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- EMDB-5993: Electron cryo-microscopy of human papillomavirus 16 and H16.V5 Fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5993
タイトルElectron cryo-microscopy of human papillomavirus 16 and H16.V5 Fab fragments
マップデータReconstruction of mature human papillomavirus 16 capsid
試料
  • 試料: Mature HPV16 quasivirus capsid
  • ウイルス: Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
キーワードvirus-Fab complex / neutralization antibody / maturation
生物種Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.6 Å
データ登録者Lee H / Brendle SA / Bywaters SM / Guan J / Ashley RE / Yoder JD / Makhov AM / Conway JF / Christensen ND / Hafenstein S
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: A cryo-electron microscopy study identifies the complete H16.V5 epitope and reveals global conformational changes initiated by binding of the neutralizing antibody fragment.
著者: Hyunwook Lee / Sarah A Brendle / Stephanie M Bywaters / Jian Guan / Robert E Ashley / Joshua D Yoder / Alexander M Makhov / James F Conway / Neil D Christensen / Susan Hafenstein /
要旨: Human papillomavirus 16 (HPV16) is a worldwide health threat and an etiologic agent of cervical cancer. To understand the antigenic properties of HPV16, we pursued a structural study to elucidate HPV ...Human papillomavirus 16 (HPV16) is a worldwide health threat and an etiologic agent of cervical cancer. To understand the antigenic properties of HPV16, we pursued a structural study to elucidate HPV capsids and antibody interactions. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of a mature HPV16 particle and an altered capsid particle were solved individually and as complexes with fragment of antibody (Fab) from the neutralizing antibody H16.V5. Fitted crystal structures provided a pseudoatomic model of the virus-Fab complex, which identified a precise footprint of H16.V5, including previously unrecognized residues. The altered-capsid-Fab complex map showed that binding of the Fab induced significant conformational changes that were not seen in the altered-capsid structure alone. These changes included more ordered surface loops, consolidated so-called "invading-arm" structures, and tighter intercapsomeric connections at the capsid floor. The H16.V5 Fab preferentially bound hexavalent capsomers likely with a stabilizing effect that directly correlated with the number of bound Fabs. Additional cryo-EM reconstructions of the virus-Fab complex for different incubation times and structural analysis provide a model for a hyperstabilization of the capsomer by H16.V5 Fab and showed that the Fab distinguishes subtle differences between antigenic sites.
IMPORTANCE: Our analysis of the cryo-EM reconstructions of the HPV16 capsids and virus-Fab complexes has identified the entire HPV.V5 conformational epitope and demonstrated a detailed neutralization ...IMPORTANCE: Our analysis of the cryo-EM reconstructions of the HPV16 capsids and virus-Fab complexes has identified the entire HPV.V5 conformational epitope and demonstrated a detailed neutralization mechanism of this clinically important monoclonal antibody against HPV16. The Fab bound and ordered the apical loops of HPV16. This conformational change was transmitted to the lower region of the capsomer, resulting in enhanced intercapsomeric interactions evidenced by the more ordered capsid floor and "invading-arm" structures. This study advances the understanding of the neutralization mechanism used by H16.V5.
履歴
登録2014年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月30日-
マップ公開2014年11月26日-
更新2015年5月27日-
現状2015年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5993.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5993.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 502.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of mature human papillomavirus 16 capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.48 Å/pix.
x 513 pix.
= 759.24 Å		1.48 Å/pix.
x 513 pix.
= 759.24 Å		1.48 Å/pix.
x 513 pix.
= 759.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-4.7340517 - 6.09024334
平均 (標準偏差)0.00000001 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ513513513
Spacing513513513
セルA=B=C: 759.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.481.481.48
M x/y/z513513513
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z759.240759.240759.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS513513513
D min/max/mean-4.7346.0900.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mature HPV16 quasivirus capsid

全体名称: Mature HPV16 quasivirus capsid
要素
  • 試料: Mature HPV16 quasivirus capsid
  • ウイルス: Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)

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超分子 #1000: Mature HPV16 quasivirus capsid

超分子名称: Mature HPV16 quasivirus capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 27 MDa

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超分子 #1: Human papillomavirus 16

超分子名称: Human papillomavirus 16 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 337041 / 生物種: Human papillomavirus 16 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 27 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4
グリッド詳細: glow-discharged holey carbon Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 102 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 0.7 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
温度平均: 95 K
日付2013年10月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 170 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.57 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using semi-automatic program e2boxer.py (EMAN2).
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Auto3dem
詳細: Semi-automatic particle selection was performed using e2boxer.py to obtain the particle coordinates, followed by particle boxing, linearization, normalization, and apodization of the images ...詳細: Semi-automatic particle selection was performed using e2boxer.py to obtain the particle coordinates, followed by particle boxing, linearization, normalization, and apodization of the images using Robem. Defocus and astigmatism values to perform contrast transfer function (CTF) correction were assessed using Robem for the extracted particles. The icosahedrally averaged reconstructions were initiated using a random model generated with setup_rmc and reached 13 A resolution estimated at a Fourier Shell Correlation (FSC) of 0.5. For the last step of refinement, the final maps were CTF-corrected using a B factor of 200 A2.
使用した粒子像数: 4737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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