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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-60064 | |||||||||
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タイトル | Caenorhabditis elegans ACR-23 in apo state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ion channel / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / electron transport chain / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / periplasmic space / electron transfer activity ...Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / electron transport chain / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / iron ion binding / heme binding / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen QF / Liu FL / Li TY / Gong HH / Guo F / Liu S | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of acetylcholine receptor like-23 (ACR-23) activation by anthelmintics monepantel and betaine 著者: Liu FL / Li TY / Gong HH / Guo F / Liu S / Chen QF | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_60064.map.gz | 306.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-60064-v30.xml emd-60064.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_60064.png | 71.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-60064.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_60064_half_map_1.map.gz emd_60064_half_map_2.map.gz | 301.4 MB 301.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60064 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60064 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_60064_validation.pdf.gz | 808.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_60064_full_validation.pdf.gz | 807.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_60064_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_60064_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60064 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60064 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_60064.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60064_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60064_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : acetylcholine receptor like-23(ACR-23)
全体 | 名称: acetylcholine receptor like-23(ACR-23) |
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要素 |
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-超分子 #1: acetylcholine receptor like-23(ACR-23)
超分子 | 名称: acetylcholine receptor like-23(ACR-23) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 67 KDa |
-分子 #1: Betaine receptor acr-23,Soluble cytochrome b562
分子 | 名称: Betaine receptor acr-23,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Residues 387-500 correspond to the bril expression tag. Residues 599-603 and 610-612 correspond to flexible linkers, residues 604-609 correspond to the thrombin cleavage site, and residues ...詳細: Residues 387-500 correspond to the bril expression tag. Residues 599-603 and 610-612 correspond to flexible linkers, residues 604-609 correspond to the thrombin cleavage site, and residues 613-620 correspond to the strep ll tag. コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 70.582281 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MHRIYTFLIF ISQLALGLSN NPDIPIQYEL ANNIMENYQK GLIPKVRKGS PINVTLSLQL YQIIQVNEPQ QYLLLNAWAV ERWVDQMLG WDPSEFDNET EIMARHDDIW LPDTTLYNSL EMDDSASKKL THVKLTTLGK NQGAMVELLY PTIYKISCLL N LKYFPFDT ...文字列: MHRIYTFLIF ISQLALGLSN NPDIPIQYEL ANNIMENYQK GLIPKVRKGS PINVTLSLQL YQIIQVNEPQ QYLLLNAWAV ERWVDQMLG WDPSEFDNET EIMARHDDIW LPDTTLYNSL EMDDSASKKL THVKLTTLGK NQGAMVELLY PTIYKISCLL N LKYFPFDT QTCRMTFGSW SFDNSLIDYF PRTFTNGPIG LANFLENDAW SVLGTKVNRE EKKYTCCPVN YTLLHYDVVI QR KPLYYVL NLIAPTAVIT FISIIGFFTS SSVHDLRQEK ITLGITTLLS MSIMIFMVSD KMPSTSTCVP LIALFYTLMI TII SVGTLA ASSVIFVQKL GSIGNPPASK TMKWTHRIAP FVLIQMPLVM KQAYAKRAKE EKHRKRMSRK MAEAGAMADL EDNW ETLND NLKVIEKADN AAQVKDALTK MRAAALDAQK ATPPKLEDKS PDSPEMKDFR HGFDILVGQI DDALKLANEG KVKEA QAAA EQLKTTRNAY IQKYLSQTSE TFAAPMDTSF TESLHIPELN RVASSNSIQS VLKPTEIQLT PYCTRNIVEL EWDWVA AVL ERVFLIFFTI CFLFSAIGIN LYGWYIWYTE NHFLFLEGTK LVPRGSSSGW SHPQFEK UniProtKB: Betaine receptor acr-23, Soluble cytochrome b562, Betaine receptor acr-23 |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.00 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析 #1
-画像解析 #2
Image processing ID | 2 |
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Image recording ID | 2 |
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |