+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6004 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-electron tomography of glycoprotein lacking the mucin-like domain from Ebola virus-like particles | |||||||||
![]() | Molecular structure of Ebola VLP glycoprotein trimer lacking the mucin-like domain | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Ebola / glycoprotein / mucin-like domain | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Tran EEH / Simmons JA / Bartesaghi A / Shoemaker CJ / Nelson E / White JM / Subramaniam S | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Spatial localization of the Ebola virus glycoprotein mucin-like domain determined by cryo-electron tomography. 著者: Erin E H Tran / James A Simmons / Alberto Bartesaghi / Charles J Shoemaker / Elizabeth Nelson / Judith M White / Sriram Subramaniam / ![]() 要旨: The Ebola virus glycoprotein mucin-like domain (MLD) is implicated in Ebola virus cell entry and immune evasion. Using cryo-electron tomography of Ebola virus-like particles, we determined a three- ...The Ebola virus glycoprotein mucin-like domain (MLD) is implicated in Ebola virus cell entry and immune evasion. Using cryo-electron tomography of Ebola virus-like particles, we determined a three-dimensional structure for the full-length glycoprotein in a near-native state and compared it to that of a glycoprotein lacking the MLD. Our results, which show that the MLD is located at the apex and the sides of each glycoprotein monomer, provide a structural template for analysis of MLD function. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 907.7 KB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 150.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 499 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Molecular structure of Ebola VLP glycoprotein trimer lacking the mucin-like domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Molecular structure of Ebola VLP glycoprotein trimer lacking the ...
全体 | 名称: Molecular structure of Ebola VLP glycoprotein trimer lacking the mucin-like domain |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Molecular structure of Ebola VLP glycoprotein trimer lacking the ...
超分子 | 名称: Molecular structure of Ebola VLP glycoprotein trimer lacking the mucin-like domain タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimer / Number unique components: 1 |
---|
-分子 #1: Envelope glycoprotein
分子 | 名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Envelope glycoproteins present on the surface of virus-like particles コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() 組換プラスミド: pVP40, pBeta-Lactamase-VP40, pmCherry-VP40, pEbola Zaire GPdelta mucin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 130 mM NaCl, 20 mM HEPES, 10% sucrose |
---|---|
グリッド | 詳細: 200 mesh Quantifoil Multi-A |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: Blot for 4 seconds at 22 degrees C, 100% humidity, blot force 4, plunge into an ethane slurry cooled by liquid nitrogen. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
温度 | 平均: 81 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GATAN GIF エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2013年5月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 29 / 平均電子線量: 150 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 34000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
詳細 | Subtomogram density was selected using an automatic selection program. |
---|---|
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: ![]() |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: I / Chain - #1 - Chain ID: K / Chain - #2 - Chain ID: M / Chain - #3 - Chain ID: O |
---|---|
ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | Protocol: rigid body, automated fitting procedures |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |