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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6002
タイトルFako virus virion: a newly-isolated reovirus has the simplest genomic and structural organization of any reovirus
マップデータReconstruction of virions of Fako virus grown in insect cells, low-pass filtered to the map resolution and automasked in EMAN2
試料
  • 試料: Fako virus virion
  • ウイルス: Fako virus (ウイルス)
キーワードvirus / Reoviridae / Spinareovirinae / Dinovernavirus / Fako virus / FAKV / dsRNA virus / invertebrate virus / reovirus / Aedes / dsRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / Reovirus VP3 protein, guanylyltransferase (GTase) / Reovirus turret protein, bridge domain / Reovirus VP3 protein, Methyltransferase domain 1 / Reovirus VP3 protein, Methyltransferase domain 2 / : / Inner layer core protein VP1-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Turret protein / Clamp protein
類似検索 - 構成要素
生物種Fako virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Auguste AJ / Kaelber JT / Fokam EB / Guzman H / Carrington CVF / Erasmus JH / Kamgang B / Popov VL / Jakana J / Liu X ...Auguste AJ / Kaelber JT / Fokam EB / Guzman H / Carrington CVF / Erasmus JH / Kamgang B / Popov VL / Jakana J / Liu X / Wood TG / Widen SG / Vasilakis N / Tesh RB / Chiu W / Weaver SC
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: A newly isolated reovirus has the simplest genomic and structural organization of any reovirus.
著者: Albert J Auguste / Jason T Kaelber / Eric B Fokam / Hilda Guzman / Christine V F Carrington / Jesse H Erasmus / Basile Kamgang / Vsevolod L Popov / Joanita Jakana / Xiangan Liu / Thomas G ...著者: Albert J Auguste / Jason T Kaelber / Eric B Fokam / Hilda Guzman / Christine V F Carrington / Jesse H Erasmus / Basile Kamgang / Vsevolod L Popov / Joanita Jakana / Xiangan Liu / Thomas G Wood / Steven G Widen / Nikos Vasilakis / Robert B Tesh / Wah Chiu / Scott C Weaver /
要旨: A total of 2,691 mosquitoes representing 17 species was collected from eight locations in southwest Cameroon and screened for pathogenic viruses. Ten isolates of a novel reovirus (genus ...A total of 2,691 mosquitoes representing 17 species was collected from eight locations in southwest Cameroon and screened for pathogenic viruses. Ten isolates of a novel reovirus (genus Dinovernavirus) were detected by culturing mosquito pools on Aedes albopictus (C6/36) cell cultures. A virus that caused overt cytopathic effects was isolated, but it did not infect vertebrate cells or produce detectable disease in infant mice after intracerebral inoculation. The virus, tentatively designated Fako virus (FAKV), represents the first 9-segment, double-stranded RNA (dsRNA) virus to be isolated in nature. FAKV appears to have a broad mosquito host range, and its detection in male specimens suggests mosquito-to-mosquito transmission in nature. The structure of the T=1 FAKV virion, determined to subnanometer resolution by cryoelectron microscopy (cryo-EM), showed only four proteins per icosahedral asymmetric unit: a dimer of the major capsid protein, one turret protein, and one clamp protein. While all other turreted reoviruses of known structures have at least two copies of the clamp protein per asymmetric unit, FAKV's clamp protein bound at only one conformer of the major capsid protein. The FAKV capsid architecture and genome organization represent the most simplified reovirus described to date, and phylogenetic analysis suggests that it arose from a more complex ancestor by serial loss-of-function events.
IMPORTANCE: We describe the detection, genetic, phenotypic, and structural characteristics of a novel Dinovernavirus species isolated from mosquitoes collected in Cameroon. The virus, tentatively ...IMPORTANCE: We describe the detection, genetic, phenotypic, and structural characteristics of a novel Dinovernavirus species isolated from mosquitoes collected in Cameroon. The virus, tentatively designated Fako virus (FAKV), is related to both single-shelled and partially double-shelled viruses. The only other described virus in this genus was isolated from cultured mosquito cells. It was previously unclear whether the phenotypic characteristics of that virus were reflective of this genus in nature or were altered during serial passaging in the chronically infected cell line. FAKV is a naturally occurring single-shelled reovirus with a unique virion architecture that lacks several key structural elements thought to stabilize a single-shelled reovirus virion, suggesting what may be the minimal number of proteins needed to form a viable reovirus particle. FAKV evolved from more complex ancestors by losing a genome segment and several virion proteins.
履歴
登録2014年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年8月13日-
マップ公開2014年11月12日-
更新2014年12月24日-
現状2014年12月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6002.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6002.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of virions of Fako virus grown in insect cells, low-pass filtered to the map resolution and automasked in EMAN2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.62 Å/pix.
x 320 pix.
= 1158.4 Å		3.62 Å/pix.
x 320 pix.
= 1158.4 Å		3.62 Å/pix.
x 320 pix.
= 1158.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.3 / ムービー #1: 1.3
最小 - 最大-2.28274107 - 3.4938612
平均 (標準偏差)0.04147515 (±0.38613069)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 1158.3999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.623.623.62
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1158.4001158.4001158.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-2.2833.4940.041

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fako virus virion

全体名称: Fako virus virion
要素
  • 試料: Fako virus virion
  • ウイルス: Fako virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Fako virus virion

超分子名称: Fako virus virion / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: icosahedral capsid of 60 asymmetric units with 4 proteins each
Number unique components: 1
分子量理論値: 33 MDa

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超分子 #1: Fako virus

超分子名称: Fako virus / タイプ: virus / ID: 1 / 生物種: Fako virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES
Host system生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ) / 組換細胞: C6/36
分子量理論値: 33 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 580 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 10 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 0.1 M NaCl
グリッド詳細: 200 mesh copper Quantifoil R 2/2, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3.5 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度平均: 94 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens twofold astigmatism was corrected at 120,000 times magnification.
日付2014年2月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 68 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 with 70 degree clipring / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: CTF fit for particles in a micrograph, corrected per particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 2464
最終 2次元分類クラス数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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