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- EMDB-5915: The structure of a complete multidrug efflux pump -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5915
タイトルThe structure of a complete multidrug efflux pump
マップデータReconstruction of complete multidrug efflux pump
試料
  • 試料: AcrB-AcrA-TolC-AcrZ multidrug efflux pump
  • タンパク質・ペプチド: AcrABZ-TolC complex
キーワードmultidrug efflux pump
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Du D / Wang Z / James NR / Voss JE / Klimont E / Ohene-Agyei T / Venter H / Chiu W / Luisi BF
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of the AcrAB-TolC multidrug efflux pump.
著者: Dijun Du / Zhao Wang / Nathan R James / Jarrod E Voss / Ewa Klimont / Thelma Ohene-Agyei / Henrietta Venter / Wah Chiu / Ben F Luisi /
要旨: The capacity of numerous bacterial species to tolerate antibiotics and other toxic compounds arises in part from the activity of energy-dependent transporters. In Gram-negative bacteria, many of ...The capacity of numerous bacterial species to tolerate antibiotics and other toxic compounds arises in part from the activity of energy-dependent transporters. In Gram-negative bacteria, many of these transporters form multicomponent 'pumps' that span both inner and outer membranes and are driven energetically by a primary or secondary transporter component. A model system for such a pump is the acridine resistance complex of Escherichia coli. This pump assembly comprises the outer-membrane channel TolC, the secondary transporter AcrB located in the inner membrane, and the periplasmic AcrA, which bridges these two integral membrane proteins. The AcrAB-TolC efflux pump is able to transport vectorially a diverse array of compounds with little chemical similarity, thus conferring resistance to a broad spectrum of antibiotics. Homologous complexes are found in many Gram-negative species, including in animal and plant pathogens. Crystal structures are available for the individual components of the pump and have provided insights into substrate recognition, energy coupling and the transduction of conformational changes associated with the transport process. However, how the subunits are organized in the pump, their stoichiometry and the details of their interactions are not known. Here we present the pseudo-atomic structure of a complete multidrug efflux pump in complex with a modulatory protein partner from E. coli. The model defines the quaternary organization of the pump, identifies key domain interactions, and suggests a cooperative process for channel assembly and opening. These findings illuminate the basis for drug resistance in numerous pathogenic bacterial species.
履歴
登録2014年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月12日-
マップ公開2014年4月30日-
更新2014年5月21日-
現状2014年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5915.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5915.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of complete multidrug efflux pump
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.47 Å/pix.
x 256 pix.
= 632.32 Å		2.47 Å/pix.
x 256 pix.
= 632.32 Å		2.47 Å/pix.
x 256 pix.
= 632.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.47 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0 / ムービー #1: 7
最小 - 最大-10.050803180000001 - 25.346019739999999
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 632.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.472.472.47
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z632.320632.320632.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-10.05125.346-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AcrB-AcrA-TolC-AcrZ multidrug efflux pump

全体名称: AcrB-AcrA-TolC-AcrZ multidrug efflux pump
要素
  • 試料: AcrB-AcrA-TolC-AcrZ multidrug efflux pump
  • タンパク質・ペプチド: AcrABZ-TolC complex

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超分子 #1000: AcrB-AcrA-TolC-AcrZ multidrug efflux pump

超分子名称: AcrB-AcrA-TolC-AcrZ multidrug efflux pump / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One homotrimer of TolC and one homotrimer of AcrB bound to a homohexamer of AcrA; three AcrZ molecules are bound to the AcrB
Number unique components: 1
分子量理論値: 771 KDa

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分子 #1: AcrABZ-TolC complex

分子名称: AcrABZ-TolC complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: acridine transport pump / コピー数: 1 / 集合状態: hetero-pentadecamer (15-mer) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: W3110
分子量理論値: 770 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli. / 組換株: C43 (DE3) / 組換プラスミド: pET21a and pRSFDuet-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 0.03% DDM
グリッド詳細: 200 mesh copper grid with holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot 1 second at force 0

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度最低: 78 K / 最高: 80 K / 平均: 79 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100k magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL
日付2013年5月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 1281 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 20000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

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画像解析

詳細Particle were selected by eman2 e2boxer. Initial model was generated by eman2 base on reference free 2d class averages. Further refinements were done by eman2.07, followed by Relion at the end.
CTF補正詳細: per image
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, RELION
詳細: Resolution was estimated by gold standard eotest from two independent reconstructions.
使用した粒子像数: 7000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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