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万見
- EMDB-5830: Unified assembly mechanism of ASC-dependent inflammasomes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5830
タイトルUnified assembly mechanism of ASC-dependent inflammasomes
マップデータReconstruction of PYD filament
試料
  • 試料: PYD domain from ASC
  • タンパク質・ペプチド: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
キーワードhelical polymer / variable twist / apoptosis / death domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / icosanoid biosynthetic process ...Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / icosanoid biosynthetic process / IkappaB kinase complex / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / macropinocytosis / interleukin-6 receptor binding / NLRP3 inflammasome complex / NLRP3 inflammasome complex assembly / BMP receptor binding / positive regulation of adaptive immune response / osmosensory signaling pathway / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of interferon-beta production / CLEC7A/inflammasome pathway / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / tropomyosin binding / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / pyroptotic inflammatory response / : / positive regulation of activated T cell proliferation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of interleukin-10 production / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of T cell migration / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of defense response to virus by host / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phagocytosis / activation of innate immune response / positive regulation of chemokine production / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / regulation of autophagy / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of protein stability / protein homooligomerization / : / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / azurophil granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of T cell activation / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / defense response to virus / secretory granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to Gram-negative bacterium / transmembrane transporter binding / microtubule / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein dimerization activity / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / innate immune response / neuronal cell body / Neutrophil degranulation / nucleolus / apoptotic process / enzyme binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Lu A / Magupalli VG / Ruan J / Yin Q / Atianand MK / Vos M / Schroder GF / Fitzgerald KA / Wu H / Egelman EH
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Unified polymerization mechanism for the assembly of ASC-dependent inflammasomes.
著者: Alvin Lu / Venkat Giri Magupalli / Jianbin Ruan / Qian Yin / Maninjay K Atianand / Matthijn R Vos / Gunnar F Schröder / Katherine A Fitzgerald / Hao Wu / Edward H Egelman /
要旨: Inflammasomes elicit host defense inside cells by activating caspase-1 for cytokine maturation and cell death. AIM2 and NLRP3 are representative sensor proteins in two major families of inflammasomes. ...Inflammasomes elicit host defense inside cells by activating caspase-1 for cytokine maturation and cell death. AIM2 and NLRP3 are representative sensor proteins in two major families of inflammasomes. The adaptor protein ASC bridges the sensor proteins and caspase-1 to form ternary inflammasome complexes, achieved through pyrin domain (PYD) interactions between sensors and ASC and through caspase activation and recruitment domain (CARD) interactions between ASC and caspase-1. We found that PYD and CARD both form filaments. Activated AIM2 and NLRP3 nucleate PYD filaments of ASC, which, in turn, cluster the CARD of ASC. ASC thus nucleates CARD filaments of caspase-1, leading to proximity-induced activation. Endogenous NLRP3 inflammasome is also filamentous. The cryoelectron microscopy structure of ASC(PYD) filament at near-atomic resolution provides a template for homo- and hetero-PYD/PYD associations, as confirmed by structure-guided mutagenesis. We propose that ASC-dependent inflammasomes in both families share a unified assembly mechanism that involves two successive steps of nucleation-induced polymerization. PAPERFLICK:
履歴
登録2013年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月1日-
マップ公開2014年3月26日-
更新2014年3月26日-
現状2014年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j63
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j63
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5830.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of PYD filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 100 pix.
= 108. Å		1.08 Å/pix.
x 100 pix.
= 108. Å		1.08 Å/pix.
x 100 pix.
= 108. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-4.6240468 - 8.07765388
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 108.00001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z108.000108.000108.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-4.6248.0780.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PYD domain from ASC

全体名称: PYD domain from ASC
要素
  • 試料: PYD domain from ASC
  • タンパク質・ペプチド: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD

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超分子 #1000: PYD domain from ASC

超分子名称: PYD domain from ASC / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: helical polymer / Number unique components: 1

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分子 #1: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD

分子名称: Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: pyrin domain, death domain / 集合状態: helical polymer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

グリッド詳細: over holes in lacey carbon grids, no support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2012年12月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 400 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Integrating mode used
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細IHRSR
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 13.95 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 52.9 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C3 (3回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, IHRSR
CTF補正詳細: each image

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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