[日本語] English
万見
- EMDB-5773: A Two-Pronged Structural Analysis of Retroviral Maturation Indica... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5773
タイトルA Two-Pronged Structural Analysis of Retroviral Maturation Indicates that Core Formation Proceeds by a Disassembly-Reassembly Pathway Rather than a Displacive Transition
マップデータReconstruction of RSV-CASP 30 nm outer capsid T=3
試料
  • 試料: Icosahedral assembly of Rous sarcoma virus capsid proteins with spacer peptide, 30 nm outer particle
  • ウイルス: Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス)
キーワードCryo-EM / Rous Sarcoma Virus Structure / in vitro assembled capsids / spacer peptide
生物種Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.5 Å
データ登録者Keller PW / Huang RK / England M / Waki K / Cheng N / Heymann JB / Craven RC / Freed EO / Steven AC
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: A two-pronged structural analysis of retroviral maturation indicates that core formation proceeds by a disassembly-reassembly pathway rather than a displacive transition.
著者: Paul W Keller / Rick K Huang / Matthew R England / Kayoko Waki / Naiqian Cheng / J Bernard Heymann / Rebecca C Craven / Eric O Freed / Alasdair C Steven /
要旨: Retrovirus maturation involves sequential cleavages of the Gag polyprotein, initially arrayed in a spherical shell, leading to formation of capsids with polyhedral or conical morphology. Evidence ...Retrovirus maturation involves sequential cleavages of the Gag polyprotein, initially arrayed in a spherical shell, leading to formation of capsids with polyhedral or conical morphology. Evidence suggests that capsids assemble de novo inside maturing virions from dissociated capsid (CA) protein, but the possibility persists of a displacive pathway in which the CA shell remains assembled but is remodeled. Inhibition of the final cleavage between CA and spacer peptide SP1/SP blocks the production of mature capsids. We investigated whether retention of SP might render CA assembly incompetent by testing the ability of Rous sarcoma virus (RSV) CA-SP to assemble in vitro into icosahedral capsids. Capsids were indeed assembled and were indistinguishable from those formed by CA alone, indicating that SP was disordered. We also used cryo-electron tomography to characterize HIV-1 particles produced in the presence of maturation inhibitor PF-46396 or with the cleavage-blocking CA5 mutation. Inhibitor-treated virions have a shell that resembles the CA layer of the immature Gag shell but is less complete. Some CA protein is generated but usually not enough for a mature core to assemble. We propose that inhibitors like PF-46396 bind to the Gag lattice where they deny the protease access to the CA-SP1 cleavage site and prevent the release of CA. CA5 particles, which exhibit no cleavage at the CA-SP1 site, have spheroidal shells with relatively thin walls. It appears that this lattice progresses displacively toward a mature-like state but produces neither conical cores nor infectious virions. These observations support the disassembly-reassembly pathway for core formation.
履歴
登録2013年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年11月6日-
マップ公開2013年11月6日-
更新2013年12月4日-
現状2013年12月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5773.png

emd_5773_1.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5773.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 159.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of RSV-CASP 30 nm outer capsid T=3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.27 Å/pix.
x 350 pix.
= 444.5 Å		1.27 Å/pix.
x 350 pix.
= 444.5 Å		1.27 Å/pix.
x 350 pix.
= 444.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.27 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-4.2625885 - 6.64531183
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-175-175-175
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 444.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.271.271.27
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z444.500444.500444.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-175-175-175
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-4.2636.6450.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Icosahedral assembly of Rous sarcoma virus capsid proteins with s...

全体名称: Icosahedral assembly of Rous sarcoma virus capsid proteins with spacer peptide, 30 nm outer particle
要素
  • 試料: Icosahedral assembly of Rous sarcoma virus capsid proteins with spacer peptide, 30 nm outer particle
  • ウイルス: Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス)

-
超分子 #1000: Icosahedral assembly of Rous sarcoma virus capsid proteins with s...

超分子名称: Icosahedral assembly of Rous sarcoma virus capsid proteins with spacer peptide, 30 nm outer particle
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Outer shell of the 30 nm particle / 集合状態: icosahedral shell with 120 subunits / Number unique components: 1
分子量理論値: 3 MDa

-
超分子 #1: Rous sarcoma virus

超分子名称: Rous sarcoma virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 11886 / 生物種: Rous sarcoma virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: outer capsid / 直径: 300 Å / T番号(三角分割数): 3

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM Tris-HCl, 75 mM sodium chloride, 0.05 mM EDTA, 0.5 M sodium phosphate
グリッド詳細: Holey carbon film on R2/2 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93.15 K / 装置: LEICA KF80 / 詳細: Vitrification carried out in nitrogen atmosphere.
手法: 4.0 microliter sample dropped onto grid, blotted on one side for 2 second, then plunged.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 93.15 K
日付2011年9月24日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 17 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / 詳細: scanning at 4000 dpi / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

-
画像解析

詳細30 nm particles were picked manually, extracted, and CTF corrected by phase reversal. Particle orientation search and refinement were performed using image package Bsoft.
CTF補正詳細: CTF was determined from the whole micrograph. Phase reversal was applied to each particle.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Bsoft / 使用した粒子像数: 612
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る