[日本語] English
万見
- EMDB-57548: Cryo-EM structure of Beta-lactamase-like domain from Neomoorella ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-57548
タイトルCryo-EM structure of Beta-lactamase-like domain from Neomoorella carbonis
マップデータB-lactamase-like domain
試料
  • 複合体: Beta-lactamase-like domain
    • タンパク質・ペプチド: Beta-lactamase-like domain
キーワードDNA translocation / Nuclease / DNA binding / MEMBRANE PROTEIN
生物種Neomoorella carbonis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Deselaers S / Wang D / Cairoli T / Afanasyev P / Hospenthal MK
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss State Secretariat for Education, Research and InnovationMB22.00043 スイス
Swiss National Science Foundation3200-0-239918 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Beta-lactamase-like domain from Neomoorella carbonis
著者: Deselaers S / Wang D / Cairoli T / Afanasyev P / Hospenthal MK
履歴
登録2026年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年5月20日-
マップ公開2026年5月20日-
更新2026年5月20日-
現状2026年5月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_57548.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_57548.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-lactamase-like domain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.072 Å		1.01 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.072 Å		1.01 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.072 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.012 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.157
最小 - 最大-0.9793604 - 1.1661866
平均 (標準偏差)0.00026823688 (±0.013178357)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 259.072 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: B-lactamase-like domain half map B

ファイルemd_57548_half_map_1.map
注釈B-lactamase-like domain half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: B-lactamase-like domain half map A

ファイルemd_57548_half_map_2.map
注釈B-lactamase-like domain half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Beta-lactamase-like domain

全体名称: Beta-lactamase-like domain
要素
  • 複合体: Beta-lactamase-like domain
    • タンパク質・ペプチド: Beta-lactamase-like domain

-
超分子 #1: Beta-lactamase-like domain

超分子名称: Beta-lactamase-like domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: ComEC solublized in LMNG
由来(天然)生物種: Neomoorella carbonis (バクテリア)
分子量理論値: 87 KDa

-
分子 #1: Beta-lactamase-like domain

分子名称: Beta-lactamase-like domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neomoorella carbonis (バクテリア)
分子量理論値: 87.664914 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIAAPLVRVT LAYICGLLLA SRITVGPVQL LALTVILWTL AYLFRQPPRR AAWQAFLLAG FMALGLLIST WDSSHHQSRL TGDRGTFLD LSGTVIEEPR VYANRVVYTL ATREIRQGDY HKRVKEKVQV VLYRPAEGGE PELYRYGDVL RVHGQLAAPP A ARNPGELD ...文字列:
MIAAPLVRVT LAYICGLLLA SRITVGPVQL LALTVILWTL AYLFRQPPRR AAWQAFLLAG FMALGLLIST WDSSHHQSRL TGDRGTFLD LSGTVIEEPR VYANRVVYTL ATREIRQGDY HKRVKEKVQV VLYRPAEGGE PELYRYGDVL RVHGQLAAPP A ARNPGELD YRAYLARQYI YNRMLINDPR AIVKLGTVPG HPLVRLALGA KARVKTVITA ALPPRQAGIL AALLFGDVNE LT DTDSDTF KNLGVFHFFA VSGSNTALVL LILMAIAGFL GLERSGAVFL GLAGLIFYAA VTGFTPSVSR AGIMAGLGLI AYL RREQRD FYTALALAAL VILLFRPRSL YDSGFQLSFA AAWGIVYFYP LLDDLLAWLP AWRACLVVPL AAQAATLPLV AYYF NFVSL LSLPANLVTA GLVGAIVTLG LAASTLALIT PAPAVMIFTA LGPLVNLLLA FLERLAGLPG ITIPLATPSP LAVAG YYLA LILWREFWLR RHEPRWQALW RWHRRELGLL AILTLATLLI FLYPPGRQEE LKVTFIDVGQ GDAVYLATPA GRHILV DGG GRPYGQGDFD VGERVVVPFL HRQGVRRLDV VISTHPDADH IGGLMAVVRE MPVSLVVVPP LRGGMLDAYR PFLAELQ AR GIPWQQAGRG DALALDPALN IQVLHPGREI SGSNSDSNNN SLVLKVIYRQ FSLFLSADIE TAAMADLMAS GADVRSTV F KVPHHGSRYG LEREFLKQVA PQVVVIPVGE KNNFGHPAPE ILSYWQEQGV PVYRTDRQGA ITIKSDGAHW QVDTTIPGG Y

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPES-NaOH4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
50.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mMBeta-mercaptoethanolBeta-mercaptoethanol

詳細: 0.01% (w/v) LMNG was added during affinity purification but excluded during SEC.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 気圧: 0.39 kPa
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3276527
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / 使用した粒子像数: 383072
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / 詳細: stochastic gradient descent (SGD) in CryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / 詳細: Expectation Maximization
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-30bt:
Cryo-EM structure of Beta-lactamase-like domain from Neomoorella carbonis

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る