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- EMDB-5892: CryoEM of C3PO assembled on ssRNA-ChemiC grids -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5892
タイトルCryoEM of C3PO assembled on ssRNA-ChemiC grids
マップデータC3PO on let7 ssRNA ChemiC grids
試料
  • 試料: Complex 3 Promoter of RISC (C3PO) assembled on the let7 ssRNA presented by ChemiC grids
  • タンパク質・ペプチド: Component 3 Promoter of RISC
  • RNA: let7 ssRNA
キーワードNuclease activity / RNA interference / ChemiC / C3PO / side port
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease complex / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / male germ cell nucleus / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / DNA recombination ...: / endoribonuclease complex / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / male germ cell nucleus / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mRNA binding / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translin, N-terminal / Translin, C-terminal / Translin / Translin family / Translin family / Translin superfamily / Translin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Llaguno MC / Xu H / Shi L / Huang H / Zhang H / Liu Q / Jiang Q
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2014
タイトル: Chemically functionalized carbon films for single molecule imaging.
著者: Marc C Llaguno / Hui Xu / Liang Shi / Nian Huang / Hong Zhang / Qinghua Liu / Qiu-Xing Jiang /
要旨: Many biological complexes are naturally low in abundance and pose a significant challenge to their structural and functional studies. Here we describe a new method that utilizes strong oxidation and ...Many biological complexes are naturally low in abundance and pose a significant challenge to their structural and functional studies. Here we describe a new method that utilizes strong oxidation and chemical linkage to introduce a high density of bioactive ligands onto nanometer-thick carbon films and enable selective enrichment of individual macromolecular complexes at subnanogram levels. The introduced ligands are physically separated. Ni-NTA, Protein G and DNA/RNA oligonucleotides were covalently linked to the carbon surface. They embody negligible mass and their stability makes the functionalized films able to survive long-term storage and tolerate variations in pH, temperature, salts, detergents, and solvents. We demonstrated the application of the new method to the electron microscopic imaging of the substrate-bound C3PO, an RNA-processing enzyme important for the RNA interference pathway. On the ssRNA-linked carbon surface, the formation of C3PO oligomers at subnanomolar concentrations likely mimics their assembly onto ssRNA substrates presented by their native partners. Interestingly, the 3D reconstructions by negative stain EM reveal a side port in the C3PO/ssRNA complex, and the 15Å cryoEM map showed extra density right above the side port, which probably represents the ssRNA. These results suggest a new way for ssRNAs to interact with the active sites of the complex. Together our data demonstrate that the surface-engineered carbon films are suitable for selectively enriching low-abundance biological complexes at nanomolar level and for developing novel applications on a large number of surface-presented molecules.
履歴
登録2014年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月19日-
マップ公開2014年3月19日-
更新2014年3月19日-
現状2014年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.068
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.068
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5892.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C3PO on let7 ssRNA ChemiC grids
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.33 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.068 / ムービー #1: 0.068
最小 - 最大-0.41981968 - 1.28919888
平均 (標準偏差)0.00334152 (±0.06032538)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 223.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.332.332.33
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z223.680223.680223.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.4201.2890.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex 3 Promoter of RISC (C3PO) assembled on the let7 ssRNA pre...

全体名称: Complex 3 Promoter of RISC (C3PO) assembled on the let7 ssRNA presented by ChemiC grids
要素
  • 試料: Complex 3 Promoter of RISC (C3PO) assembled on the let7 ssRNA presented by ChemiC grids
  • タンパク質・ペプチド: Component 3 Promoter of RISC
  • RNA: let7 ssRNA

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超分子 #1000: Complex 3 Promoter of RISC (C3PO) assembled on the let7 ssRNA pre...

超分子名称: Complex 3 Promoter of RISC (C3PO) assembled on the let7 ssRNA presented by ChemiC grids
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: One C3PO octamer binds to one let7 ssRNA / Number unique components: 2
分子量実験値: 240 KDa / 理論値: 240 KDa / 手法: Gel filtration and ultra-centrifugation

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分子 #1: Component 3 Promoter of RISC

分子名称: Component 3 Promoter of RISC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: C3PO
詳細: C3PO was incubated on let7 ssRNA presented on ChemiC films.
コピー数: 1 / 集合状態: Octamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 240 KDa / 理論値: 240 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pET Duet
配列UniProtKB: Translin / GO: GO: 0090305, RNA binding, nucleus / InterPro: Translin family

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分子 #2: let7 ssRNA

分子名称: let7 ssRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 150 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with thin carbon with covalently bound let7 ssRNA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: blot for 7 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 77 K / 最高: 110 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism was corrected at 100,000 times magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL Omega type
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
詳細weak exposure, 12 min developing, 5 min quick fixing
日付2012年9月4日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 294 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: film images selected in a diffractometer / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 61198 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected manually using the EMAN boxer program.
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, SPIDER, EMAN / 使用した粒子像数: 38968
最終 2次元分類クラス数: 1081

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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