation. ...Calsyntenin 3 (Cstn3 or Clstn3), a recently identified synaptic organizer, promotes the development of synapses. Cstn3 localizes to the postsynaptic membrane and triggers presynaptic differentiation. Calsyntenin members play an evolutionarily conserved role in memory and learning. Cstn3 was recently shown in cell-based assays to interact with neurexin 1α (n1α), a synaptic organizer that is implicated in neuropsychiatric disease. Interaction would permit Cstn3 and n1α to form a trans-synaptic complex and promote synaptic differentiation. However, it is contentious whether Cstn3 binds n1α directly. To understand the structure and function of Cstn3, we determined its architecture by electron microscopy and delineated the interaction between Cstn3 and n1α biochemically and biophysically. We show that Cstn3 ectodomains form monomers as well as tetramers that are stabilized by disulfide bonds and Ca(2+), and both are probably flexible in solution. We show further that the extracellular domains of Cstn3 and n1α interact directly and that both Cstn3 monomers and tetramers bind n1α with nanomolar affinity. The interaction is promoted by Ca(2+) and requires minimally the LNS domain of Cstn3. Furthermore, Cstn3 uses a fundamentally different mechanism to bind n1α compared with other neurexin partners, such as the synaptic organizer neuroligin 2, because Cstn3 does not strictly require the sixth LNS domain of n1α. Our structural data suggest how Cstn3 as a synaptic organizer on the postsynaptic membrane, particularly in tetrameric form, may assemble radially symmetric trans-synaptic bridges with the presynaptic synaptic organizer n1α to recruit and spatially organize proteins into networks essential for synaptic function.
履歴
登録2014年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年8月20日-
マップ公開2015年9月2日-
更新2015年9月2日-
現状2015年9月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6012.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6012.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cstn-3 High Molecular Weight (HMW) tetramer conformation II
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.88 Å/pix.
x 128 pix.
= 240.64 Å		1.88 Å/pix.
x 128 pix.
= 240.64 Å		1.88 Å/pix.
x 128 pix.
= 240.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.46838796 - 1.58725595
平均 (標準偏差)0.0 (±0.18936773)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-34-34-34
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 240.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.881.881.88
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z240.640240.640240.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-34-34-34
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.4681.587-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cstn-3 Tetramer (High Molecular Weight)

全体名称: Cstn-3 Tetramer (High Molecular Weight)
要素
  • 試料: Cstn-3 Tetramer (High Molecular Weight)
  • タンパク質・ペプチド: Calsyntenin-3

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超分子 #1000: Cstn-3 Tetramer (High Molecular Weight)

超分子名称: Cstn-3 Tetramer (High Molecular Weight) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Tetramer / Number unique components: 1
分子量理論値: 352 KDa
手法: Calculated from amino acid content without N-linked glycosylation

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分子 #1: Calsyntenin-3

分子名称: Calsyntenin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Cstn-3 / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: neuron / 細胞中の位置: Synapse
分子量理論値: 88 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換株: BTI-TN-5B1-4 / 組換細胞: High Five

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris, pH 8.0, 120 mM NaCl, 5 mM CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: An aliquot (~4 uL) of sample was placed on a grid. After ~1 min incubation, excess solution was blotted with filter paper, and the grid stained for ~1 min by submersion in one drop (~35 uL) ...詳細: An aliquot (~4 uL) of sample was placed on a grid. After ~1 min incubation, excess solution was blotted with filter paper, and the grid stained for ~1 min by submersion in one drop (~35 uL) of 1% w/v uranyl formate (UF) on Parafilm before being nitrogen-air-dried at room temperature.
グリッド詳細: thin-carbon-coated 200 mesh copper grid (CF200-Cu, EMS), glow-discharged 15 seconds
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡ZEISS LIBRA120PLUS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 125,000 times magnification.
日付2012年12月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 639 / 平均電子線量: 200 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 倍率（公称値）: 125000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

CTF補正詳細: ctffind3
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, IPET / 使用した粒子像数: 6699
最終 2次元分類クラス数: 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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